Более всего в течение этого периода жажду чистоты среди народных масс утоляли личности маргинальные, религиозные анархисты. Это были малоизвестные нам отшельники, расплодившиеся по всему христианскому миру, которые, занявшись поднятием нови, скрывались в лесах, где их осаждали посетители, или обосновывались в таких местах, где могли помочь путешественникам найти дорогу, мост или брод; не испорченные политикой официального духовенства, они становились наставниками бедных и богатых, скорбящих и влюбленных. С посохом, символом магической силы и страннической жизни, босой и в одежде из шкур — этот образ отшельника завоевал литературу и искусство. Он воплощал беспокойство общества, которое в условиях экономического подъема с его противоречиями искало убежища в одиночестве, открытом, впрочем, миру с его проблемами.

Но успешное развитие городов отодвинуло на второй план и сделало анахроническим и старое и новое монашеское и отшельническое движение, связанное с сельским, феодальным обществом. Продолжая приспосабливаться, церковь произвела новые ордена — нищенствующие. Сделала она это не без труда, не без колебаний. К 1170 г. лионский купец Пьер Вальдо с учениками, лионскими бедняками, которых позднее прозвали вальденсами, зашли в критике церкви столь далеко, что наконец порвали с ней. В 1206 г. сын богатого ассизского купца Франциск вступил как будто бы на тот же путь. Собравшиеся вокруг него единомышленники, поначалу двенадцать «меньших братьев», братьев миноритов, были озабочены лишь тем, чтобы смирением и абсолютной бедностью, обрекавшей на нищенство, способствовать очищению этого испорченного мира. Суровость их обета беспокоила церковь. Папы (Иннокентий III, Гонорий III, Григорий IX), римская курия и епископы стремились навязать Франциску и его товарищам устав, сделав из них орден, входящий в церковную организацию. Франциск был охвачен сильным душевным смятением, разрываясь между своим строгим идеалом и страстной привязанностью к церкви и ортодоксии. Он уступил, но сам удалился в пустыню. Там, в Ла-Верне, накануне его смерти (1226) стигматы положили конец его страданиям, став искуплением и вознаграждением ему. Его орден после него долгое время раздирался борьбой между ревнителями абсолютной бедности и сторонниками приспособления к миру. Папство поддерживало умеренных, выступая против экстремистов, называвших себя братиками, которые кончили тем, что, как и вальденсы, порвали с церковью.

В то же самое время, когда выступление Франциска привело, вопреки его намерениям, к появлению ордена братьев миноритов, или францисканцев, знатный испанский каноник Доминик Гусман охотно принял от папы устав для небольшой группы проповедников, которых он объединил, чтобы проповедью и примером бедности вернуть на путь ортодоксии еретиков. Современники, братья минориты и братья проповедники, получившие название доминиканцев, стали душой нищенствующих орденов, образовавших в XIII в. новое воинство церкви. Их своеобразие и доблесть состояли в том, что они решительно повернулись к городской среде. Именно этому новому обществу они проповедью, исповедью и своим примером стремились дать ответ на возникшие новые вопросы. Они перенесли обители в людные города. Карта францисканских и доминиканских домов в конце XIII в. — это карта городской сети христианского мира. Они продублировали монастырские кафедры университетскими, где, утвердившись, затмевали всех других. Знаменитые профессора Парижского университета Фома Аквинский и Бонавентура были один доминиканцем, а второй францисканцем.

Однако, несмотря на успешную адаптацию, церковь, и далее применявшаяся к эволюции христианского мира, уже не могла им руководить как в Раннее Средневековье. С конца XII в. новые ордена цистерцианцев и премонстрантов стали терять свое влияние. Даже к нищенствующим орденам отношение уже было не единодушным: коль скоро труд становился базовой ценностью нового общества, допустить, что можно жить нищенством, было непросто. Университетские преподаватели, писатели, которые были, несомненно, выразителями более широкого общественного мнения, сильно попрекали братьев их нищенством. Парижский магистр Гийом де Сент-Амур, Жан де Мен, автор второй части «Романа о Розе», со страстью обрушивали обвинения на новые ордена. Фома Аквинский и Бонавентура, возражая им, вынуждены были напрягать всю силу своих доводов. В глазах части народа доминиканцы и францисканцы были символом лицемерия, а первые к тому же вызывали ненависть тем, что возглавляли репрессивную борьбу с ересью, взяв в свои руки инквизицию. Первый доминиканский мученик св. Петр Страстотерпец был убит в Вероне в 1252 г. взбунтовавшимся народом, и его образ с пронзенной кинжалом головой был во множестве распространен усилиями ордена.

В Раннее Средневековье именно церковные соборы задавали тон христианскому обществу. Соборы XII и XIII вв. уже приноравливались к эволюции этого общества. Наиболее известный и важный из них, IV Латеранский собор 1215 г., который организовал систему обучения и установил обязательное пасхальное причащение, был попыткой вернуть былое влияние и оказался запоздалым. XIII век стал веком секуляризации в большей мере, нежели веком готических соборов и схоластических сумм. В 1277 г. епископ Парижский Этьен де Тампье, издав перечень из 217 осуждаемых им тезисов, и архиепископ Кентерберийский доминиканец Роберт Килуордби с помощью аналогичного документа попытались обуздать интеллектуальную эволюцию. Они осуждали вперемешку и куртуазную любовь, и распущенность нравов, и чрезмерное обращение к разуму в теологии, и поощрение опытной рационалистической науки. Это постановление оказалось действенным лишь в отношении передовых течений мысли, которые не опирались еще на достаточно надежные инфраструктуры. Но несомненно, что, если даже и не все клирики поддерживали эти осуждения, они свидетельствуют не просто об отсталости, но уже о «реакционности» церкви.

Ее идеологическая монополия столкнулась с опасной угрозой. Начиная с первых проявлений подъема Запада около тысячного года лидерство церкви уже стало оспариваться, и прежде всего ересями. Шампанский крестьянин Леутард, проповедовавший неортодоксальное Евангелие жителям Вертю и окрестностей, итальянские еретики из Монтефорте, миланцы-патарены, тесно связанные с городскими движениями, и многие другие возмущали время от времени города и целые области. Ученые еретики, как Росцелин, Абеляр (если он был еретиком), его ученик Арнольд Брешианский, выплеснувший ересь из школ на улицы Рима и поднявший народ против папы, также вносили смуту, но в более ограниченные круги населения. Церковь, часто поддерживаемая государями, охотно предлагавшими ей свою «светскую руку», реагировала быстро и решительно. И в 1022 г. в Орлеане запылали первые костры с еретиками.

Но скоро оформилось и разлилось более мощное и опасное течение. Вдохновленное восточными ересями, связанное с балканским богомильством, оно из Италии проникло во Франции и Центральную Европу. Возникли разнородные в социальном отношении объединения, куда отчасти входило дворянство, но более всего горожане, бюргеры и ремесленники, и под разными названиями появились целые движения, более или менее согласные друг с другом. Наибольшего успеха добилось движение катаров. Катары — манихейцы. Для них было два равно могущественных начала: Добро и Зло. И Господь Бог беспомощен перед князем зла, которого одни считали равным ему богом, а другие низшим по отношению к нему дьяволом, но с успехом восставшим против него. Земной мир и составляющая его материя — это творение Бога зла. Поэтому и католическая церковь принадлежит ко злу. И в отношении мира, его организации, феодального общества и его наставника — римской церкви возможно лишь полное их отрицание. Катары быстро организовались в церковь со своими епископами, духовенством из «совершенных» людей и создали свой особый ритуал. Это была антицерковь с учением, представлявшим собой антикатолицизм. Они имели сходство и даже связи с другими еретическими течениями XIII в., как вальденсы, спиритуалы и особенно иоахимиты, чье движение, балансировавшее на грани ортодоксии и ереси, вдохновлялось учением калабрийского монаха Иоахима Флорского. Иоахимиты верили в три эпохи: эпоха Закона, или Ветхого завета, за которой следует эпоха Справедливости и Нового завета, когда мир еще испорчен и управляется церковью, которая должна исчезнуть и уступить место Любви и Вечному Евангелию в третью эпоху. Этот милленаризм выражался также в ожидании конца этого мироустройства и церкви и пришествия нового порядка в определенном году — 1260-м. Когда он прошел, многие стали связывать свою веру в третью эру с понтификатом разделявшего их взгляды папы Целестина V (1294). Понтификат оказался кратким. Целестин V, вынужденный через несколько месяцев отречься, был помещен в монастырь, где вскоре и умер — не без того, чтобы его преемника Бонифация VIII не заподозрили в причастности к его исчезновению. Смерть этого папы, совершившего, по словам Данте, «великое отречение», символизировала поворот в истории христианского мира.