В середине июня 1876 г. Н. Н. Миклухо-Маклай с большими трудностями добрался до берега Маклая. Сначала у него был план объединить все папуасские племена в единый союз и попытаться противостоять таким образом колонизаторам. Но скоро Миклухо-Маклай убедился, что это неосуществимо. Тогда он решил вернуться в Россию и объявить о своих правах на часть Новой Гвинеи.

В ноябре 1877 г. Н. Н. Миклухо-Маклай покинул Новую Гвинею и в январе 1878 г. прибыл в Сингапур. Здесь он получил долгожданный, но неутешительный ответ от П. П. Семенова. Тот сообщал об отрицательном отношении российского правительства к предложению Миклухо-Маклая по причине "отдаленности страны и отсутствия в ней связи с русскими интересами".

В письме П. П. Семенову от 29 января 1878 г. Н. И. Миклухо-Маклай пишет, что ""отдаленных" стран уже теперь почти что не существует, а тем более в будущем; что, кроме русских, есть еще общечеловеческие интересы, которые по своей значительности только в исключительных случаях под силу одиноким личностям и которые должны становиться делом просвещенных и гуманных правительств" (Миклухо-Маклай Н. Н. Собр. соч. в 5-ти томах, т. IV. М., 1953, с. 152-153). С этого времени все свои силы он отдает борьбе против европейских колонизаторов. Ученый пытается в интересах папуасов использовать англо-германские противоречия в отношении Новой Гвинеи.

Когда стали распространяться слухи о возможной аннексии острова англичанами, Н. Н. Миклухо-Маклай написал письмо Бисмарку (1 октября 1884 г.), в котором призвал его "во имя справедливости и гуманности склонить великие державы не только предохранить их (народы тихоокеанских островов. - К. М.) от захвата англичанами, но и охранять права темнокожих туземцев островов Тихого океана, как людей, от бессовестной, несправедливой и зверской эксплуатации (похищение людей, рабство и т. д.)..." (Миклухо-Маклай Н. Н. Собр. соч. в 5-ти томах, т. IV, с. 276).

Н. Н. Миклухо-Маклай обращается с письмами к Гладстону и Дерби, когда возникает опасность захвата острова Германией. После того как Финш объявил германский суверенитет над берегом Маклая, Миклухо-Маклай послал телеграмму Бисмарку (9 января 1889 г.), короткую, но весьма решительную: "Туземцы берега Маклая отвергают германскую аннексию" (Миклухо-Маклай Н. Н. Собр. соч. в 5-ти томах, т. IV, с. 279).

Одновременно он пытается создать русское поселение на берегу Маклая для защиты папуасов от иноземных захватчиков. В нескольких русских газетах ученый помещает объявления с целью собрать желающих поехать на Новую Гвинею. К 25 июня 1886 г. он получает письменные заявления от 160 человек, к 1 июля - от 320 человек, к 12 августа - от 1200 человек, в дальнейшем число их достигает 2000.

Не будучи в силах ответить каждому в отдельности, Н. Н. Миклухо-Маклай 3 июля 1886 г. организует специальную лекцию, на которую приглашает всех желающих отправиться на берег Маклая. Вот как об этом писала одна из петербургских газет: "Временная квартира Н. Н. Миклухо-Маклая стала переполняться самой разнообразной публикой. Были видны и армейские и флотские мундиры, франтоватые жакеты и потертые пальто, белые галстуки и русские шитые сорочки... Н. Н. Миклухо-Маклай со свойственной ему любезностью, давая ответы на запросы отдельных лиц, вместе с тем прочел о проектируемой первой русской колонии в Тихом океане очень интересную лекцию..." (Миклухо-Маклай Н. Н. Собр. соч. в 5-ти томах, т. IV, с. 472) Проект Н. Н. Миклухо-Маклая долго обсуждался в министерских канцеляриях и, в конце концов, был отвергнут. 9 декабря 1886 г. Александр III начертал решение: "Считать это дело конченным. Миклухо-Маклаю отказать" (Миклухо-Маклай Н. Н. Собр. соч. в 5-ти томах, т. IV, с. 555). Через два с половиной года после этого Н. Н. Миклухо-Маклай умер. Несмотря на всю очевидность бесплодности его борьбы и утопичность выдвигаемых им проектов защиты папуасов, нельзя в то же время не восхищаться энергией, мужеством, волей и благородством этого человека.

Главной заботой специального комиссара по делам протектората П. Скретчли, который имел очень ограниченные права и ничтожные денежные средства, было урегулирование финансовых отношений между Англией и ее колониями в Австралии, касающихся "британской" Новой Гвинеи. На это оп потратил восемь месяцев, с января до августа 1885 г.

Согласно предварительной договоренности (достигнутой еще до оформления захвата Новой Гвинеи), колонии должны были оплачивать расходы по управлению территорией и внести 15 тыс. ф. ст. в счет покрытия своей доли расходов на первом году управления. Однако сразу же после заключения соглашения с Германией начался спор о том, какую часть расходов возьмет на себя Великобритания и как будет распределена между колониями общая сумма их расходов по управлению "британской" Новой Гвинеей.

В конце концов, решили, что колонии внесут те же 15 тыс. ф. ст., а Великобритания купит корабль для нужд протектората и станет оплачивать стоимость его обслуживания.

Прибыв на Новую Гвинею в августе 1885 г., Скретчли начал знакомиться с островом, совершая поездки вдоль побережья до границ германских владений. Он выдвинул идею так называемого непрямого управления, т. е. через назначаемых британскими властями районных вождей из числа коренных жителей. Но претворить ее в жизнь П. Скретчли не смог. Через три месяца он умер от малярии.

После этого специальным комиссаром по делам протектората был назначен бывший премьер Квинсленда Джон Дуглас, который на этом посту оставался до 1888 г., когда в статусе "британской" Новой Гвинеи произошли изменения. В июле 1888 г. акт английского парламента ликвидировал декоративную форму правления - протекторат, и территория в качестве колонии вошла в состав Британской империи, получив официальное название - Британская Новая Гвинея.

Первым администратором новой колонии стал У. Мак-Грегор - шотландский врач, служивший до того на островах Фиджи. Его назначение явилось известной уступкой британского правительства своим австралийским колониям. Дело в том, что У. Мак-Грегор представлял Фиджи на сессии британских колоний в городе Хобарте на Тасмании в 1886 г., и австралийцы убедились, что ему понятна их заинтересованность в Новой Гвинее (Грегора поэтому особенно поддерживал премьер Квинсленда Самуэль Гриффит). Однако У. Мак-Грегор, так же как и А. Гордон, считал, что власть над новой территорией должна находиться в руках британского министерства колоний.

4 сентября 1888 г. У. Мак-Грегор прибыл в Порт-Морсби. Управление такой колонией, как Новая Гвинея, оказалось делом нелегким, во-первых, ввиду ее крайней удаленности, во-вторых, из-за своеобразия установленной административной системы, явившейся следствием компромисса, на который британское правительство пошло с правительствами своих австралийских колоний. Колониальная администрация в Британской Новой Гвинее находилась, по существу, в двойном подчинении. С одной стороны, У. Мак-Грегор, будучи представителем британского правительства, отчитывался в своих действиях перед министерством колоний в Лондоне, а с другой - его контролировали правительства тех английских колоний в Австралии, которые выделяли средства на нужды управления Британской Новой Гвинеей, т. е. Квинсленда, Нового Южного Уэльса и Виктории. Больше всего досаждало К. Мак-Грегору правительство Квинсленда, претендовавшее на исключительную роль в руководстве управлением Британской Новой Гвинеей. Особенно сильные столкновения происходили у Мак-Грегора с Генри Норманом, губернатором Квинсленда с 1889 г. по 1896 г. Трижды, в 1890, 1893 и 1894 гг., Мак-Грегор угрожал уйти в отставку. Обо всех своих действиях У. Мак-Грегору, как администратору Британской Новой Гвинеи, приходилось сначала докладывать губернатору Квинсленда, а тот уже посылал эти доклады в Лондон. Ответ от министерства колоний Мак-Грегор получал не раньше, чем через 10 месяцев. Большие трудности Мак-Грегор испытывал с комплектованием штата колониальной администрации. Все чиновники формально считались служащими британского министерства колоний. Но жалование они получали из денежных фондов, образовывавшихся за счет взносов британских колоний в Австралии. Поэтому последние, главным образом Квинсленд, претендовали на контроль за назначениями и передвижениями чиновников колониальной администрации. Мак-Грегор постоянно сталкивался с финансовыми затруднениями, аппарат администрации был всегда недоукомплектован. В период десятилетней деятельности У. Мак-Грегора в штате колониального управления Британской Новой Гвинеи служило всего 64 человека, из которых 12 умерло, 14 были уволены и 3 смещены с занимаемых постов. При администраторе существовали Законодательный и Исполнительный советы. Они состояли полностью из британских чиновников и никакой роли практически не играли.