Главнейшее внимание Фридриха было обращено на упрочение императорской власти в Италии. Но здесь ему предстояли серьезные затруднения столько же по отношению к светской власти папы, как и ввиду республиканских тенденций в среде северо-итальянского союза городов. Папе чрезвычайно опасны были стремления Фридриха ввести в южную Италию систему монархического устройства, так как это нарушало его сюзеренные права. На каждом шагу стали возникать недоразумения то по поводу назначения на вакантные епископские кафедры, то по поводу отношений императора к северо-итальянским городам. Пока был жив папа Гонорий III, отношения между государством и церковью еще более или менее поддерживались, но когда в 1227 г. папой сделался Григорий IX[234] , дело дошло до полного разрыва. Для нового папы на первом плане стоял вопрос о том, чтобы осуществилось крестоносное предприятие, чтобы Фридриху не создавать затруднений, которые могли бы послужить для него отговоркой против личного похода в Святую Землю. Он помог ему устроить дело с ломбардским союзом и дружественными письмами поощрял его исполнить принятые им на себя обязанности «знаменосца христианства». Император старательно готовился к походу. Летом 1227 г. в Южную Италию начали приходить отряды из Франции, Англии и Ломбардии, особенно много выставляла на этот раз Германия. Так как посадка на суда назначена была в Бриндизи, то в городе и его окрестностях сосредоточились громадные массы народа, среди которых скоро обнаружились болезни вследствие недостатка в съестных припасах, лихорадок и летней жары. Крестоносцы стали умирать тысячами, многие от страха возвращались назад. В начале сентября император посадил однако на суда 40 тысяч человек и через несколько дней сам последовал за отрядом. Но болезнь не пощадила и самого Фридриха, и его спутника ландграфа Людвига Тюрингенского[235] . Вследствие этого Фридрих должен был вновь высадиться на берег и по совету врачей отложил поход до выздоровления.

Григорий IX, не обращая внимания на обстоятельства и не выслушав объяснения послов императора, 29 сентября с церковной кафедры произнес отлучение против ослушников церкви. Вместе с этим церковь бросила вызов светской власти; конечно, Григорий IX не за то подверг императора отлучению, что он в назначенный им срок не выступал в поход, а за то, что папство видело во Фридрихе своего врага, что боялось в нем найти опасного соперника для своих светских прав и считало необходимым отделаться от него. В окружном послании, извещая весь христианский мир об отлучении императора, папа изложил свой взгляд на вину Фридриха. Этот документ пропитан такой страстностью, что в нем императору приписаны такие поступки, которых никто не мог поставить ему в вину. В нем говорилось, что Фридрих умышленно довел крестоносцев до голода и заразы под Бриндизи, чтобы не допустить похода, что самая болезнь его — притворство, что он изменник веры Христовой. Фридрих отнесся к вызову папы с достоинством и сознанием своей правоты. Не прибегая к резкости, он опроверг все обвинения папы и заявил, что поход будет исполнен в следующем году. Несмотря на то, что в апреле 1228 г. умерла его супруга Изабелла — обстоятельство, которое могло бы служить извинением и для новой отсрочки, он в июне сел на корабль, сопровождаемый проклятиями папы, утверждавшего, что император — слуга Магомета и что он не крестоносец, а разбойник, которого истинный сын церкви не должен слушаться. При таком положении дела предпринятый Фридрихом поход не мог рассчитывать на успех, и вина за то, что Фридрих оказался связанным по рукам и по ногам, должна быть всецело отнесена на счет папы.

Положение дел на Востоке было таково, что Фридриху нельзя было ожидать помощи от тамошних христиан, которым мстительный Григорий IX переслал акт отлучения Фридриха от церкви вместе с запрещением повиноваться его приказаниям. Тем не менее, по прибытии в Акру в сентябре 1228 г. император немедленно приступил к переговорам о возвращении святых мест христианам. Почва для этих переговоров была приготовлена уже давно. Еще ранее он имел дружественные отношения с Алькамилем, еще в Сицилии он научился ценить арабов и имел при себе на службе многих мусульман. Таким образом, по прибытии на Восток император имел новые основания рассчитывать на переговоры с султаном Алькамилем и добиться от него решительных уступок. Он отправил к султану посольство с подарками и предлагал ему сдать христианам Иерусалим без войны. Султан ответил со своей стороны посольством и уверениями в дружбе, хотя уклонился от разрешения вопроса об Иерусалиме. Нужно было принять более решительные меры. С большим трудом победив упорство патриарха Иерусалимского и магистров рыцарских орденов, которые ссылались на акт отлучения Фридриха от церкви, он стал издавать приказы «во имя Бога и христианства» и тем побудил присоединиться к нему колеблющихся. Первая цель Фридриха была укрепить Яффу и сделать в ней укрепленный лагерь для действий против Иерусалима. Занимаясь приготовлениями к походу в Иерусалим, Фридрих продолжал обмениваться посольствами с Алькамилем и достиг того, что в феврале 1229 г. был заключен договор, которым мусульмане уступали христианам город Иерусалим с правом владеть им как своей собственностью, за исключением той части, где находится мечеть Омара; в эту последнюю остается свободный доступ для мусульман. Кроме Иерусалима султан уступал христианам Вифлеем, Назарет и весь путь от Иерусалима к Яффе и Акре. Взамен Фридрих давал обещание защищать султана от всех его врагов, хотя бы то были и христиане, и не допускать, чтобы князья Антиохии, Триполи и других сирийских городов нападали на султана. Этот мир был заключен на десять лет.

Нужно признать, что Фридрих этим договором достигал того, что не могли достигнуть участники Третьего похода, что не удалось ни Фридриху I, ни папе Иннокентию III, чего напрасно добивались христиане более сорока лет. Так и отнеслись к этому договору те, которые стояли вне борьбы императора с папой. Но не так отнеслись к этому приверженцы папской партии, которые увидели в переговорах Фридриха с султаном прямую измену христианству и не останавливались ни перед какими наветами против императора. Прежде всего патриарх иерусалимский Герольд, иоанниты и тамплиеры с крайним раздражением отнеслись к этому акту. Когда император в марте 1229 г. вступил в Иерусалим, возложил на себя корону в церкви Святого Гроба и объявил манифестом о радостном событии возвращения в руки христиан Иерусалима, то патриарх объявил запрещение совершать богослужение в святых местах, пока в городе находится отлученный император, в то же время из Италии было получено известие, что папа освободил итальянцев от присяги императору и ввел войска в Сицилийское королевство. Фридриху нужно было поспешить с возвращением в Европу. Высадившись в Бриндизи, он скоро возвратил к повиновению отложившиеся от него города и затем нанес несколько поражений папским отрядам. Несмотря на новые отлучения и на призыв бороться против врага веры и церкви, папа не получил подкреплений, и голос его не возбуждал ревности в Европе. Ему пришлось подчиниться. 23 июня 1230 г. был заключен мир в Сан-Джермано, по которому Григорий IX освобождал Фридриха от церковного отлучения и признавал его заслуги в деле крестового похода. Со своей стороны император отказался от своих завоеваний в римской области и предоставил духовенству сицилийского королевства свободу выборов на епископские кафедры.