Крижанич упорно работал, близился к завершению его труд. Но произошло непредвиденное. В начале 1660 года его арестовали и по царскому указу отправили в сибирскую ссылку. В чем состояла вина ученого, осталось тайной. Тогда ведь могли наказать за любое неосторожное слово. А Крижанич был человеком общительным. Полтора десятилетия он провел в Тобольске, продолжая свои научные труды. Ссыльный получал самое высокое жалованье (семь с половиной рублей в месяц), но покидать сибирскую столицу ему не разрешалось. Крижанич, ратуя за Россию, православную веру, единение славян под главенством русского царя, остался католиком, что само по себе вызывало настороженность и подозрения.

При всех перипетиях судьбы пребывание Крижанича в России стало самым плодотворным этапом его научной деятельности. В Сибири он написал свое знаменитое сочинение — «Политика». При Федоре Алексеевиче Крижанича вернули из ссылки, и он покинул Россию. Вероятно, возымело действие отчаянное письмо невольного сибиряка наследнику престола (какими-то путями дошедшее до него) после того, как надежды на помощь со стороны Алексея Михайловича иссякли.

Тишайший имел склонность к литературному творчеству. Он составил описание начала похода против Речи Посполитой, пытался сочинять стихотворения, имея перед глазами живой пример — поэта Симеона Полоцкого. Своеобразно довольно обширное эпистолярное наследство Алексея Михайловича.

Царю нельзя было отказать в художественно-эстетическом восприятии окружающей обстановки. Заказы на иконы и картины царь поручал наиболее даровитым и опытным мастерам из соотечественников и иностранцев. Алексей Михаилович высоко ценил искусство Симона Ушакова, который много лет руководил живописными работами в царских покоях. Однажды художникам пришлось трудиться день и ночь двенадцать суток, чтобы успеть выполнить заказ Алексея Михайловича к Пасхе. В связи с новосельем князей Юрия Алексеевича и Михаила Юрьевича Долгоруких (1674 год) Алексей Михайлович торжественно преподнес им образ Покрова Богородицы в серебряном окладе работы Симона Ушакова.

По— видимому, Алексей Михайлович не отказывался от позирования художникам, писавшим его портреты. В 1669 году Симон Ушаков на полотне изобразил портрет царя, подаренный затем александрийскому патриарху Паисию. Художник Станислав Лопуцкий писал портреты с «живства», то есть с натуры. Хорошо известен портрет царя Алексея его работы. После смерти царя Федора Алексеевича были найдены портреты его отца, брата Алексея, матери царицы Марии Ильиничны. Иван Салтанов, известный художник того времени, в 1671 году поднес царю на Пасху «5 персон разными статьями». Он же изобразил царя Алексея Михайловича «в успении» (посмертный портрет).

Для «осьмого чуда света» — Коломенского дворца — С. Лопуцкий и Иван Мировской рисовали гербы («клейма государево и всех вселенских сего света государств») и другие картины. При дворе работал и «перспективного дела мастер» Петр Энглес. По заказу Алексея Михайловича исполнялись картины на сюжеты библейской и древней истории. Д. Вухтерс написал «Пленение града Иерусалима", „Град Иерихон", картины о деяниях Александра Македонского. Армянин Б. Салтанов запечатлел двор государев, ученик его, Карп Золотарев, в 1672 году преподнес царю аллегорическую картину «Чувство осязание". Известно, что во дворце позже находились картины о всех пяти чувствах. Выполняя повеление государя, в Постельных хоромах на трех плафонах были выписаны притчи пророков Ионы, Моисея, а также Эсфири. А в Столовой избе плафон потолка украсили небесные светила ночи, блуждающие кометы и неподвижные звезды с астрономической точностью расстояний и размеров. Предполагают, что это поучительное изображение служило руководством при воспитании царевича Петра. Такие «беги небесные", картины, чертежи, гравюры были в домах А.С. Матвеева, В.В. Голицына. В любимом Измайлове царское семейство могло сидеть в беседках, «писанных красками“. Дворцовые помещения Кремля имели настенные росписи, в которых причудливо сочетались изображения растений, животных, птиц. Комнаты и двери со времен Алексея Михайловича стали обивать дорогими тканями и кожей, также художественно разукрашенными. Серебряными кожами была обита комната царевича Петра.

Художников привлекали для изготовления карт-«чертежей» не только разных территорий России, но и других государств (включая Индию), частей света (в том числе Америки) и так далее. Конечно, с современной точки зрения это все весьма несовершенные произведения, но следует учитывать уровень тогдашних знаний. Какой-то «столовой чертеж», писанный красками, находился в Приказе Тайных дел и был всегда перед глазами.

В бытовом обиходе царя Алексея находилось уже много предметов иноземного происхождения. Особое пристрастие царь (как и его отец) питал к часам. Их было множество во всех помещениях дворца, как и всевозможных зеркал. Оставаясь истинно православным человеком, Алексей Михайлович придавал значение вещам, которым предписывались магические свойства. При описании имущества Тишайшего после его смерти привлек внимание таинственный сосуд из нефрита в золотой оправе. «Сила того камени такова, — указывалось в описи, — кто из него учнет пить, болезнь и скорбь изнутри отоймет". Наследник приказал принести чашу пред собственные очи. У царя Алексея были очки, но пользовался ли он ими, сказать трудно. Возможно, не на людях.

При Алексее Михайловиче проводились разнообразные строительные работы церковного и гражданского назначения. Существенно перестроили кремлевские палаты. В Замоскворечье вознесся прекрасный храм Георгия Неокесарийского. Царь отдавал личные распоряжения на изготовление строительных материалов и их доставку к месту возведения. На Смоленской улице выросло каменное здание нового Аптекарского двора — главной «общественной столовой» государя, где кормили нищих и странников. О внушительных размерах этого здания говорит описание, согласно которому главная палата «для кормок» имела площадь семьдесят квадратных сажен, тридцать столов, шестьдесят скамей. Здесь было светло — четырнадцать окон. Существовал и старый Аптекарский двор (деревянный), более скромных размеров. Большое строительство шло в селе Измайлове, где возводили плотины, мельницы и другие сооружения, следили за состоянием многочисленных прудов (их считали тридцать семь). За время своего правления Алексей Михайлович дважды перестраивал и расширял свой Коломенский дворец.