Выше не раз упоминалось о несомненной религиозности царя Алексея. Он строго соблюдал церковные предписания касающиеся молебнов, праздников, постов. Иной раз в течение дня Алексей Михайлович посещал до пяти храмов и монастырей, всюду выстаивая службы и отвешивая несчетные земные поклоны (до тысячи и более). И постился государь истово, употребляя капусту, огурцы и грибы. Но и пировать царь умел. Такие перепады в режиме питания в конечном счете неблагоприятно сказывались на состоянии его здоровья. С необычайной щедростью царь оделял деньгами, дорогими тканями, всякой снедью церковнослужителей. В дни больших религиозных праздников царские посланцы развозили по сотням московских храмов подарки монарха. Ежегодно совершались торжественные «походы» в Троице — Сергиев монастырь. Об этом были осведомлены даже довольно случайные посетители Москвы — иностранцы. Наиболее часто царь посещал церковь Святой Евдокии. Он никогда не отказывался от возможности общаться с единоверцами из других стран, охотно принимал иерархов греческих, сербских, молдавских, грузинских и иных.
Отнюдь не показным было и нищелюбие Алексея Михайловича. После смерти своего любимого «дядьки» боярина Б. И. Морозова царь пожертвовал огромную сумму — десять тысяч рублей — на раздачу милостыни. Десятки нищих обитали в царских хоромах («на Верху»), имея полное содержание. В праздник Благовещения 1663 года на Аптекарском дворе кормили триста нищих в один прием и триста восемьдесят два человека — во второй. По дороге к Троице (1673 год) в разных местах угощали нищих калачами, варенцом, по чарке вина и кружке меда каждому. В монастырской богадельне, где находилось сто двадцать три человека, царь также распорядился выдать еду и питье. За две недели до смерти Алексей Михайлович «в Верху» кормил сто нищих, оделив каждого сверх того деньгами (по двадцать пять копеек). По улицам развозили хлебы, предназначенные в качестве милостыни — иногда это тысячи «двуденежных» хлебов. Достаточно часто царь ходил по московским богадельням, раздавал деньги и харчи. Таких богаделен действовало несколько: Ильинская, Моисеевская, «на Кулишках», у Боровицкого моста, Покровская и др. Среди них были казенные. Особое внимание обращалось на увечных и больных. Как могли, их лечили за казенный счет.
Есть возможность посмотреть, какие лекарства были тогда в ходу. В 1674 году лекарь Аптекарского приказа Федор Ильин пользовал «царских богомольцев и всяких чинов людей» на Аптекарском дворе. Истратил он двенадцать рублей двадцать пять копеек на лекарства и приложил роспись их. В росписи значатся: пластыри разные, сахар "сереборинный», вино «ренское», эликсир — проперитис, спирт из ягод можжевельника, жемчужный порошок и… раковые глаза.
В ночь с 27 на 28 августа 1669 года милостыню дали четыремстам семидесяти одному богадельщику (по двадцать пять копеек). Летом 1674 года к царю «на Верх» привели двадцать нищих слепцов. Из рук хозяина дворца каждый получил по рублю.
Смерть царицы Марии Ильиничны глубоко опечалила царя Алексея и усилила его благотворительную деятельность. Он не ограничился раздачей милостыни. В ночь на 1 апреля 1669 года царь указал освободить «тюремных сидельцев и колодников, а исцовы иски и пошлины за них заплатить ис Приказу Тайных дел». Указ был выполнен. Речь шла о многих сотнях людей, находившихся по разным обвинениям в тюрьмах, имевших весьма характерные названия (Барышкина, Разбойная, Сибирка, Холопья, Женская, Опальная и другие). Кроме того, существовали места заключения в приказах (Стрелецком, Земском). Наконец, в годы войны Москва приняла немало пленных, которые находились на правах заключенных. Их не обходили при раздаче милостыни. Впрочем, эти знаки монаршей милости подчас были похожи на пиры. Так, на Пасху 1663 года на Английском дворе, где содержались пленные поляки, немцы и «черкасы», по царскому повелению устроили изрядное угощение: мясо жареное и вареное, всякие каши, пироги, калачи, вино, мед и прочее. Пленные поляки (четыреста семьдесят пять человек) помимо того получили купленные в рядах чекмени и холсты на рубашки (чекмень стоил дорого — один рубль сорок копеек), холста пошло более четырех тысяч аршин. По праздникам пленные имели существенную прибавку к их содержанию. Так, полковникам вручали поистине царское жалованье — сорок рублей, рядовым — один — два рубля.
Встречаются сведения о том, что Алексей Михайлович раздавал деньги «без щоту» во время выходов в московские церкви, иногда по его велению подаяние распределялось у Лобного места. В один из дней февраля 1665 года для этой Цели из царской казны поступила тысяча рублей. Не столь уж редко Алексей Михайлович платил долги за своих подданных. Он мог, встретив на улице бедняка, распорядиться о покупке для него приличной одежды и обуви. Запись от 31 марта 1667 года в расходных книгах гласит: «Куплено неимущему Ефиму: кафтан теплый… (3 р. 50 коп.), шапка с околом собольим (1 р. 50 коп.), сапоги красные, сафьянные (45 коп.), чулки да стельки (12 коп.), две рубашки да двои портки (79 коп.), два полотенца (25 коп.), коробка (15 коп.), башмаки (22 коп.)». Вдовы, жены и дети стрельцов совсем нередко пользовались казенными выдачами денег и продуктов по царским распоряжениям. В апреле 1669 года вдовам и сиротам стрелецким двум тысячам двумстам тридцати семи человекам на поминовение Марии Ильиничны разослали более ста пятидесяти двух «полтей" ветчины.
Благотворительность Алексея Михайловича была широко известна в России. Но знали и о том, что не без его ведома посылали на плаху множество людей. Жестокий век с его нравами давал себя знать, создавая противоречивую картину повседневной действительности.
В семейной жизни Алексея Михайловича конца 60-х — начала 70-х годов XVII века произошли большие и в основном печальные перемены. Один за другим ушли из жизни сыновья Симеон и Алексей (17 января 1670 года). Тяжкие удары судьбы усугубились кончиной дочери Евдокии (28 февраля 1669 года) и Марии Ильиничны (3 марта 1669 года). Царицу погребли в Вознесенском девичьем монастыре. Панихиды, большие раздачи милостыни (в богодельни и нищим посылали в те дни осетрину) сопровождались отправкой в епархии денег для нищих. Более сотни этого люда провожало гроб царицы. Еще раньше в малолетнем возрасте скончались дочь Анна и сын Дмитрий. Создается впечатление, что именно потеря жены отозвалась самой жгучей болью в сердце государя, если об этом можно судить по длительности и многочисленности поминальных служб в церквах. Наследником престола царь определил среднего сына Федора. Его, как водится, торжественно представили народу и иностранным послам, которые тогда находились в Москве.