Литературная деятельность Ивана Ивановича началась еще в Новгород-Северской гимназии, где он писал стихи, некоторые из которых напечатаны в «Черниговских Губернских Ведомостях», а, будучи студентом университета, он начал печатать статьи в газетах «Киевский телеграф» и «Современная медицина». Позднее он сочетал службу в армии с написанием статей, рефератов и отчетов для «Медицинского Вестника» и «Трудов Общества Кавказских и Киевских врачей». На страницах таких изданий, как «Русская медицина», «Кавказ», «Кавказский календарь», «Протоколы Русского Антропологического общества в Петербурге» он оставил множество статей по расологии, этнографии, народной медицине, санитарии, эпидемиологии. Он собрал и опубликовал множество антропологических данных о кавказских евреях, айсорах, армянах, грузинах, имеретинах, мингрельцах, гурийцах, сванетах, абхазцах, осетинах, турках, персах, азербайджанских татарах, курдах, лезгинах, текинцах, кумыках, ингушах, каракалпаках, русских, немцах и греках.

Причем расовые и психологические особенности данных этнических групп он изучал не в тиши лабораторий, но на поле боя, в экстремальных условиях.

Актуальность работ Пантюхова повышается из-за проблем России на Кавказе. За свою неустанную и всестороннюю деятельность Иван Иванович Пантюхов был удостоен множества военных и академических наград.

Если такая личность вызывает у товарища Левина и его единомышленников «молчаливое презрение», то тем хуже для них, ибо враждебность позиции здесь обозначена со всей ясностью. Однако, как и следовало ожидать, наибольший их гнев вызвала самая блестящая и фундаментальная книга И. И. Пантюхова «Значение антропологических типов в русской истории» (Киев, 1909). Профессиональным историкам еще предстоит дать ей соответствующую оценку, так как данное пророческое творение никак не может быть отнесено к категории букинистического антиквариата. Это одна из самых блестящих всеохватных историй государства Российского, причем до сих пор единственная, объясняющая исторический процесс становления нашей страны не с помощью абстрактных политологических умствований и не посредством постного марксистско-ленинского историзма, но на основе взаимодействия конкретных расовых типов. Это подлинный шедевр классической расовой теории, безупречно созданный по всем законам жанра, где в простой, доходчивой, но вместе с тем доказательной форме объясняются многие спорные и драматические вопросы нашей истории, перед которыми традиционно пасовала классическая гуманитарная историософия. Там, где для Левина анекдот, для нас там — «биологическая правда» русской души и русского типа.

Четкость в постановке проблемы с первых же строк вызывает неподдельное уважение и доверие к автору: «Антропологические типы составляют фундаменты, на которых выросли народы. На почве типа каждый жизнеспособный народ сохраняет свою, только ему свойственную физиономию. Народы, теряющие свою физиономию, сливаются с другими народами и вырождаются». Далее И. И. Пантюхов дает антропологическое описание четырех основных расовых типов, стоявших у истоков создания русского государства, а также очерчивает географические зоны их возникновения. Это историческая антропогеография вопроса. Выживание и расселение этих типов автор также объясняет действием не абстрактных исторических законов, но сугубо естественнонаучными причинами, так как «борьба за существование русских народностей находилась в зависимости и от высоты роста, и от формы черепа и носа, и от цвета глаз и других антропологических признаков».

Принятие судьбоносных решений теми или иными личностями в нашей истории он очень убедительно объясняет, основываясь на принадлежности к тому или иному расовому типу, описанному в общеизвестных источниках и документах, при этом показывает устойчивость психологии поведения данных типов на протяжении веков, подтверждая свои выводы емкими обобщениями. И. И. Пантюхов как въедливый исследователь антропометрически проверяет точность народных примет и преданий, что невольно вызывает трепет и восхищение при таком взгляде на историю нашей страны. Это нисколько не устаревший, подробный анализ расового архетипа. «Стойкость русских типов выразилась в том, что они ассимилировались другими типами и даже почти ничего из них не заимствовали, но сами оказывали на них влияние и ассимилировали их». Хитросплетения деятельности польского, еврейского и татарского типов, прилепившихся к русским типам под действием центростремительных сил, также описаны живо и образно. Но главная честь в создании русского государства воздается Пантюховым северорусскому типу. Таким образом, и в этом ключевом вопросе наш ученый придерживался принципов классической расовой теории, согласно которым высшая, нордическая раса цементирует культуру и государственность в исторических общностях.

Устойчивость расовых типов автор без труда читает и в фактах религиозной, хозяйственной, законотворческой и научной жизни, а также в особенностях костюма, устройстве жилища и специфике этнической поэтики. Объяснение расового состава сословий русского общества, а также психологических побудительных мотивов народных смут вновь заставляет нас согласиться с правотой автора и убедиться в универсальности его научного метода.

Следует отметить, что вся книга написана сочным, образным языком в хорошем энергичном темпе, а лаконичность и информативность делают чтение вообще захватывающим. Редкий журналист, специализирующийся на ажиотажных темах, умеет так легко расправляться с простыми словами, доступными пониманию каждого читателя, и высекать из них искру интереса. И если И. А. Сикорского можно было бы по стилю охарактеризовать, как Пушкина в русской антропологии, то И. И. Пантюхов — это, несомненно ее Гоголь, так много искрометной мудрости и живой народной речи излито в этом сугубо научном труде.

Его книга повествует не о сокрытии «мертвых», но о раскрытии живых душ народа, в этом-то и заключена неослабевающая сила гражданской позиции русского ученого и русского военного врача. Неповторимость метода И. И. Пантюхова состоит также и в том, что, анализируя биологические пружины деятельности расовых типов, он сумел дать не только обозримую и достоверную картину их проявления в русской истории, но и дал прогноз, которому, увы, суждено было сбыться. Этот анализ событий будущего сквозь призму изменения расовой динамики в обществе сближает его с идеями В. А. Мошкова, который также предсказал неизбежность кровавого октября 1917 года. Истинный патриотизм обоих выражается в том, что они не пели бездумные дифирамбы русскому народу, но указывали на изъяны русского психотипа, предупреждая о фатальности последствий, если процессы разложения элиты не будут своевременно остановлены.

«К концу столетия под влиянием сделавшейся почти исключительно анархическою — русской, и, излюбленной обществом, утопической — иностранной, литературы, чуть не вся интеллигенция, начиная от дворян и разночинцев, до научившихся читать либеральные книжки мещан и крестьян, превратилась в утопистов, всем недовольных, всё отрицающих и увлекающихся только утопическими теориями. Во всем конечно было виновато правительство, и по мнению утопистов, стоило его только переменить, и всё пойдет превосходно. Возникли крайние требования социализма, коммунизма и книжного анархизма, разнуздались и чисто звериные и разбойничьи инстинкты. При таком положении дел расовый русский, главным образом великорусский, анархизм проявился во всей силе. На почве анархического, не склонного к анализу и не знающего удержу, типа, с ослабленною алкоголизмом и анархическую литературою волею, голодная, с увеличивающимися аппетитами интеллигенция, водимая, а не редко и косвенно подкупляемая имеющими свои цели людьми, была конечно уверена, что она шествует по собственному своему желанию для достижения свободы и разных самых высоких целей. Начавшаяся с конца девятнадцатого века психическая эпидемия перешла и в двадцатый век, когда она после неудачной войны достигла своего апогея».

Анархизм, инородческие космополитические теории, пьянство, нездоровая литература «чеховых» и «горьких» — вот та извращенная патологическая среда, в которой начали разлагаться расовые инстинкты великорусского типа, стоявшего у истоков создания русского государства. А другие расовые типы, затянутые в водоворот русской цивилизаторской миссии, сразу же обнаружили своенравие и биологический эгоизм, стоило основному типу явить слабость и временное замешательство. О правах малых народов начинают говорить едва умолкают народы большие, и русская история в этом плане не составляет исключения. Инорасовые попутчики великорусского северного типа в минуту испытаний заявили об иных исторических целях в соответствии с психическими требованиями своих типов. Большевистский переворот был неизбежен, а пропаганда интернационализма понадобилась, чтобы узаконить и легализовать бунт негосударствообразующих типов против государствообразующего.