В сентябре, когда основные боевые действия разворачивались уже на суше, больной ревма-тизмом Колчак назначается на берег командиром батареи морских орудий на северо-восточном участке обороны крепости Порт-Артур. Со 2 ноября он командует сдвоенной батареей 120— и 47-миллиметровых орудий в секторе Скалистых Гор под началом капитана 2-го ранга А. А. Хоменко.

Все последующие недели до падения крепости Колчак был в горячем сражении, в артилле-рийской перестрелке, отражал атаки японской пехоты. О боевой жизни его и соседних батарей, о ходе сражения в последние недели можно судить с большой точностью, так как с 3-го по 21 декабря 1904 г. Колчак вел дневник. В первый из этих дней, в частности, записано: «Днем японцы время от времени пускали шрапнель на батарею № 4 и Скалистую Гору. Сегодня 6 орудия (знак, обозначающий калибр орудия) с отрога Большой горы обстреливали окопы на гласисе и ров у укрепления № 3 — очень неудачно и разрушили японские окопы около правого угла рва этого укрепления. Вечером, когда стемнело, я приступил к углублению хода сообщения к батарее № 4. Грунт скалистый, и необходимы подрывные работы. Днем я сделал несколько выстрелов по перевалу из 120 мм орудия по идущему обозу». 5 декабря: «Утро ясное, довольно тихо и тепло. Снег понемногу тает, особенно на S-x склонах (знак, обозначающий юг, южные склоны). С утра редкий огонь на правом фланге сосредоточивается по форту № 2 и Малому Орлиному Гнезду. Время от времени японцы посылают шрапнель и на наши батареи. Около 2 пополудни на форте № 2 в бруствере был произведен взрыв, и около роты японцев попробовали штурмовать форт, не пошли далее 1/2 бруствера и залегли…». Далее записи повествуют о все более напряженной борьбе, драматически складывающейся обстановке на фронте. В записи за 19 декабря говорится об оставлении некоторых рубежей. Указывается на изъяны оборонитель-ных линий. «Сильные сами по себе позиции мало пригодны…, окопы и ходы сообщения не окончены, покрытий от шрапнели и блиндажей нет; высидеть долго под японским артиллерий-ским огнем, которым они только и берут позиции, нельзя. С утра началось… обстреливание Орлиного Гнезда. Подходившие резервы несли огромные потери. После полудня сильный артиллерийский огонь по вновь занятым позициям. На Заредутной батарее, на Скалистом кряже японцы… поставили пулеметы… 120 м/м сегментными снарядами я разбил бруствер на Заредутной батарее и заставил японцев очистить гребень — в это время японцы уже выбили нас из окопов Орлиного Гнезда и стали взбираться на вершину; Круссер… огнем 75 м/м орудия не позволили им (закрепиться) на вершине и перейти на S-склон горы, но наши уже оставили Орлиное Гнездо».

А. В. Колчак то и дело указывает на гибель и ранения воинов, в том числе и своих артилле-ристов. Был ранен и он сам. «Я был ранен, — говорил он на допросах в 1920 г., — но легко, так что меня почти не беспокоило, а ревматизм меня совершенно свалил с ног».

Подрывались орудия, машины и корпуса судов: «Баян», «Победа», «Пересвет» горели. Рано утром, еще когда была полная тьма, мы получили извещение первыми не открывать огня и стрелять только при наступлении японцев: это было вовремя — еще 15 (мин., и) я с Круссером открыли бы огонь по Заредутной и Орлиному Гнезду. В ночь были очищены Куропаткинский люнет, форт литера Б., Малое Орлиное Гнездо и залитерная вершина и вся Китайская стенка до укрепления № 2. Когда рассвело, то на вершинах виднелась масса японцев: они не скрывались и просто сидели группами на вершинах и (обращенных) к нам склонах.

После полудня мертвая тишина — первый раз за время осады Артура… Объявлено перемирие по случаю переговоров о капитуляции крепости.

В печальные дни прекращения по приказу сверху огня, борьбы с японцами и сдачи им позиций, батарей на Большом Орлином гнезде, раненый, тяжело больной и удрученный поражением лейтенант А. В. Колчак записывал: «Луна (понедельник) 20 декабря/ 1 января всю ночь продолжались раскаты взрывов в порту — все на судах уничтожалось… Получено вторичное приказание ни под каким видом не открывать первыми огня — очевидно японцы получили такое же приказание… Флот не существует — все разрушено и уничтожено…

Марс (вторник) 21 декабря/3 января. За ночь мы кое-что уничтожили, но пугаек не подрывали и вообще взрывов никаких не устраивали. Утро туманное… легкий мороз… Около 11 ч. приказано было сдать все ружья и ружейные патроны в экипаж, что я и сделал… После обеда я получил предписание очистить… и приказал войскам в районе нашего сектора уходить в казармы, оставив только посты… К вечеру я снял посты и оставил только дневальных на батареях и увел команду… в город. Ночь тихая и эта мертвая тишина как-то кажется чем-то особенным, неестественным.

Меркурий (среда) 22 декабря/4 января». Записи за этот день нет. Обрыв.

Дальше последовал плен.

Для А. В. Колчака война 1904 — 1905 гг. кончилась. Его положили в госпиталь. Как тяжелобольной, он не был эвакуирован из Порт-Артура. Таким образом он, как и масса других русских воинов, оказался в плену.

В Порт— Артуре он пробыл до апреля 1905 г., когда начал мало-помалу поправляться. Вместе с другими русскими офицерами Колчак был вывезен в Японию, в Нагасаки. Партия больных и раненых офицеров получила разрешение от японского правительства пользоваться лечебными учреждениями и водами Японии или же, если у кого-то будет желание, -вернуться на Родину. «Мы все, — отмечал позднее А. В. Колчак, — предпочли вернуться домой. И я вместе с группой больных и раненых офицеров через Америку вернулся в Петроград. В Петрограде меня сначала освидетельствовала комиссия врачей, которая признала меня совершенным инвалидом, дала мне четырехмесячный отпуск для лечения на водах, где я пробыл все лето до осени» (Временная инвалидность и отпуск на 6 месяцев Колчаку был определен приказом по морскому ведомству от 24 июня 1905 г.)

За героизм, проявленный в боях в Порт-Артуре, А. В. Колчак был награжден Георгиевским оружием — золотой саблей с надписью «За храбрость». Это была не единственная награда. Еще 15 ноября 1904 г. за «сторожевую службу и охрану прохода в Порт-Артур, обстреляние неприя-тельских позиций», произведенных во время командования «Сердитым», он был награжден орденом Св. Анны IV степени с надписью «За храбрость». По возвращении из плена — орденом Св. Станислава II степени с мечами (к ордену Св. Владимира IV степени, полученному ранее за первую полярную экспедицию, в 1906 г. Колчаку были пожалованы «мечи»). В 1906 г. Колчаку вручили серебряную медаль в память о русско-японской войне, а в 1914 г. — нагрудный знак участника обороны Порт-Артура.

Боевое крещение Колчака состоялось. Состоялось со славою, но с большим ущербом для здоровья.

Личный боевой опыт, изучение хода русско-японской войны, особенно действий военно-морского флота, его тягчайших поражений привели А. В. Колчака к важным выводам. В даль-нейшем его деятельность чрезвычайно благотворно скажется на перестройке флота, системы руководства им. Но на первых порах после излечения все мысли Колчака были поглощены наукой. Он принимается за обработку материалов полярных экспедиций, ибо Академия наук ждет их с нетерпением. Ее президент Великий князь Константин Константинович в декабре 1905 г. писал морскому министру: «Окончание экспедиции лейтенанта Колчака совпало с началом военных действий на Дальнем Востоке, вследствие чего офицер этот счел своею нравственной обязанностью принять участие в войне и отправился с разрешения моего и своего морского начальства прямо из Иркутска на эскадру Тихого океана. Явившись в половине марта 1904 г. в Порт-Артур, он оставался там во все время осады, а после сдачи крепости возвратился через Японию и Канаду в начале июня 1905 г. в С.-Петербург совершенно больным от полученной им раны и суставного ревматизма». Президент просил министра вновь прикомандировать лейтенан-та к Академии до 1 мая 1906 г. для обработки гидрографических и картографических результа-тов экспедиций. Высокая оценка президентом Академии личных и научных данных Колчака базировалась не только на собственных умозаключениях, но и на отзывах специалистов. В частности, на оценке результатов последней экспедиции начальником Главного гидрографичес-кого управления, который писал: «Между тем материалы охватили работы по описи берегов, промеру, гидрологии сибирских морей, наблюдения над льдом, астрономические и магнитные наблюдения, выполненные во время плавания и санных поездок, и имеют значение как для научных, так и для практических целей полярного плавания, в частности же для исправления на картах контура берегов северо-восточной части Сибирского материка от острова Диксона до устья реки Лены». Просьба президента морским министром была удовлетворена.