Он происходил из служилых дворян, носивших фамилию Савеловых. Долгое время сам был на военной службе в южных пограничных областях.
В возрасте 35 лет, овдовев, ушел в киевский Межигорский монастырь. В 1657 году по его прошению патриарх Никон перевел его в свой Иверский монастырь, населяемый нарочито разноплеменным братством во образ монашества Святой Афонской горы. После ухода патриарха Никона от правления Церковью старец Иоаким стал на сторону противников патриарха. В 1663 году его заметили и перевели в Москву в Чудов монастырь в сане архимандрита. В 1672 году Иоаким - митрополит Новгородский, вынужденный в Москве заниматься общецерковными делами в связи с болезнью патриарха Питирима. В 1674 году избран патриархом.
И в отношении к царской власти, и в отношении к Западу, к православному Востоку, к исправленным книгам и обрядам патриарх Иоаким твердо и последовательно проводил программу патриарха Никона. Так что только какими-то личными мотивами можно объяснить его отрицательное отношение к последнему.
В 1675 году Иоаким собрал церковный Собор, постановивший, чтобы Монастырский приказ был не на словах, а на деле упразднен. Было решено также, чтобы все мирские чиновники в епархиальных управлениях подчинялись только духовным лицам, исполняя лишь сугубо технические, канцелярские функции. Сбором пошлин с духовенства и судом его по всем гражданским и духовным искам стали ведать теперь только священнослужители. В 1677 году Монастырский приказ был окончательно распущен. Перед этим в 1676 году скончался царь Алексей Михайлович. При его сыне Феодоре Алексеевиче в 1680 году патриарх Иоаким добился отмены решения боярской Думы о том, чтобы не наделять землями церкви и монастыри. Вопреки желанию правительства было установлено, чтобы земли отмежевывались для всех церквей и обителей. Как верно отмечают исследователи (А. В. Карташов), борьба за сохранение и увеличение церковных земель и иного недвижимого имущества Церкви была характерна для всех русских патриархов вплоть до последнего - Адриана58. Но важно заметить, что дело здесь не в корыстолюбии иерархии и духовенства, а в том, что в условиях хозяйственнополитической системы того времени вопрос о земельных владениях был вопросом о должной независимости Церкви от государства (не абсолютной, конечно, а относительной, в той мере, в какой это было возможно).
В 1682 году правительство возбудило дело об исполнении пожелания греческих иерархов на Соборе 1667 года о введении в России церковного управления по древнему византийскому образцу, когда Поместная церковь делилась на крупные митрополии, в подчинении которым находились мелкие епископии. Проект для России весьма искусственный. У нас искони все кафедры были равны, подчиняясь каждая только главе Церкви. Пришлось созывать Собор59. Бояре предложили проект создания при 12 митрополиях 72 епископий. Русские архиереи поначалу согласились на увеличение числа епархий только до 34. В следующем году они соборне решили ограничиться числом 22 епархий, потом - числом 14. А в итоге были вновь образованы только 4 епархии: Устюжская, Холмогорская, Тамбовская и Воронежская. Древневизантийский принцип соподчинения епархий был отклонен.
В 1681 году почил в бозе патриарх Никон. Любовь к нему народа и многих людей в высших кругах общества была столь велика, что никто не принимал всерьез соборного определения о снятии с него сана; его продолжали считать патриархом! Царь Феодор Алексеевич под влиянием тетки царевны Татьяны Михайловны, а особенно под воздействием Нового Иерусалима, в котором он многократно побывал, также проникся любовью к святителю. Он лично ходатайствовал об освобождении Никона из ссылки, но патриарх Иоаким до последнего не соглашался. А когда, наконец, договоренность с ним была достигнута, Никона не смогли довести до Нового Иерусалима... Царь настаивал на погребении его в Новом Иерусалиме по патриаршему чину. Иоаким отказался, благословив митрополита Новгородского Корнилия совершить заупокойные богослужения, как будет угодно государю. Никона хоронили как патриарха. При огромном стечении народа служба погребения (вместе с литургией) длилась десять часов подряд. Царь сам читал шестопсалмие, и Апостол при этом плакал. Плакали многие. На похоронах присутствовала вся царская семья, в том числе и 9-летний Петр Алексеевич, уже достаточно взрослый, чтобы запомнить это многозначительное событие. Такого высокого положения и авторитета в обществе, какого достигла Русская церковь при патриархе Никоне, она не имела более никогда. Постановление Собора 1666-1667 годов о разграничении обязанностей царской и церковной власти никак не оговаривало и единства этих двух глав одного русского общества. Патриарх и царь разделялись, как бы раскалывались, но при этом ничем не соединялись (соединяла же их всегда общая ответственность за все происходящее в стране). Это и послужило духовно-канонической основой того, что царская власть, в конце концов, просто перестала считаться с церковной. Но это произошло позже, при Петре I, дорогу которому к власти деятельно расчищал патриарх Иоаким...
В 1682 году скончался Феодор Алексеевич, не оставивший по себе наследника. И тут же произошел раскол в царской семье. Родственники первой жены Алексея Михайловича - Милославские, поддержанные князем Хованским, начальником войска стрельцов, и князем В. В. Голицыным, фаворитом царевны Софьи, хотели, чтобы царем стал Иоанн (сын Марии Милославской). Но родственники Натальи Нарышкиной - второй жены Алексея Михайловича добивались возведения на престол ее сына Петра. Иоанну было 15 лет, Петру - 9. Но старший был очень слаб здоровьем. Младшего поддерживали ряд бояр и патриарх Иоаким. Споры породили сильное волнение в обществе. Стрельцы врывались к патриарху, ища врагов, убили бояр А. Матвеева и И. Нарышкина на глазах всей царской семьи. Страна становилась на грань междоусобной гражданской войны, начинался общественный хаос. Чтобы предотвратить беду, враждующие партии пошли на компромисс: в 1682 году царями объявлялись одновременно Петр и Иоанн, а их старшая сестра Софья - «правительницей» (регентом).
Политическими раздорами воспользовались старообрядцы. Деятельно проповедуя среди стрельцов, они сумели добиться их симпатий и принудили патриарха Иоакима устроить публичные «прения о вере». 5 июля 1682 года такое «прение» состоялось в Г рановитой палате Кремля в присутствии царской семьи, правительства и архиерейского Собора. Во главе старообрядцев был протопоп Никита Добрынин, получивший прозвище Пустосвят. Сначала он вслух прочел челобитную о необходимости отмены новых обрядов и книг, то есть, по его словам, против «введения новой веры» (!). Патриарх Иоаким с волнением и слезами обратился к старообрядцам со словом увещания, держа при этом икону святителя Алексия, митрополита Московского. Но старообрядцы не слушали его, ибо и не хотели слушать. Они просто кричали: «Вот так креститесь», - и поднимали руки с двуперстным знамением. Тогда выступил архиепископ Холмогорский (впоследствии - Архангельский) Афанасий, некогда тоже бывший старообрядцем. Со знанием дела он противопоставил Никите такие доводы, против которых тот возразить ничего не мог, и потому в бессильной ярости набросился на архиерея и ударил его по лицу. Произошло смятение. Все восприняли это как оскорбление и Церкви, и царской семьи. Старообрядцев выгнали. Они устремились в Стрелецкую слободу с возгласами: «Перепрехом, победихом!»
Но не было ни «перепрения», ни «победы» на их стороне. По указанию властей стрельцы дали присягу, что не их дело вмешиваться в церковные дела, сами в ту же ночь арестовали и выдали старообрядцев. 11 июля 1682 года на Красной площади Никите отрубили голову. Его соратников разослали по тюрьмам разных монастырей.
Нынче принято смотреть на старообрядцев чуть ли не как на невинных страдальцев. Но это только потому, что они оказались побежденной стороной. Если же на минуту представить себе, что они сделались победителями, а «никониане» - побежденными, то у знающих историю раскола, фанатическую агрессивность нрава Аввакума, Логгина, Никиты и тех старообрядцев, что, удалившись за окраины России, оттуда совершали военные нападения на русские города, не может быть сомнений в том, что они расправлялись бы с «никонианами» с несравненно большей жестокостью, чем та, что была допущена по отношению к ним.
Движение раскольников необходимо было подавить силой, иначе оно грозило России новой смутой. После июльских событий 1682 года патриарх Иоаким созвал еще один в этом году Собор, на котором было решено просить царя принять нужные меры к старообрядцам. Была разработана целая система их розыска и наказания вплоть до казни через сожжение особо упорствующих. По этому поводу были изданы как патриаршие, так и царские указы. Таким образом, 1682 год - вот та историческая черта, после которой можно говорить о расколе как о движении широких масс, приобретшем очень опасный религиозно-политический характер. В этом году был сожжен протопоп Аввакум. Резко увеличилось и число изуверских самосожжений старообрядцев. Практиковались у них и иные виды самоубийства. К 1690 году покончило с собой около 20 тысяч старообрядцев60. До 1682 года они еще питали надежды привлечь царскую власть на свою сторону. Теперь эта надежда рухнула. Старообрядцы наконец увидели то, что патриарх Никон видел давно, а именно - отступление царской власти вообще от евангельских заповедей и святоотеческой веры Святой Руси. И расценили это точно так же, как расценивал Никон, - как апокалиптическое явление и «антихристово узаконение». Петра I старообрядцы прямо объявили антихристом.