Архиерейский сан не изменил строгого подвижнического образа жизни Никона, придав ему только еще больше сил в деяниях на благо Церкви, Совершая частные богослужения, отличавшиеся чинностью и благолепием, Никон с увлечением говорил проповеди, что привлекало в храм множество народа (живая проповедь была в те времена еще очень необычным явлением). Он построил в Новгороде митрополичьи палаты, в трудные времена старался помогать горожанам, чем мог. В его митрополичьем доме была открыта «погребная» палата, где в голодный период ежедневно кормились от 100 до 300 и более человек103. Однако новгородцы не спешили привязываться к новому владыке.

В 1650 году в Новгороде вспыхнул бунт. Никон пытался воздействовать на возмутившихся горожан проклятием зачинщиков и словом увещания, но это не помогло. Более того, 19 марта толпа ворвалась к Никону на Софийский двор. Митрополита ударили ослопом в грудь, серьезно ранив его, потом били кулаками и, израненного, потащили в земскую избу. От побоев Никон не мог идти и упросил новгородцев отпустить его, так как ему предстояло служить обедню. Его отпустили. Через несколько дней он оправился и продолжал при всяком случае уговаривать возмутившихся, тайно посылал вести царю о положении дел, заступался за новгородцев, прося одних простить, другим смягчить наказания, и своими осторожными и мудрыми действиями не только способствовал благополучному исходу всего дела, но и избавил от суровых кар множество людей, которые только теперь оценили своего архипастыря. Особым письмом к царю Никон содействовал также тому, что бунт во Пскове не повлек за собой массовых репрессий и кровопролитий104.

Каждую зиму по вызову Алексея Михайловича Никон приезжал в Москву, живя здесь по нескольку месяцев, принимая участие в общецерковных делах. После новгородского бунта царь преисполнился подлинным восхищением Никоном. Никон понимал, что должен с великой ответственностью воспользоваться любовью царя во благо Церкви и Родине. Возникло решение перевести в Успенский собор Кремля мощи трех московских святителей: первого русского патриарха Иова - из Старицы, святого митрополита Филиппа - из Соловецкого монастыря и патриарха Ермогена - из Чудова монастыря. При этом совершенно особое значение и невиданный характер приобрело перевезение мощей св. Филиппа, за которое взялся сам митрополит Никон. Филипп, как известно, был убит по приказу Ивана Грозного за обличение царских беззаконий и жестокостей. Это было первым и самым серьезным конфликтом между самодержцем и главой Церкви в России, где проявилось притязание царской власти на безудержное самоуправство и полное отрицание церковного авторитета. Возносимый к вершинам церковной власти, Никон серьезно размышлял об отношениях Церкви с самодержавием. Он лично глубоко почитал митрополита Филиппа. Его страдание за правду, за должный духовный авторитет Церкви в обществе стало для Никона образцом и примером. Теперь было крайне важно, чтобы личная любовь между Никоном и царем сделалась бы прочным единением между Церковью и государством и чтобы это было явлено всему русскому народу. Самым удобным случаем для показа такого духовного» почтения царской власти к церковной могло стать публичное изъявление сыновней любви царя не к Никону, а к пострадавшему святителю Филиппу. Никон отыскал в книгах рассказ о том, как император Феодосий, посылая за мощами св. Иоанна Златоуста, обращался к давно почившему святителю с покаянной грамотой, прося в ней прощения за свою мать, гнавшую святого. По предложению Никона Алексей Михайлович написал в таком же духе послание митрополиту Филиппу105. В этой грамоте царь приносил покаяние за прадеда своего Ивана Васильевича, признавал его вину в «неразсудности, зависти и нездержанной ярости» и изъявлял свое почтение к мученику-митрополиту в таких выражениях: «Преклоняю пред тобою сан мой царский за согрешившего против тебя, да отпустишь ему согрешение его своим к нам пришествием, и да упразнится поношение, которое лежит на нем, за изгнание тебя. Молю тебя о сем, о священная глава, и преклоняю честь моего царства пред твоими честными мощами, повергаю на умоление тебя всю мою власть...»106

Восстанавливалась каноническая правда в отношениях монархии и Церкви, в общественном сознании залечивалась рана, почти сто лет не получавшая врачевания.

Никон отправился за мощами Филиппа с большой свитой. Он прочел царскую грамоту над гробом святителя в Соловецком монастыре, вывез мощи на материк и направился с ними в Москву.

В это время 15 апреля 1652 года в великий четверг скончался патриарх Иосиф. С телом всероссийского святителя Филиппа к столице приближался будущий всероссийский святитель Никон. Избрание его на престол было уже предрешено, по крайней мере в ближайшем к царю окружении.