Алексей Михайлович пробыл в действующей армии до декабря 1655 года, а затем вновь вернулся в Москву и 15 мая 1656 года снова уехал на войну уже со шведским королем и вернулся только в январе 1657 года.

Во все периоды отсутствия Алексея Михайловича Никон продолжал быть главным правителем государства. В патриархе признавали великого государя, действительно равного с царем не только по титулу! Свидетельства об этом содержатся в официальной печати. В предисловии к Служебнику, изданному в августе 1655 года, между прочим говорилось: «Должно убо всем, повсюду обитающим, православным народам восхвалити же и прославити Бога, яко избра в начальство и снабжение людям своим сию премудрую двоицу, великого государя царя Алексея Михайловича и великого государя святейшего Никона патриарха, иже... праведно и подобно преданные им грады украшают, к сим суд праведен... храняще, всем всюду сущим под ними тоже творити повелеша... Да даст же (Господь) им, государем,... желание сердец их, да возрадуются вси живущии под державою их... яко да под единым их государским повелением вси... утешительными песньми славити имуть воздвигшаго их истиннаго Бога нашего»138.

Такого высокого и влиятельного положения не достигал ни один глава Церкви. Это была точка наибольшего в руссской истории возвышения духовного начала в жизни общества. Все это отнюдь не означало наличия каких-либо притязаний со стороны самого Никона как патриарха на вмешательство в мирские и государственные дела! Никон правил Россией по просьбе личного друга и царя лишь временно, всегда считал, как мы потом увидим, своим законным долгом только правление Церковью и тут же устранился от дел государственных, как только отпала в том необходимость.