Просьба Кулибина была уважена… и ему была выдана вперед за два года сумма его пенсиона. В 1804 году Кулибин заканчивает монтаж судна, и 23 сентября судно испытывается. Судно двигалось против течения и не уступало в скорости расшивам, ведомым бурлаками. По сравнению с первой моделью второе судно было значительно улучшено.

Кулибин передает все свои чертежи и расчеты в министерство внутренних дел, которое дает их на заключение ряду чиновников. Материалы переходят из одной канцелярии в другую, по нескольку раз возвращаются для доработки к изобретателю, и постепенно замечательное изобретение тонет в пучине канцелярских бумаг. Дело кончается тем, что Городской думе было приказано взять судно на хранение «впредь до повеления, дав механику Кулибину в приеме оного надлежащую расписку».

Интересна дальнейшая судьба этого судна. По распоряжению министра внутренних дел Куракина, оно было продано за 200 рублей на дрова. Кулибин не имел этой суммы, чтобы выкупить судно.

Неудачи не расхолаживают изобретателя, и он проектирует третий вариант судна. В этом тщательно разработанном варианте Кулибин применяет ряд интересных новшеств: так, например, он использует в нем конструкцию поворотных плиц.

Можно утверждать, что если бы суда Кулибина были приняты к постройке, то, постепенно улучшая их, изобретатель дал бы мощный толчок развитию русского грузового судоходства. Конструкции судов были им разработаны совершенно самостоятельно и много совершеннее заграничных конструкций.

К этому же времени относится изобретение Кулибиным механизма протеза ноги. Механизм представлял собой шарнирный четырехзвенный параллелограмм, создававший поступательное движение конечностей.

Сохранились черновые наброски и некоторых других предложений Кулибина.

Пока проекты кулибинского судна переходят из одной канцелярии в другую, автор их начинает работать над новым изобретением. Он проектирует железный мост через Неву. Общая длина моста, состоявшего из трех арок, покоившихся на четырех быках, была 130 сажен.

Свой проект Кулибин заканчивает в 1813 году и намеревается передать его Александру I. В прошении к нему он пишет: «Неусыпными попечениями Вашего Императорского Величества о благе верноподданных воздвигнуты великолепные здания в Санкт-Петербурге: церковь Казанские Пресвятые Богородицы, при реках каменные берега, биржевой зал, чугунные мосты, увеселительные бульвары и многие другие значительные строения, возвысившие сей престольный град красотою и величеством выше всех в Европе. Недостает только фундаментального на Неве-реке моста, без коего жители претерпевают весной и осенью великие неудобства и затруднения, а нередко и самую гибель».

Несмотря на преклонные годы, Кулибин хотел сам руководить постройкой моста. Надо было найти человека, который взялся бы передать прошение царю. Кулибин в 1814 году обращается к всесильному временщику Аракчееву с просьбой ходатайствовать перед царем о рассмотрении проекта.

Но Аракчеев отвечает отказом, считая, что докладывать о подобных проектах это не по его ведомству. Вот что он пишет: «Милостивый государь мой! Рассматривал я полученный ныне через господина тайного советника Илью Яковлевича Аршеневского присланный Вами к нему в ноябре месяце 1814 года проект колоссального моста через Неву-реку и нахожу занятия Ваши полезными, кои делают Вам честь и похвалу, но представлять сего проекта Государю Императору я не могу, ибо обстоятельство сие относится до Министерства Просвещения, к которому и можете обратиться Вы со своим проектом, возвращаемым здесь вместе с описанием и чертежами. При сем скажу Вам откровенно мое заключение, на которое, без сомнения, и Вы согласитесь. Предполагаемая Вами постройка через Неву моста потребует больших издержек, кои в нынешнее время государству необходимы для других важнейших предметов, без коих обойтиться не можно, а потому и думаю, что сие предположение нельзя будет привести теперь в исполнение».

Кулибин снова начинает искать людей, через которых проект мог бы быть передан царю. К президенту Академии наук Разумовскому он обращаться боится. «Он до представления государю отдаст мое дело на рассмотрение Академии, где и прежде у меня чистосердечных приятелей не находилось, а нынче и более найти их сумневаюсь, и ежели они проект мой опорочат, тогда все будет пропащим».

Все-таки Кулибину пришлось подать проект в Академию. Разумовский не отсылает проекта царю, и он лежит без движения. В 1816 году сын Кулибина Семен обращается к Разумовскому с просьбой сообщить, не последовало ли какого-либо решения по представленному проекту. Разумовский не отвечает. Тогда Кулибин с сыном обращаются с просьбой хотя бы вернуть им обратно чертежи проекта. Но тщетно ждет больной старик какого-либо ответа. Проект моста постигла та же участь, что и многие другие его изобретения. Царские чиновники, не заинтересованные в развитии отечественной промышленности, прятали проекты этих изобретений под сукно, и только теперь, когда мы изучаем научное наследство Кулибина, мы можем полностью оценить гениальность его технического новаторства.

Нельзя не упомянуть о том, что в течение всей своей жизни Кулибин трудился над неразрешимой задачей создания «перпетуум мобиле» — вечного двигателя. Свои работы над вечным двигателем он начинает еще в 1770 году и продолжает их до самой своей смерти. Особенно много работает он над этим изобретением, находясь в Нижнем. Кулибин пишет, что в его задачу входит изобретение колеса, «которое, чтобы обращалось единственно своею силою до того времени, когда повредится какая-либо материальная часть, его составляющая, не имея в своем сложении никакие посторонние силы, к движению его побуждающие».

Таким образом, Кулибин считал, что можно изобрести машину, которая двигалась бы без притока энергии извне до тех пор, пока не износится какая-либо деталь. После замены изношенной детали машина должна была опять продолжать двигаться.

Хотя Кулибину были известны отрицательные мнения ученых о возможности построения вечного двигателя, он продолжает свои опыты, затрачивая на них значительные средства. Над проектом вечного двигателя он работал более 40 лет и делал это втайне. «Более 40 лет времени занимался я во взыскивании самодвижущейся машины, упражнялся в делании ею опытов секретно, потому что многие ученые почитают сие изобретение за невозможное, даже смеются и ругаются над теми, кто в том взыскании упражняются».

После Кулибина осталось громадное количество вариантов конструкции этой машины. Он трудится над проектами машины до самой смерти, не в силах побороть неумолимого закона сохранения энергии. В основу своей машины Кулибин клал механический принцип колеса с перемещающимся внутри него грузом. Постоянное перемещение груза должно было, по убеждению Кулибина, вращать колесо в требуемом направлении.

В оправдание того, что Кулибин занимался изобретением вечного двигателя, несмотря на абсурдность этой идеи, можно указать, что взгляды Кулибина разделялись в ту эпоху многими выдающимися учеными. Французская Академия наук перестала принимать к рассмотрению проекты вечного двигателя только в 1775 году. Не надо забывать, что закон сохранения энергии, из которого вытекает, что энергия, необходимая для движения двигателя, не может быть получена из ничего, был сформулирован только в середине XIX столетия.

Здоровье Кулибина всё ухудшалось, но он даже в постели продолжает свои работы и вычисления, иногда украдкой от родных исправляя чертежи. Умер Кулибин 30 июня 1818 года по старому стилю. Умер он абсолютно нищим. Для того чтобы похоронить его, вдова принуждена была продать стенные часы. Похоронен он в Нижнем на Петропавловском кладбище.

Трагична судьба Кулибина и его изобретений. Она характерна для большинства русских самородков-изобретателей. Талантливые изобретатели, которыми так богата была русская земля, задыхались под гнетом бюрократически-чиновничьего равнодушия. Только отдельные имена — Черепанова, Ползунова, Кулибина — сохранились в истории развития русской науки и техники. Десятки же имен гениальных сынов русского народа остались неизвестными. Царское правительство видело в них в лучшем случае — как это было с Кулибиным — затейников и выдумщиков, умеющих своими изобретениями развлекать царей и их окружение.