14 Августа 2003 года родной сын академика Дмитрий дал интервью «Экспресс газете», в котором впервые рассказал об отношениях с отцом: «Когда умерла мама, мы некоторое время продолжали жить вместе - папа, я и сестры, - рассказывал сын академика. - Но после женитьбы на Боннэр отец ушел от нас, поселившись в квартире мачехи. Таня к тому времени вышла замуж, мне едва исполнилось 15 лет, и родителей мне заменила 23-летняя Люба. С ней вдвоем мы и хозяйничали. В своих воспоминаниях отец пишет, что старшие дочери настраивали меня против него. Это неправда. Просто в дом, где папа жил с Боннэр, меня никто никогда не приглашал. Туда я приходил редко, вконец соскучившись по отцу. А Елена Георгиевна ни на минуту не оставляла нас один на один. Под строгим взором мачехи я не осмеливался говорить о своих мальчишеских проблемах. Было что-то вроде протокола: совместный обед, дежурные вопросы и такие же ответы».

«С 1972 года все более усиливалось давление на меня и моих близких, кругом нарастали репрессии», - записал Андрей Дмитриевич Сахаров в «Автобиографии». Под близкими он подразумевал в первую очередь Елену Боннэр и её детей.

Репрессии по отношению к «близким» заключались в следующем. Татьяну, дочь Боннэр, исключили с факультета журналистики МГУ, так как она не работала по специальности.  Её мужу Ефрему Янкелевичу не разрешили поступить в аспирантуру, так как после окончания института он не захотел ехать по распределению. Алеша, сын Боннэр, отказался вступать в комсомол. По этой причине ему якобы пришлось уйти из математической школы и учиться в обычной. При поступлении в МГУ его как будто завалили на вступительных экзаменах, и он вынужден был поступить в пединститут, который в скором времени бросил и уехал за границу. 

Однажды Елена Боннэр пожаловалась жене Солженицына, что ее дети не могут получить хорошее образование. Наталья Дмитриевна ответила, что миллионы детей в России вообще лишены возможности получить какое-либо образование. Боннэр с возмущением воскликнула: «На...ть мне на русский народ! Вы ведь манную кашу своим детям варите, а не всему русскому народу!»

26 августа 1980 года председатель КГБ СССР Ю.В. Андропов направил Информационную записку в ЦК КПСС «О вновь открывшихся обстоятельствах преступной деятельности академика Сахарова А.Д. и его жены Боннэр Е.Г.», в которой сообщалось:

«Установлено, что действия Боннэр, подогревающей антисоветизм мужа, основаны не только на ее враждебном отношении к советской власти, но и соответствуют рекомендациям спецслужб США и зарубежных антисоветских центров. О ее связи с ним говорит такой факт. В 1979 году американцы, воспользовавшись пребыванием Боннэр на лечении в Италии, вывезли ее в США под чужой фамилией, без оформления документов в установленном порядке. Там она установила контакты с антисоветчиками и встречалась с лицами, подозреваемыми в связях с ЦРУ. Из этой поездки Боннэр привезла и навязала Сахарову, в частности, идею по объединению антисоциалистических элементов СССР, ПНР и ЧССР. И только выселение его из Москвы позволило пресечь эту подрывную акцию».

22 января Андрей Сахаров был арестован и сослан вместе с Еленой Боннэр в город Горький.

Чтобы получить разрешение на эмиграцию для себя и своих детей, Елена Боннэр склонила Сахарова к проведению трёх длительных голодовок.

В 1981 году академик голодал семнадцать дней вместе со своей супругой за право выезда в Америку Лизы, невесты сына Боннэр.

С горечью рассказывает об этом событии сын академика Дмитрий: «В те дни я приехал в Горький, надеясь убедить отца прекратить бессмысленное самоистязание. Между прочим, Лизу я застал за обедом! Как сейчас помню, она ела блины с черной икрой. Представьте, как мне стало жаль отца, обидно за него и даже неудобно. Он, академик, известный на весь мир ученый, устраивает шумную акцию, рискует своим здоровьем - и ради чего? Понятно, если бы он таким образом добивался прекращения испытаний ядерного оружия или требовал бы демократических преобразований… Но он всего лишь хотел, чтобы Лизу пустили в Америку к Алексею Семенову. А ведь сын Боннэр мог бы и не драпать за границу, если уж так любил девушку. У Сахарова сильно болело сердце, и был огромный риск, что его организм не выдержит нервной и физической нагрузки. Позже я пробовал говорить с отцом на эту тему. Он отвечал односложно: так было нужно. Только вот кому? Конечно, Елене Боннэр, это она подзуживала его. Он любил ее безрассудно, как ребенок, и был готов ради нее на все, даже на смерть. Боннэр понимала, насколько сильно ее влияние, и пользовалась этим. Я же до сих пор считаю, что эти шоу сильно подорвали здоровье отца. Елена Георгиевна прекрасно знала, насколько голодовки губительны для папы, и прекрасно понимала, что подталкивает его к могиле».

После подобного самоистязания у академика произошёл спазм сосудов мозга.

В мае 1984 года Андрей Сахаров голодал двадцать шесть дней, протестуя против уголовного преследования Елены Боннэр. С апреля 1985 года академик приступил к третьей голодовке за право Боннэр выехать за рубеж для лечения. На этот раз Сахаров был госпитализирован, с помощью врачей голодовка была прекращена. Проводя подобные акции, Андрей Дмитриевич рисковал своей жизнью, у него было больное сердце. В 1984 году родные дети Сахарова пожалели отца и послали Боннэр телеграмму:

«Елена Георгиевна, мы, дети Андрея Дмитриевича, просим и умоляем вас сделать все возможное, чтобы спасти нашего отца от безумной затеи, которая может привести его к смерти. Мы знаем, что только один человек может спасти его от смерти. Это вы. Вы мать своих детей и должны понять нас. В противном случае будем вынуждены обратиться в прокуратуру о том, что вы толкаете нашего отца на самоубийство. Другого выхода не видим. Поймите нас правильно».

После подобной телеграммы Сахаров обиделся на детей и на полтора года прекратил переписку с ними. Елена Боннэр своеобразно объяснила поступок мужа: «Для Сахарова было действительно важно сохранить мою жизнь и в такой же степени сохранить окно в мир. Без меня это окно для него было бы закрыто... Эту голодовку спровоцировали власти».

«Мы оба понимали, что «за так» меня не отпустят - значит, голодовка» - рассуждала Боннэр.

Родной сын Сахарова Дмитрий решил последовать примеру детей Боннэр и уехать за границу, но согласия отца на выезд из страны он не получил. «Почему вы хотели сбежать из СССР, неужели вашей жизни угрожала опасность?» - спросил у Дмитрия журналист «Экспресс газеты».

«Нет, - ответил Дмитрий и пояснил. - Я, как и Татьяна Семенова с Алексеем, мечтал о сытой жизни на Западе. Но, похоже, мачеха боялась, что я могу стать конкурентом ее сыну и дочери, и - самое главное - опасалась, что откроется правда о настоящих детях Сахарова. Ведь в таком случае ее отпрыскам могло достаться меньше благ от зарубежных правозащитных организаций. А отец слепо шел у жены на поводу».

«Я подозреваю, что отец, ни разу не навещал могилу нашей мамы с тех пор, как женился на Елене Георгиевне, - добавил Дмитрий. -  Понять этого я не мог. Ведь, как мне казалось, папа очень любил маму при ее жизни. Что с ним случилось, когда он стал жить с Боннэр, не знаю. Он словно покрылся панцирем. Когда у Любы при родах умер первый ребенок, отец даже не нашел времени к ней приехать и выразил соболезнование по телефону. Подозреваю, что Боннэр ревниво относилась к его прежней жизни, и он не хотел ее расстраивать».

В 1982 году во время горьковской ссылки к Сахарову приехал художник Сергей Бочаров, чтобы написать портрет опального академика.  Во время работы – разговорились.

«Сахаров не все видел в черных красках, - заметил Бочаров в интервью «Экспресс газете». - Андрей Дмитриевич иногда даже похваливал правительство СССР за некоторые успехи. Теперь уже не помню, за что именно. Но за каждую такую реплику он тут же получал оплеуху по лысине от жены. Пока я писал этюд, Сахарову досталось не меньше семи раз. При этом мировой светило безропотно сносил затрещины, и было видно, что он к ним привык».