3 декабря 1918 г. М. В. Альтфатеру и Ф. Ф. Раскольникову было поручено «представить в возможно короткий срок проект реорганизации Центрального управления Морского ведомства сообразно с изменившимися обстоятельствами». Поручение было дано телеграммой за подписью начальника Штаба РВСР бывшего генерал-майора Ф. В. Костяева и члена РВСР С. И. Аралова. В военном ведомстве к этому времени уже произошло поглощение коллегии Реввоенсоветом. Такое же мероприятие назревало и в морском ведомстве. Логичным было появление проекта создания учреждения, получившего рабочее название «РВС морского ведомства»[808]. В нем говорилось: «РВС морского ведомства по существу является морским отделом морской комиссии РВСР и во всех отношениях всецело ему подчинен»[809]. «РВС морского ведомства» должен был состоять из «технического члена» (он же командующий морских сил Республики) и «политического члена» (комиссар при командующем). Комиссар не должен был вмешиваться в техническую сторону отдаваемых командующим распоряжений, но он отвечал за отсутствие в распоряжении командующего положений, «расходящихся с коммунистической политикой Советской власти». Комиссар должен был подписывать все приказы вместе с командующим, председательствовать в Бюро морских комиссаров, назначать, смещать и перемещать комиссаров всех центральных учреждений, нести ответственность за деятельность центральных учреждений морского ведомства. Все комиссары отдельных частей, вплоть до судна, должны утверждаться председателем Бюро морских комиссаров по представлению РВС флотов. Члены РВС флотов и флотилий должны назначаться РВСР по представлению Бюро морских комиссаров[810].

Результатом их деятельности стал приказ РВСР № 394 от 18 декабря 1918 г. о реорганизации центрального аппарата морского ведомства за подписями Л. Д. Троцкого, И.И. Вацетиса, С.И. Аралова и Э. М. Склянского[811]. Согласно этому приказу, прежде всего из РВСР выделялся Морской отдел (МО РВСР) в составе командующего всеми Морскими, озерными и речными силами Республики В. М. Альтфатера и председателя Бюро морских комиссаров Ф. Ф. Раскольникова[812]. Коллегия Наркомата 17 декабря 1918 г. была упразднена. Надо отметить, что название «Верховная морская коллегия» для обозначения Коллегии НКМД использовалось вплоть до конца 1918 г., хотя официально оно употреблялось лишь до 22 февраля 1918 г. В частности, существовала Канцелярия ВМК, позднее переименованная в управление делами МО РВСР. Она включала в себя отделения: общих дел, юридическое, кодификационное[813]. «Положение об Управлении делами МО РВСР» было введено приказом № 176 от 14 марта 1919 г. за подписями Э. М. Склянского и В. М. Альтфатера[814]. Видимо, этот приказ был одним из последних документов, подписанный рукой Василия Михайловича.

Формально МО РВСР – коллегиальный орган, фактически в нем была установлена та степень единоначалия, которая только и была возможна в тогдашних вооруженных силах Советской России: МО РВСР состоял из командующего ВМФ (В. М. Альтфатер) и комиссара при нем (Ф. Ф. Раскольников). В Красной Армии высшее военное руководство сохранило, хотя в значительной степени лишь на бумаге, гораздо больше черт коллегиальности: в составе РВСР числилось по 10–15 человек.

Как сообщалось в одном из докладов по МГШ, написанном в мае 1919 г., целью создания МО РВСР было решение «всех текущих непринципиальных вопросов, касающихся управления флотом и морским ведомством, составляющих самую значительную часть дел по управлению этим ведомством»[815]. МО РВСР получил права бывшей Коллегии за исключением: 1) права назначения начальников эскадр, бригад, отрядов, их перемещения и утверждения их отпусков; 2) изменения существующих штатов и положений, когда не достигнуто соглашение с Комиссариатом финансов и Государственным контролем; 3) издания новых штатов без согласования с этими комиссариатами; 4) распространения на флот действия узаконений, объявленных по военному ведомству и не требующих утверждения СНК или новых расходов. Полномочия МО РВСР были не столь широки, как у Коллегии НКМД, и приближались по своему объему к полномочиям дореволюционного морского министра, тогда как права Коллегии соответствовали, скорее, правам прежнего главнокомандующего флотом.

МО РВСР было дано право пересматривать и вырабатывать штаты всех учреждений. Однако их утверждение было возможно только после их пересмотра в Особом междуведомственном совещании при участии представителей Наркоматов Госконтроля и Финансов. Приказ о создании такого совещания «для обсуждения всех финансовых и хозяйственных мероприятий Наркомата по морским делам» Э. М. Склянский подписал еще 12 декабря 1918 г.[816] Председателем комиссии должен был стать В. М. Альтфатер, его заместителем по «вопросам чисто хозяйственного характера» начальник ГМХУ – Седов.

МО РВСР поручалось выработать подробный проект положения об управлении морским ведомством. В результате 31 декабря 1918 г. приказом РВС понижался статус ряда управлений: Управление личного состава было включено в состав МГШ и преобразовано в Отдел личного состава и учета, та же судьба постигла и Управление военно-морских учебных заведений[817]. В те же дни Управление морской авиации и воздухоплавания было преобразовано в Авиационный отдел ГУК, а УДРВС – в коллегию по управлению заводами Морского ведомства.

Для реализации этих организационных изменений были предприняты следующие шаги. Прежде всего вместо ГУЛИСО в МГШ образовали Отдел личного состава флота и учета, вместо УВМУЗ – Учебный отдел МГШ, Организационный отдел ГУЛИСО слили с Организационным отделом МГШ, создав Организационный отдел МГШ. Мобилизационно-экономический отдел МГШ был упразднен, а его функции передали в Отделение общих дел Организационного отдела вместе с частью личного состава. Оперативный и Иностранный отделы МГШ слили в единый Оперативный отдел, выделив из Иностранного отдела Службу связи, которая стала самостоятельной службой Морского комиссариата. Тактическое отделение МГШ было преобразовано в Тактико-техническое с включением в его состав Исторического отделения.

В результате этого преобразования организация МГШ приобрела следующий вид:

1. Оперативный отдел:

а) Балтийское отделение;

б) Волжско-Камское отделение;

в) Речно-озерное отделение;

г) Отделение по обработке сведений по иностранным флотам;

2. Организационный отдел:

а) штатное отделение;

б) уставное отделение;

в) отделение общих дел;

3. Тактико-технический отдел:

а) тактическое отделение;

б) техническое отделение;

в) историческое отделение;

4. Отдел личного состава флота и учета:

а) отделение комплектования;

б) отделение по службе личного состава;

в) отделение учета;

5. Учебный отдел:

а) учетное отделение;

б) распорядительное отделение;

6. Канцелярия.

Учебный отдел так и не был создан из-за того, что в составе этого органа осталось всего три сотрудника, и его предпочли назвать отделением, а не отделом. Распорядительное отделение Учебного отдела вовсе не было сформировано[818].

Канцелярия МГШ в 1918 г. приобретала все больший вес в штабе. По словам одной из докладных записок, сотрудники Канцелярии регистрировали все входящие бумаги, отправляли исходящие, участвовали в междуведомственных совещаниях, занимались организацией эвакуации МГШ из Петрограда в Москву. Кроме того, она занималась разработкой проекта организации Курьерской части морского ведомства, заботилась о личном составе в бытовом плане, выступала в качестве «продовольственного органа при МГШ»[819]. Канцелярии пришлось столкнуться с «общим недостатком всего» и сделать вывод, что «чем больше разруха, тем больше усилий» приходится прилагать Канцелярии[820].