К началу октября 1811 года всё в Лицее было готово для приёма воспитанников. Здание внутри перестроено и заново отделано. Старая мебель приведена в порядок, изготовлена и приобретена кой-какая новая. Для воспитанников, профессоров, служителей сшита форменная одежда. Закуплены книги и учебные пособия.
В первом этаже бывшего дворцового флигеля разместились хозяйственное управление Лицея, квартиры инспектора и гувернёров; во втором этаже — гардеробная, столовая, буфетная, больница с аптекой, малый конференц-зал, канцелярия; в третьем этаже — большой зал, классы, физический кабинет, газетная комната, в галерее — библиотека; в четвёртом этаже — комнаты-спальни воспитанников.
Четвёртый этаж, по проекту Стасова, подвергся самой основательной переделке. Втиснуть в один этаж полсотни спален оказалось нелегко. Для этого ранее существовавшие внутренние стены были разобраны, двери заделаны. Вместо них возвели шесть поперечных капитальных стен с проходами-арками. Арки образовали сквозной коридор. И по обе стороны коридора появились пятьдесят две крохотные комнатки-спальни с оштукатуренными дощатыми стенами. Эти стены-перегородки делили окна пополам, так что в большинстве спален было по половине окна. Для «чистоты комнатного воздуха» перегородки не доходили до потолка. Для этой же цели потолок всего этажа был приподнят на один аршин. В каждую комнату вела из коридора небольшая дверь, окрашенная жёлтой масляной краской «под дуб». Вверху каждой двери — «для сообщения воздуха и света» — находилось окошечко с железной сеткой. Полы были дощатые, а не паркетные. Над каждой дверью висела чёрная дощечка с номером комнаты и фамилией воспитанника.
Лицейские гувернёры и некоторые профессора заранее переселились в Царское Село в специально отведённые для них квартиры.
Директору предоставлен был стоящий через переулок против Лицея каменный дом.
Два каменных строения по Певческому переулку, рядом с домом директора, тоже были переданы Лицею. Там разместились кухня, прачечная, баня, погреба.
В ожидании прибытия воспитанников в лицейской кухне уже хозяйничали повар Иван Веригин и смотрительница над кухней и съестными припасами «майорская дочь» София Скалон.
В гардеробной наводила порядок кастелянша — «жена отставного придворного скорохода» — Надежда Матвеева.
В помощь служителям-дядькам ещё в августе прислана была «инвалидная команда» — унтер-офицер и шесть солдат-инвалидов.
Директор Лицея Василий Фёдорович Малиновский отдавал последние распоряжения эконому Эйлеру и надзирателю по учебной и нравственной части Пилецкому.
И вот с утра девятого октября 1811 года возле директорского дома началось оживление. Казалось, хозяин принимает гостей. Со стуком подъезжали кареты, из которых степенно выходили подростки-мальчики в сопровождении родных. Но лица детей были грустны и растерянны, а лица взрослых торжественно серьёзны. Они приехали не в гости. Это начали съезжаться будущие воспитанники Царскосельского Лицея.
Кто привёз Александра Пушкина — неизвестно. Возможно, его дядя Василий Львович. А может быть, старинный друг семьи Пушкиных, добрейший Александр Иванович Тургенев, благодаря влиянию которого и удалось поместить двенадцатилетнего Александра во вновь открываемое учебное заведение.
Встречал приезжающих сам директор — Василий Фёдорович Малиновский. Было ему уже за сорок. Его открытое лицо с благородными чертами говорило об уме и доброте. Держался он скромно, просто, приветливо. Он прекрасно понимал, что творилось в душе привезённых к нему мальчиков, и старался их ободрить, успокоить, рассеять.
«Новобранцы» прибывали по одному. Отобедали тут же, у директора. Сопровождающие не задерживались, не желая продлевать тягостные минуты расставания и памятуя пословицу: «Долгие проводы — лишние слёзы».
Родные уехали, и воспитанники остались с гувернёрами и инспектором.
После вечернего чая всех повели переодеваться. В несколько минут мальчики преобразились. Сброшены неказистые домашние курточки, панталоны, башмаки. На каждом синий двубортный сюртук со стоячим красным воротником, с красным кантом на манжетах, с блестящими гладкими пуговицами, синий суконный жилет, длинные прямые панталоны синего сукна, полусапожки.
Мальчики бросились к зеркалу, разглядывали друг друга, вертелись. Одни уже воображали себя министрами, другие сенаторами, третьи просто наслаждались своим парадным видом. Довольны были все.
Время близилось к десяти. Пора и на покой. Поднялись на четвёртый этаж и по длинному полутёмному коридору разошлись по своим комнаткам, где удушливо пахло непросохшей краской.
«Новобранцы» осмотрелись. Тускло освещала свеча скромное убранство: узкая железная кровать с бумазейным одеялом, конторка, стул, умывальный столик с зеркалом, комод. За окном непроглядная осенняя ночь, ветер, шум деревьев в роще. И не у одного будущего сенатора и министра вдруг почему-то защипало в горле и потекли по щекам непрошеные слёзы.
Александру Пушкину досталась комната под номером 14. Над дверью уже висела дощечка с его фамилией. Оставшись наедине, он не заплакал. Он давно уже не плакал. Последний раз, пожалуй, лил слёзы тогда, когда гувернантка сестры схватила его тетрадку с начатой поэмой и отдала гувернёру Шеделю: «Посмотрите, каким вздором занимается Александр, вместо того чтобы готовить уроки». Шедель начал читать и захохотал. И тут Пушкин заплакал, вырвал тетрадку, швырнул её в печь. С тех пор он не плакал.
Пушкин оглядел свою комнату. Убогость обстановки не тревожила его, он не был избалован. Приметил всё — в дверях окошечко с сеткой, мерные шаги дежурного дядьки в коридоре — и подумал с усмешкой: «Решётка, часовой… Будто в тюрьме».
Девятого октября в Лицей кроме Пушкина приехали Кюхельбекер, Вольховский, Илличевский, Ломоносов, Ржевский, Матюшкин, Брольо, Корсаков, Гурьев. На другой день привезли ещё четверых. А тринадцатого октября директор Лицея сообщил министру просвещения графу А. К. Разумовскому, что все воспитанники уже съехались, все они довольны своим содержанием и веселы, все уже одеты в казённые мундиры и снабжены обувью, «потому что многие из них приличной одежды не имели».
В Лицей было принято тридцать человек. Царских братьев среди них не числилось. Назревали грозные политические события — война с Наполеоном, царю было не до братьев. К тому же не понравился императорской фамилии состав принятых воспитанников. Были они в большинстве дети незнатных, небогатых и нечиновных родителей — неподходящая компания для великих князей.