Новая власть позволила себе в его отношении роскошь «полной законности» (всегда, к сожалению, производящей трагикомическое впечатление после вооруженной борьбы). Закон 22 прериаля был отменен, Фукье-Тенвиль был предан суду с соблюдением всех форм правосудия. Кажется, победители даже несколько щеголяли перед ним обилием этих форм. Сам он, не вызвав ни единого свидетеля, после двухчасового или трехчасового заседания отправлял на эшафот 50—60 человек. Его дело слушалось на 45 заседаниях, и вызвано было по делу около 400 свидетелей.

Новый суд несколько преувеличил черты «чудовища» в бывшем прокуроре революционного трибунала. Так, в обвинительном акте сообщалось, что когда какой-либо подсудимый ускользал от казни, то Фукье-Тенвиль «трепетал от бешенства и ярости и без основания в одинаково оскорбительных выражениях отзывался об обвиняемых, о присяжных, о судьях» (Бюше и Ру, т. 34, стр. 272. — Отчет о деле Фукье-Тенвиля занимает в этом сборнике два тома. Чтение тяжелое, но поучительное в отношении революционной психологии.). Едва ли это могло быть. Одновременно старались и памфлетисты. В одном памфлете описывалось, как в аду Робеспьер, составляющий план всемирного кладбища, принимает Фукье-Тенвиля в основанный им клуб. Памфлет был не остроумный и писали его люди, одинаково охотно продававшие свое перо кому угодно: таких в пору революции было очень много.

Держался на суде Фукье-Тенвиль довольно смело. Иногда терялся при особенно убийственных для него свидетельских показаниях, но иногда переходил в наступление и говорил со скамьи подсудимых почти в таком же тоне, в каком в пору своего могущества говорил с прокурорского места. Защита его строилась на том, что он лишь исполнял закон, выдуманный не им, а Конвентом. Это была выигрышная позиция, вдобавок ставившая в затруднительное положение многих победителей 9 термидора: они сами имели к террору достаточно близкое отношение. Если верить полицейским донесениям того времени, напечатанным в издании Олара, мнения насчет Фукье-Тенвиля очень расходились. Он произнес защитительную речь, продолжавшуюся шесть часов. Судей она, разумеется, не убедила. Ему был вынесен смертный приговор.

Казнь состоялась 7 мая 1795 года, почти через год после 9 термидора. Толпа проводила Фукье-Тенвиля на эшафот свистом, бранью, оскорблениями. Но так она провожала на гильотину и людей гораздо более достойных. Народ в пору революции «безмолвствовал» редко и неохотно. Бывший прокурор революционного трибунала, проявивший перед смертью несомненное мужество, в долгу не оставался и отвечал с телеги на грубую брань грубой бранью. Ходившие в толпе сыщики с похвальным беспристрастием занесли в дошедшие до нас отчеты и то, что кричал народ прокурору, и то, что кричал прокурор народу. «Сволочь» в этой полемике было самым любезным словом.