В декабре 1943 г. на авиазаводе № 39 в Иркутске, кроме 30 Ил-4, выпустили два первых Ер-2. К этому моменту бомбардировщики окрашивались уже в трехцветный камуфляж. Среди утвержденных схем окраски специального варианта для Ер-2 не было, однако это не помешало самолету получить новый трехцветный камуфляж из пятен светло-коричневой А-21м, зеленой А-24м и черной А-26м эмалей, последняя позднее могла заменяться темно-серой А-32м. В отличие от стандартных схем, где доля темно-серого была меньше, чем любого другого цвета, в камуфляже первых серийных «еров» завода № 39 все три цвета были «равноправны».

Иркутский завод, как расположенный вдалеке от центра, не мог не испытывать дефицита в снабжении материалами. Относилось это в полной мере и к авиационным лакам и эмалям. В подобных случаях руководство предприятия и военная приемка могли допустить выпуск самолетов в камуфляже, в котором отсутствовал темно-серый или светло-коричневый цвет. Дело облегчалось и тем, что, как говорилось выше, для Ер-2 отсутствовала официальная схема камуфляжа.

На заводе нижние поверхности многих машин окрашивались в черный цвет. Как исключение, встречались машины, окрашенные в черный цвет целиком.

Одновременно с камуфляжем изменились и опознавательные знаки — прежние оказались недостаточно заметными. Это делалось по приказу «об улучшении видимости опознавательных знаков на самолетах ВВС КА» от 3 сентября 1943 г. Теперь они получили две окантовки: белую шириной 5 см и красную — 1 см. Хотя и раньше вокруг звезд иногда наносили белый кант. Но для Ер-2 этого оказалось недостаточно. Его силуэт оставался малознакомым бойцам советской ПВО. Чтобы избежать обстрела своими же истребителями и зенитчиками, красные звезды на «ерах» рисовали максимально больших размеров. На вертикальном оперении они занимали всю площадь шайб.

В 1945 г. на Ер-2 появляется необычный камуфляж. Границы цветовых полей представляли собой ломаные прямые. Такой стиль окраски и время его появления позволяют предположить, что цветами были серо-голубой (А-33м) и темно-серый (А-32м). Подобную расцветку предполагалось ввести на всех самолетах советских ВВС с ноября 1944 г.

В отличие от большинства советских самолетов периода ВОВ, фотографии Ер-2 с нарисованными на бортах личными эмблемами, дарственными надписями или обозначениями побед неизвестны.

Три Ер-2 выпуска завода № 18 в 1943 и 1944 гг. получили гражданские опознавательные знаки. Это были: № 1851106 (СССР-И541), № 1850405 (СССР-И586) и № 1850604 (СССР-И638), принадлежавшие соответственно моторостроительным заводам № 45, № 26 и № 16.