Фюзеляж — цельнометаллический, типа монокок. Технологически он делился на носовую, среднюю и хвостовую части и хвостовой обтекатель. Каркас фюзеляжа состоял из 40 шпангоутов и 36 неразрезных стрингеров. Кроме стрингеров, вдоль фюзеляжа проходили четыре лонжерона: два — по нижней части фюзеляжа, а два — по бортам. Шпангоуты (за исключением 1-го, 10-го и 15-го), лонжероны и стрингеры были выполнены из дюралюминиевых профилей. Между 10-м и 15-м шпангоутами продольный набор усиливался сдвоенными стрингерами. В центральном отсеке по обоим бортам устанавливались наружные лонжероны.

В носовой части размещались кабины летчика и штурмана. Сиденье летчика было расположено слева между 6-м и 8-м шпангоутами. Пол кабины представлял собой постамент, каркас которого склепывался из дюралюминиевых профилей и зашивался толстой фанерой. Сиденье штурмана было установлено справа.

На кольце 1-го шпангоута фюзеляжа монтировалась носовая стрелковая установка. В носовой части фюзеляжа располагались также агрегаты управления самолетом, приборные доски и прочее оборудование.

В средней части фюзеляжа размещались бензобаки и бомбовая нагрузка. Между 8-м и 10-м шпангоутами находились четыре бака, из которых два подвешивались сверху, а два крепились к специальным лекалам на правом и левом бортах так, что между ними оставался проход.

Бомбоотсек находился между 10-м и 15-м шпангоутами. Его люк разделялся центральной балкой на правую и левую половины. Закрывание створок люка производилось тросами, а открывание — пружинными толкателями. Бомбы размещались так, чтобы по центральной балке обеспечивался проход в хвостовую часть самолета. Над бомбоотсеком подвешивались еще два бензобака.

В хвостовой части фюзеляжа помещались радист и стрелок. Сиденье радиста располагалось на левом борту между 15-м и 16-м шпангоутами. За ним на правом борту монтировалась радиостанция. Сиденье стрелка находилось в верхней стрелковой установке, помещенной между 21-м и 24-м шпангоутами в специальном люке.

Стабилизатор крепился к 33-му, 35-му и 37-му шпангоутам и усиленной окантовке выреза по контуру. К 37-му шпангоуту присоединялся хвостовой обтекатель. В последнем имелось гнездо для уборки костыльного колеса.

К силовым шпангоутам (10-му и 15-му) крепился мотоотсек. Рамы этих шпангоутов сваривались из стальных труб. 15-й шпангоут был зашит дюралюминиевой стенкой, в середине которой имелась дверь. Каркас ее был склепан из дюралюминиевых профилей, а обшивка выполнена из плексигласа. Подобная дверь имелась и на 8-м шпангоуте. Обе двери — скользящего типа, при открывании и закрывании они двигались на роликах по направляющим.

Усиленные контурные шпангоуты выполнялись из двух дюралюминиевых швеллеров, соединенных между собой лентой.

Компоновка Ер-2 с моторами М-105Р:

1 — носовая установка с пулеметом ШКАС; 2 — приборная доска пилота; 3 — кресло пилота; 4 — бензобаки; 5 — стрелок; 6 — турель ТАТ-БТ с пулеметом БТ; 7 — баллоны с кислородом; 8 — киль; 9 — руль направления; 10 — триммер руля направления; 11 — хвостовое колесо (полетное положение); 12 — фотоаппарат АФА-Б; 13 — люковая установка с пулеметом ШКАС (боевое положение); 14 — стрелок-радист; 15 — радиомачта; 16 — бомбы на кассетных держателях КД-2-240 в бомбоотсеке; 17 — антенна радиополукомпаса РПК-2 в обтекателе; 18 — штурман; 19 — нижний люк.

Приборная доска летчика:

1 — выключатель; 2 — кнопка; 3, 6, 16, 18 — лампы сигнализации; 4 — лампы трехцветной сигнализации; 5 — гиромагнитный компас ГМК-2; 7 — указатель скорости; 8 — авиагоризонт; 9 — высотомер; 10 — компас КИ-10; 11 — мановакуумметры; 12 — указатели оборотов двигателей; 13, 14, 15 — индикаторы температуры; 17 — указатель радиополукомпаса РПК-2; 19 — указатель поворота и скольжения; 20 — вариометр; 21 — часы; 22 — пусковые кнопки; 23 — переключатель.

Каркас фонаря штурмана — сварной, остеклен плексигласом. Для создания гладкой поверхности фонаря стекла по контуру были отфрезерованы на толщину окантовки. В верхней части фонаря имелся астрономический люк, открывавшийся внутрь фюзеляжа. Между 2-м и 5-м шпангоутами внизу находился входной люк, смещенный влево от оси фюзеляжа. В кабине штурмана имелись остекленные плексигласом окна. На обоих бортах располагались сдвижные форточки.

Фонарь летчика, смещенный на левый борт, состоял из неподвижной и подвижной частей. Каркас был сварен из стальных труб, к которым с помощью наружной дюралюминиевой окантовки и специальных прижимов винтами крепилось остекление из плексигласа. Как и на фонаре штурмана, плексиглас был отфрезерован по контуру на толщину окантовки. Подвижная часть фонаря с форточкой передвигалась по направляющим на роликах. Левое окно подвижной части — открывающееся.

В хвостовой части фюзеляжа в деревянном полу имелся люк, предназначенный для входа и выхода экипажа из самолета и стрельбы из люковой установки. Он закрывался крышкой изнутри.

Фюзеляж был обшит дюралюминиевыми листами толщиной 1–1,2 мм. Между 14-м и 17-м шпангоутами поверх основной обшивки накладывались усиливающие 1,5-мм листы. Клепка — впотай, листы обшивки накладывались на каркас встык. В кабинах радиста и стрелка имелись остекленные плексигласом окна.

Крыло — свободнонесущее, двухлонжеронное, выполнено по типу «обратной чайки». В плане имело форму трапеции с закругленными концами. Каждое полукрыло делилось на моторный отсек и консоли. Соединение лонжеронов моторного отсека крыла с 10-м и 15-м шпангоутами фюзеляжа осуществлялось с помощью стыковых гребенок и конусных болтов. Лонжероны моторного отсека и консолей соединялись также с помощью стыковых гребенок и конусных болтов.

Между лонжеронами консольной части крыла размещались три бензобака, монтаж и демонтаж которых производился через люки снизу. В консольной части крыла через люк в нижней обшивке устанавливался радиатор двигателя с воздухозаборником в передней кромке крыла. Нижняя его кромка была подвижной. Выходное отверстие с жалюзи радиаторного канала располагалось на верхней поверхности крыла за задним лонжероном.

На задней кромке консолей монтировались элероны и щитки типа Шренк. Элероны типа Фрайз делились на два отсека, соединенных петлей. Дюралюминиевый каркас элерона состоял из лонжерона коробчатого сечения и нервюр. Носок обшивался листовым дюралюминием, а остальная часть — полотном. Чугунные грузы весовой компенсации располагались в носках вторых отсеков элеронов. Каждый элерон подвешивался к крылу на четырех кронштейнах. Элерон левой консоли крыла имел компенсатор-триммер, управляемый из кабины летчика.

К моторному отсеку крыла присоединялись мотоустановки и основные опоры шасси. Между его лонжеронами находился бензиновый бак, вкладывавшийся снизу. В съемном носке помещался маслобак, устанавливавшийся вместе с носком и удерживавшийся в нем лентами.