Однако политическая ситуация 2-й половины 1820—1830-х годов, когда за пропаганду свободолюбивых идей ряд профессоров был изгнан из своих учебных заведений, и особенно после подавления Польского восстания 1830–1831 гг., когда были закрыты Варшавский и Виленский университеты, привела к известной дестабилизации как всего общества, так и университетской системы. Было введено ограничение в преподавании философских наук, логики и психологии. Даже открытие в 1834 г. нового Киевского (Святого Владимира) университета было обусловлено в первую очередь политической ситуацией. Университетский Устав 1835 г. («Общий Устав Императорских Российских Университетов») носил реакционный характер: университетская автономия была упразднена, и университеты стали подчиняться попечителям учебных округов. Согласно этому Уставу, университет предусматривал деятельность трех факультетов – философского (с историко-филологическим и физико-математическим отделениями), медицинского и юридического, с обязательным преподаванием на них богословия.

Университетская автономия была восстановлена Уставом 1863 года, ставшим одним из фактов общественно-политических реформ. Университеты получили известную административную и хозяйственную самостоятельность. К обучению в качестве вольнослушательниц впервые были допущены женщины. Устав 1863 года предусматривал существование в университетах четырех факультетов – историко-филологического, физико-математического, юридического и медицинского. При этом структура ряда университетов допускала свои особенности. Так, в Петербургском университете не было медицинского факультета, но был факультет восточных языков; в Дерптском университете был открыт богословский факультет. Были открыты новые университеты: Новороссийский (1865, Одесса, ныне Украина), в который был преобразован Ришельевский лицей; первый в Сибири Томский университет (1880). Варшавская главная школа (1862) преобразуется в Варшавский университет (1869).

В 1869 году в России впервые открылись Высшие женские курсы – в Петербурге (Аларчинские) и в Москве (Лубянские). Это была первая в России форма высшего учебного заведения для женщин; профилем подготовки стали медицина и педагогика. Наибольшую известность получили курсы профессора В.И. Герье (с 1872 г.) в Москве и курсы историка К.Н. Бестужева-Рюмина (с 1878 г., Бестужевские) в Петербурге.

Устав 1884 года, действовавший до февраля 1917 года, вновь упразднил университетскую автономию. Университеты оказались под полным контролем чиновничьего аппарата – министерства народного просвещения. Российские университеты были в центре революционного движения; после революции 1905–1907 гг. многие сотни студентов отчислены из университетов, а десятки профессоров вынуждены уйти в отставку.

К последнему перед Октябрьской революцией мирному году самым крупным высшим учебным заведением России был Московский университет. В началу Первой мировой войны в нем обучалось около 10 тысяч студентов.

К 1917 году в России работали Московский, Казанский, Петербургский, Томский, Саратовский (с 1909 г.), Ростовский (с 1915 г.), Пермский (с 1916 г.) университеты. На территории и в условиях Российской империи развивались Дерптский (ныне Эстония), Харьковский, Киевский, Одесский (все три Украина), Вильнюсский (Литва) университеты. Также в Королевстве Польском, входившем в состав Российской империи в XIX – начале ХХ века (договоры царского правительства аннулированы в 1918 г.), работал Варшавский университет (с 1816 г., статус университета с 1818 г.); в Великом княжестве Финляндском (официальное название Финляндии в период вхождения в состав Российской империи в 1809–1917 гг.) работал Гельсингфорсский университет (Хельсинкский[23], с 1640 г.).

Развитию гуманитарной культуры в России способствовали деятельность Киево-Могилянской и Славяно-греко-латинской академий, российских университетов и гимназий, педагогических институтов при университетах, призванных осуществлять подготовку кадров учителей и преподавателей.

Подвижниками были многие деятели русской науки и культуры XVIII – начала XIX века. Так, А.А. Барсов (1730–1791), математик, лингвист, фольклорист, преподавал красноречие в Московском университете. Писатель М.М. Херасков (1733–1807) стоял у истоков Московского университета: занимался организацией библиотеки, книгоизданием, стал директором университета (1763–1770), затем его куратором. Н.И. Новиков (1744–1818), просветитель, писатель, журналист, общественный деятель, издатель сатирических журналов «Трутень», «Живописец», «Кошелек», был организатором типографий, библиотек, школ в Москве и других городах; в течение ряда лет он руководил работой типографии Московского университета (1779–1789); при его непосредственном участии были изданы многие западноевропейские источники.

Во всех университетах XVIII–XIX веков, в педагогических институтах (первоначально создававшихся при университетах) и в гимназиях активно изучались как древние, так и современные языки. Согласно своему статусу начала XIX века, это были «подсобные» дисциплины, способствовавшие достижению успехов в науках. Изучались латинский и древнегреческий языки[24]. В университетах преподавались не только немецкий, французский, итальянский, славянские и другие европейские, но и восточные (арабский, персидский, турецкий и др.) языки. Вместе с тем усилиями М.В. Ломоносова, стараниями русских ученых повысился авторитет «природного» языка – русского, на котором со 2-й половины XVIII века велось преподавание.

Однако научной филологии в России XVIII века еще не было, в Московском университете не было и отделения словесности как самостоятельной структурной единицы. По свидетельству М.Л. Ремневой и А.Г. Соколова, это был «культурно-просветительский период», когда «филологические дисциплины носили скорее прикладной, нежели самостоятельный характер, не сложились еще систематические университетские курсы, не вошло в обиход само понятие "филология"»[25].

Преподавание русской словесности (литературы и фольклора), как принято считать, началось в 1-й половине 1770-х годов, в Московском университете. К концу XVIII века «трудами русских ученых и литераторов, просветителей и организаторов обучения была создана научная и административная основа для становления и развития филологии», и «пришло время оформления филологических дисциплин и системы гуманитарного образования» (курсив мой. – М.Л.). В соответствии с университетским Уставом 1804 г., была сформирована новая структура – «отделение словесных наук»[26], и основанную кафедру «российского красноречия и стихотворства» с этого времени более четверти века будет занимать А.Ф. Мерзляков.

В соответствии с «Общим Уставом Императорских Российских Университетов» 1835 года кафедры российского красноречия получили новое наименование – российской словесности и истории российской литературы. На философских факультетах было открыто новое – историко-филологическое отделение, которое в середине XIX века (в Московском университете в 1850 г.) преобразуется в самостоятельный историко-филологический факультет.

С 1830-х годов практически во всех университетах России существовали кафедры славяноведения. В 1850—1860-е годы в Московском университете сформированы новые кафедры, в том числе истории и теории искусств и др.; в Петербургском и Московском университетах в 1860—1870-е годы были созданы кафедры всеобщей литературы. К началу ХХ века системно формируются не только классическое и славяно-русское, но и романо-германское направления деятельности (романо-германские отделения) Петербургского, затем Московского, Казанского, Харьковского университетов. Гордостью русской филологической науки стали лингвистические школы Ф.Ф. Фортунатова в Московском университете, А.А. Потебни в Харьковском, И.А. Бодуэна де Куртенэ в Казанском и Петербургском университетах.