В корме небронированные части борта защитили только проходящей выше и ниже ватерлинии бронированной палубой, коффердамами, угольными ямами, а также делением корпуса многочисленными поперечными переборками на мелкие отсеки и помещения.
Бронирование башен артиллерии главного калибра включало в себя барбеты с внутренним диаметром 6,9 м, имевшие кругом 250-мм толщину бронированнной стенки из закалённой никелевой стали, и вращающиеся части двухорудийных башен.
На броненосцах «Кайзер Фридрих' III» и «Кайзер Вильгельм II» барбет носовой башни имел высоту 2,4 м и возвышался на 5,8 м выше конструктивной ватерлинии. Под башней от настила бронированной палубы до дна барбета установили шахту прямоугольной формы из 250- мм плит никелевой стали, внутри которой смонтировали механизм подачи боеприпасов.
На остальных трёх броненосцах барбет носовой башни имел высоту 1,35 м и возвышался на 6,72 м выше конструктивной ватерлинии. Между нижним краем барбета и бронированной палубой для защиты механизмов подачи боеприпасов установили коническую шахту из шести вогнутых бронированных 230-мм плит, диаметр которой вверху составлял 4,4 м и внизу 3,0 м. Нижний край барбета через настил пола, состоящий из двух слоёв 20-мм никелевой стали, опирался на установленную на бронированной палубе коническую шахту.
Люки и горловины для подачи боезапаса закрывались водонепроницаемыми броневыми крышками.
На броненосцах «Кайзер Фридрих III» и «Кайзер Вильгельм II» барбет кормовой башни в виде неправильного овала высотой 2,1 м установили непосредственно на бронированной палубе.
На остальных трёх броненосцах барбет кормовой башни в виде окружности наружным диаметром 7,4 м высотой 2,49 м также установили на бронированной палубе, причём верхний край его находится на 2,2 м выше конструктивной ватерлинии. Устройство для подачи боеприпасов кормовых башен всех броненосцев специального бронирования не имело.
Вращающиеся части двухорудийных носовых башен броненосцев «Кайзер Фридрих III» и «Кайзер Вильгельм II» и всех башен трёх остальных высотой 2,5 м представляли собой оптимальное сочетание формы и размеров, имея 250-мм толщину лицевой и боковых сторон и 50-мм крышу из двух слоёв 25-мм листов закалённой никелевой стали. На крыше каждой башни установили бронированные колпаки командира башни и наводчика.
На броненосцах «Кайзер Фридрих III» и «Кайзер Вильгельм II» кормовые 240-мм орудия установили не в башнях, а как на броненосцах типа «Бранденбург», их прикрыли колпаками орудийных башен, имевшими 300-мм лицевую часть, 203-мм боковые стороны и 70-мм крышу.
Вращающиеся части одноорудийных башен калибра 150-мм высотой 2,2 м, установленные своими основаниями на верхней палубе, имели 150-мм лицевую часть, 100-мм боковые стороны и 30-мм крышу из закалённой никелевой стали. Под вращающейся частью башен на 30-мм настиле основания установили шаровые опоры, а под ними бронированные шахты для размещения подъёмного механизма подачи боеприпасов, состоящие из двух цилиндров – нижнего и верхнего.
Нижние цилиндры бронированных шахт из никелевой стали с внутренним диаметром 900 мм и толщиной стенки 100 мм неподвижно установили на бронированной палубе по оси вращения башни по высоте до батарейной палубы. Соосно с нижним цилиндром на усиленной до 30 мм части батарейной палубы до верхней расположили верхние цилиндры, также из никелевой стали с внутренним диаметром 2,1 м и 100-мм стенкой.
На кораблях основную часть артиллерии калибра 150-мм расположили в десяти казематах: двух двухорудийных в носовой и кормовой оконечностях надстройки и восьми одноорудийных по бортам и углам батарейной палубы. Наружные стенки всех казематов прикрыли 150-мм броневыми плитами, внутренние – 100-мм, крышу и настил пола – 30-мм, переборки обоих двухорудийных казематов – 50-мм из закалённой никелевой стали.
Бронированные шахты для размещения подъёмного механизма подачи боеприпасов в казематы в виде одного цилиндра изготовили также из 100-мм закалённой никелевой стали. Шахты проходили от бронированной палубы до батарейной или, соответственно, верхней. Для всех одноорудийных с внутренним диаметром 780 мм, а обоих двухорудийных элиптической формы: с внутренними размерами 1575x780 мм в носовой оконечности и 1925x780 мм в кормовой.
На броненосцах «Кайзер Фридрих III» и «Кайзер Вильгельм II» переднюю боевую рубку установили между 66-м и 68-м шп., на остальных трёх – между 64 1/2-м и 67 1/2-м шп.
В плане передняя боевая рубка имела прямоугольную форму с размерами 2,8x4,2 м. Вход в рубку шириной 500 мм прикрыли стоящей несколько отдельно 250-мм броневой плитой длиной 2,4 м. Стенки передней боевой рубки собрали из 250-мм плит, настил пола из 30-мм, крышу из 22-мм плиты закалённой никелевой стали, на которой положили 8-мм настил пола нижнего командного мостика.
На броненосцах «Кайзер Фридрих III» и «Кайзер Вильгельм II» заднюю боевую рубку установили между 20-м и 23-м шп., на остальных трёх – между 22 1/2-м и 25 1/2-м шп. на 8-мм надстроечной палубе на основании из кованых стальных пиллерсов.
В плане задняя боевая рубка также имела прямоугольную форму с теми же размерами. Вход в рубку шириной 500 мм прикрыли стоящей несколько отдельно 150-мм изогнутой наружу броневой плитой длиной 1,8 м. Стенки передней боевой рубки собрали из 150-мм плит, настил пола из 22-мм плит закалённой никелевой стали, крыши – из 30-мм. Высота смотровых щелей передней боевой рубки над конструктивной ватерлинией составляла 12,6 м, задней 10,8 м.
Из передней боевой рубки вниз до бронированной палубы, где имелся вход в центральной коридор, уходила коммуникационная труба из никелевой стали с внутренним диаметром на первых двух броненосцах 400 мм, на остальных трёх 500 мм и толщиной стенки 250 мм. Внутри этой трубы проходили тяги к золотнику рулевой машинки, машинного телеграфа, кабели телефона, переговорные трубы и другие устройства управления в расположенные под бронированной палубой помещения.
Из задней боевой рубки вниз до бронированной палубы также уходила коммуникационная труба из никелевой стали на первых двух с внутренним диаметром 400 мм и толщиной стенки 150 мм, на остальных трёх, соответственно, 440 мм и 130 мм для защиты уходящих под бронированную палубу в центральной коридор устройств управления.
По бортам корабля на бронированной палубе от форштевня до кормы установили пробковый коффердам, предназначенный предотвращать проникновение воды в корпус при повреждении в бою или аварии расположенной за ним бортовой обшивки, когда корабль накренился и находится в таком положении, что бронированная палуба с одного борта оказалась под водой. По мысли проектантов, смесь пробки с клеем в воде должна была разбухать и автоматически затягивать пробоину.
Коффердам расположили на надводной части бронированной палубы и позади кормовой поперечной бронированной переборки на её подводной части. Верхний край находился на 1,8 м выше конструктивной ватерлинии. Высота пробкового коффердама по длине борта составляла 950 мм и только в носу и корме была несколько выше, ширина внизу 850 мм, вверху 300 мм. Обшивка изготавливалась из 4-мм листовой стали. Поперечные переборки и шпангоуты проходили насквозь до соединения с обшивкой борта.
Внутреннее пространство коффердама заполнили уложенными вдоль борта друг на друга без зазоров кусками пробки размером 200x200x30-50 мм и склеили морским клеем. Таким образом заполнили весь коффердам. Вес одного куб.м пробкового наполнителя составлял 330 кг, из них 170 кг пробки и 160 кг морского клея.
На броненосцах типа «Кайзер» машинная установка состояла из трёх отдельных вертикальных четырёхцилиндровых паровых поршневых машин тройного расширения прямого действия (все взаимозаменяемые), изготовления завода «АГ Германия», Берлин-Тегель общей мощностью 13000 л.с., расположенных в трёх машинных отделениях.
Машинные отделения (МО) полностью занимали IV-й и V-й основные отсеки одинаковой длины 9,6 м под бронированной палубой. Среднюю паровую машину установили в IV-м основном отсеке по ДП на броненосцах «Кайзер Фридрих III» и «Кайзер Вильгельм II» между 20-м и 28-м шп., на остальных трёх между 19-м и 27-м шп. Паровые машины ПрБ и ЛБ установили в V- м основном отсеке, разделённом по ДП продольной переборкой пополам, на броненосцах «Кайзер Фридрих III» и «Кайзер Вильгельм II» между 28-м и 36-м шп., на остальных трёх – между 27-м и 35-м шп. Бортовые паровые машины расположили под углом около 4° к ДП. Общая длина МО составляла 19,2 м или 16,7% длины корпуса корабля между перпендикулярами по сравнению, соответственно, с 12 м и и 11,1% длины корпуса на броненосцах типа «Бранденбург».