Вскоре красные кхмеры стали контролировать 300-километровую полосу территории вдоль таиландско-камбоджийской границы, где находятся рубиновые россыпи. В этой зоне на территории Камбоджи работали сотни таиландских искателей. Каждый выплачивал красным кхмерам по сто долларов за две недели работы на приисках. Здесь же стала активно развиваться контрабандная торговля скотом, изделиями из бронзы, потребительскими товарами.
Пол Пот оставался главнокомандующим партизанской армией Демократической Кампучии. Позднее, в 1985 году появилось сообщение, что он ушел с этого поста и стал директором Высшего института национальной обороны Демократической Кампучии.
Между тем, пномпеньский режим, вопреки многочисленным прогнозам, оказался устойчивым. Провьетнамские силы, объединившись в НРПК, неожиданно проявили стремление к проведению рациональной и сравнительно эффективной политики. К середине 80-х годов в правительстве верх над сторонниками уравнительности взяли молодые прагматики, группирующиеся вокруг Хун Сена (с 1981 года — заместитель премьера и министр иностранных дел, с 1985 года — премьер). Режим, сохраняя коммунистическую риторику, все дальше отходил от ортодоксального марксизма.
Страна продолжала строить социализм. Но с 1984 года экономическое приоритеты изменились. Отказались от полного обобществления и форсированного перехода к коллективному труду в деревне. Прекратили курс на полное огосударствление промышленности и внутренней торговли. Хун Сен говорил, что надо сначала избавиться от бедности, а уже потом, на новой экономической основе, продвигаться к социализму. Весной 1989 года на сессии Национального собрания в конституцию страны были внесены изменения. Страна стала называться Государство Камбоджа. Вместо красного флага появился новый — красно-синее полотнище с желтым изображением пятибашенного храма Ангкор. Буддизм был объявлен государственной религией.
К этому времени правительство Хун Сена заметно укрепилось. Хотя оно и не было легитимным, в руках его была реальная власть. Правда, некоторые средства массовой информации на Западе считали, что в Камбодже вообще нет правительства. Хун Сен контролирует ситуацию только в столице, да и то лишь днем. Когда наступает вечер, выясняется, что даже в столице его положение неустойчиво. Подтверждение тому — комендантский час, перестрелки и взрывы на улицах столицы.
В конце 80-х годов мир заметно изменился. Становилось все более очевидным, что мировые конфликты насилием и оружием не решить. В августе 1989 года в Париже состоялась международная конференция по урегулированию в Камбодже. Полпотовцы на ней были представлены улыбчивым Кхиеу Самфаном, за которым стояла серьезная сила: армия красных кхмеров к этому времени насчитывала 40 тысяч человек. Многие аналитики считали, что полпотовцы лишь ожидают окончательного ухода вьетнамских войск, чтобы начать наступление и сбросить правительство Хун Сена.
В сентябре 1989 года последние вьетнамские части покинули Камбоджу. Вскоре США заявили о своей готовности сесть за стол переговоров с Вьетнамом в целях предотвращения возврата к власти в Камбодже красных кхмеров. Американская администрация объявила, что она более не признает трехстороннюю коалицию во главе с Сиануком, в которую входили и красные кхмеры, в качестве представителей Камбоджи в ООН. В сентябре 1990 года на встрече в Джакарте была достигнута договоренность о создании Высшего национального совета Камбоджи. Красные кхмеры были представлены в нем «доктором Сорбонны» Кхиеу Самфаном. В июне 1991 года совет возглавил Нородом Сианук, а в сентябре место Камбоджи в ООН, до этого принадлежавшее красным кхмерам, занял Высший национальный совет.
С подписанием Парижского мирного соглашения осенью 1991 года полпотовцы получили шанс выйти из джунглей и спуститься с гор. Но при этом вопрос о Пол Поте не поднимался. Власти в Пномпене не спешили предавать его суду международного трибунала. Ведь и Хун Сен, и восходящая политическая «звезда» принц Нородом Ранарит, незаконнорожденный сын Нородома Сианука, в годы правления Пот Пота находились в рядах красных кхмеров и, таким образом, являлись его соучастниками в геноциде. Не заинтересованы были в разглашении своих связей с Пол Потом также Таиланд и Китай.
Между тем многие считали, что, несмотря на свой формальный уход на пенсию со всех постов в 1989 году. Пол Пот оставался самой влиятельной фигурой в лагере красных кхмеров. Превратившись в человека-призрака, он незримо присутствовал на всех переговорах по политическому урегулированию камбоджийской проблемы. «Последние десять лет, — отмечал „Экономист“, — Пол Пот ни разу не фотографировался. Он подобен таинственному дикому животному. Вы иногда выходите на его след, но на глаза он вам никогда не попадается».
Парижское соглашение предусматривало проведение в Камбодже всеобщих свободных выборов в 1993 году под контролем наблюдателей ООН. На переходный период в страну были введены «голубые каски» ООН. Однако те, кто разбирался в реалиях этой многострадальной страны, справедливо считали, что эти выборы не будут иметь большого значения в глазах неграмотного крестьянства, находящегося во власти патриархальных традиций. Поэтому итоги выборов не волновали и красных кхмеров. Деревня всегда будет жить своей жизнью. Сами красные кхмеры неоднократно нарушали условия перемирия. В период развертывания в Кампучии миротворческих сил они обстреливали военнослужащих ООН, нападали на правительственные войска.
Состоявшиеся в 1993 году выборы красные кхмеры бойкотировали и вновь оказались в джунглях. На выборах победила роялистская партия Нородома Ранарита. Проигравший Хун Сен пригрозил гражданской войной. Тогда ооновские наблюдатели предложили компромисс — пусть правят одновременно два премьера: Нородом Ранарит и Хун Сен. Так сложилось хрупкое коалиционное правительство. В условиях крайне слабой и неустойчивой власти в стране процветала коррупция. В камбоджийской армии, насчитывавшей 60 тысяч человек, было 2 тысячи генералов и 10 тысяч полковников. В этой обстановке Пол Пот надеялся, что камбоджийское правительство, созданное из ненавидевших друг друга роялистов и бывших коммунистических фракционеров, развалится и путь к власти для красных кхмеров будет открыт. В 1994 году Национальное собрание объявило красных кхмеров вне закона, однако это не беспокоило их лидеров.
Но время шло, а надежды Пол Пота не оправдывались. К тому же из рядов красных кхмеров усилилось дезертирство. Правительство давало таким землю и гарантировало безопасность. Дошло до того, что в 1996 году на сторону правительства перешел Иенг Сари с отрядом в 10 тысяч боевиков. В награду власти отменили вынесенный ему заочно смертный приговор, а его бойцов зачислили в ряды правительственных войск.
Пол Пот решил положить конец «предательству» Он приказал казнить министра обороны Сон Сена, его жену и их девятерых детей. Это обеспокоило Кхиеу Самфана и командующего войсками красных кхмеров одноногого Та Мока со зловещей кличкой «Мясник». Ведь дряхлеющий «вождь» мог расправиться и с ними. Совместными усилиями они сумели изолировать Пол Пота, а в июне 1997 года даже устроили над ним суд. Этот процесс в джунглях был довольно странным. Никто не предъявлял обвинений подсудимому, никто его не защищал. Пол Пот покорно сидел, понурив голову, изредка отмахиваясь своим соломенным веером от москитов. Он был приговорен к пожизненному заключению и оказался под домашним арестом. К Пол Поту приставили охранника Нуон Ну, оставили с ним вторую жену Миа Сом и дочь Сет Сет.
Между тем давление правительственных войск на красных кхмеров нарастало. Усиливалось дезертирство из их рядов. В апреле 1998 года часть партизан взбунтовалась против Та Мока. Около трех тысяч вновь перешли на сторону правительства. Становилось очевидным, что близок конец всего движения красных кхмеров. В этой ситуации у нескольких партизанских командиров родилась мысль купить себе безопасность ценой выдачи «неуловимого» Пот Пота властям или суду международного трибунала. Однако 14 апреля Пол Пот скончался. «Умер спокойно, во сне, от сердечного приступа», — сказал Нуон Ну.