Другие финансовые ведомства, «священная казна» и «частный фиск», возникшие из дворцовых служб раннего Рима, имели более ограниченные функции. Отделения сакральной казны ведали золотыми и серебряными рудниками, чеканкой монеты, государственными швейными мастерскими и «воинскими дарами» — регулярной или осуществлявшейся по особым оказиям выдаче войскам денежных сумм по определенным поводам — дням рождения и восшествия на трон императоров и т. д. Священная казна располагала своими отделениями в каждом диоцезе и представителями в городах и провинциях, которые ведали сборами с гражданских земель, которыми она управляла с середины V в., и прочими доходами, такими как сборы на снабжение войск лошадьми и на другие материальные нужды армии. Частный фиск, res private, находившийся под управлением комеса (comes), ведал налогами с имперских земель, каким бы ни было их происхождение (полученные путем конфискации, наследования, дарения, или выморочные). Департамент comes sacrarum largitionum имел сложный облик, каждое отделение его отвечало за собственный тип владений и доходов. В VI столетии он, кроме того, стал ведать государственными доходами и той частью их, что шла на содержание императорского двора, для чего было создано новое управление — патримониум (patrionium).
В дальнейшем структура обеих ведомств подверглась новым изменениям. В особом фиске создано было пять независимых отделов, включая исходный res private, каждый из которых отвечал за свои виды расходов и иму-ществ, а местные отделения сакральной казны в диоцезах постепенно подчинили префектам претория. Этот процесс ускорила ситуация VII в. При Ираклии произошла централизация выпуска монет, после чего сохранились крупные монетные дворы в Равенне, Александрии, Карфагене и в самом Константинополе, а шесть провинциальных монетных дворов были закрыты. В правление того же Ираклия и в последующие примерно двадцать лет священная казна исчезает как самостоятельное ведомство. Примерно в то же самое время префектуру Восток (префектура Иллирик практически исчезла вместе с потерей империей большей части Балкан) разделили на области во главе с логофетами (logothetes), которые теперь стали сановниками, подчиненными только сакелларию (sakellarios) и самому императору.
Роль сакеллариев — главноуправляющих имперской экономикой и финансами — оттеняет произошедшие в ту пору изменения. Возросшая роль этих близких к императору и его двору сановников свидетельствует о том, что в это время происходил процесс централизации, в котором императоры играли более чем активную роль, отражавший кризисную для империи политическую и финансовую ситуацию, существовавшую в 640-х гг. и позднее. Новая система управления окончательно складывается к середине VIII столетия. Логофет имперского казначейства (genikon logothesion) отвечал за сбор поземельного налога и связанных с ним податей, начальник воинского казначейства (stratiotikon logothesion) — сбором податей на нужды комплектования армии и военного налога; особое управление идикон (idikon) занимался снабжением армии вооружениями, императорскими мастерскими и всеми вопросами, связанными с производством вооружений. Различные отделы, прежде входившие в «частный фиск», обрели самостоятельность; ведомством государственной почты, прежде управлявшимся magister officiorum, теперь руководил особый логофет. Прочие отделы, первоначально являвшиеся частью императорского двора, например священная опочивальня, превратились в самостоятельные казначейства и палаты, отвечавшие за различные области хозяйственной деятельности, в то время как собственно опочивальня, или коitфn, обзавелась собственной сокровищницей, обслуживавшей домашние расходы.
Трудности, с которыми сталкивалось правительство во второй половине VII в., можно понять на примере временного изменения роли чиновников, именовавшихся коммеркиариями (kommerkiarrioi), прежних comites commerciorum. Прежде подчинявшиеся «сакральной казне», они в середине VI в. перешли в распоряжение префектов претория, и до начала VII в. их основная роль состояла в контроле за производством и продажей шелка, являвшимися государственной монополией. Позднее они становятся ответственными за военное интендантство и за сбор натуральных налогов. Таким образом, kommerkiarrioi и связанные с ними склады представляют собой учреждение, прежде ведавшее государственным производством и продажей предметов роскоши, но в результате административного кризиса середины VII в. сделавшегося ответственным за важнейшее дело снабжения армии, по всей видимости, залатав тем самым брешь, с которой, видимо, не смогли справиться префектуры. Такая структура сохранялась вплоть до административных реформ Льва 111(717–141).
Примерно с 730–731 гг. роль отдельных kommerkiarrioi начинает постепенно урезаться. Вместо высокопоставленных, наделенных широкими полномочиями коммеркиариев, связанных со складами (apothKkai), появляются имперские коммеркии (kommerkia), исполняющие родственные, но более ограниченные обязанности по крайней мере до 830-х гг.; сами же kommerkiarrioi действуют теперь вместе с провинциальными военными властями в районе портовых центров, превратившись в своего рода таможни, контролирующие внешнюю торговлю империи. Свидетельством дальнейшей эволюции византийской фискальной системы стало появление в провинциях и военных округах-фемах фискальных чиновников-диокетов (dioiketai), собиравших налоги, которые учитывали и проверяли эпопты (epoptai) и эк-зисоты (exisotai); все они находились в подчинении логофета геникон. Координацией сбора гражданских и военных податей и фискальной деятельностью в фемах занимались особые чиновники — протонотарии (protonotarios), появившиеся в 820-х гг. и несшие ответственность перед центральным финансовым департаментом — сакеллионом (sakellion).
Эти структуры функционировали с незначительными модификациями до конца XI столетия. Начиная с этого времени сбор и контроль налогов в каждой провинции все более сосредоточиваются в руках единственного чиновника-практора (praktor), первоначально представлявшего собой мелкого фискального агента. К XII столетию практоры превращаются в координаторов сбора и контроля налогов, работавших вместе с писцами-апографами (apographeus), на которых была возложена обязанность составления подробных описей всех подлежащих налогообложению земель.
Ряд новых реформ центральных и провинциальных налоговых служб империи провел император Алексей I. Были назначены новые управители центральных служб: логофеты секрета (logothetes secreta), то есть отдельных служб, исполнявшие роль верховных контролеров; великие логариасты (logariastks), ведавшие службой налогообложения, и великие логариасты имперских владений (включая государственные приюты). Император также пересмотрел все основные налоги и реформировал чеканку монеты, значительно увеличив количество младших номиналов с учетом растущего спроса на драгоценные металлы в торговле и повседневном товарообмене.
Значительные изменения в хозяйственном управлении империей произошли также в XII столетии с распространением институции пронойи, дословно — «попечительство» или «забота» (pronoia). Этот термин в Византии означал передачу государством права собирать в определенных фискальных районах или имперских поместьях налоги, подати или арендную плату за пользование государственным имуществом, получая определенную часть этих доходов. Подобное право жаловал подданным сам император, как носитель государственного интереса, и хотя термин «пронойя» обладал широким толкованием, особенно часто она жаловалась в награду за военную службу. Этот новый институт, связанный с уступкой государства частным лицам части фискальных функций, стал частью процесса децентрализации власти в империи, о чем говорилось выше. Важно подчеркнуть, что первоначально пронойя жаловалась только в рамках правившей императорской семьи Комнинов, включая дальних родственников, и что хотя император Мануил как будто бы обращался с этим правом довольно либерально, в более широком масштабе оно распространяется лишь после событий 1204 гг. и появления в Византии феодальных институтов западного происхождения. Вне сомнения, эти события не могли не повлиять на образ жизни византийцев и, конечно, ускорили процесс расширения диапазона лиц, которым могла жаловаться пронойя. Однако пронойя предоставлялась не только отдельным лицам с широким кругом полномочий — она могла жаловаться и группам лиц иногда и с суженными правами; правительство, по крайней мере, формально, сохраняло за собой право отобрать собственное пожалование, и это пожалование почти никогда не носило наследственного характера.