С начала XIV столетия военачальники провинций, возглавлявшие их администрацию, стали именоваться кефала-ми (головами; от греч. kephale). Районы, которыми они руководили, назывались катепаникиями (katepanikia) и, как правило, включали в себя крепость с прилегающими к ней территориями. Прежние дуки и прокатемены со своими округами исчезают по мере того, как территория империи сжимается до минимума. Фискальное управление оставалось по-прежнему самостоятельным и прямо контролировалось центром.

Имперская армия XIV–XV вв. представляла собой пеструю картину. В ее состав входили союзники-федераты из соседних стран — сербы, болгары, аланы (с Северного Кавказа), куманы (половцы), а также крестьянские провинциальные ополчения, служившие на основе освобождения от налогов, иностранцы, получавшие землю за военную службу (таким образом, например, в начале XIV столетия привлекали на военную службу куманов), иностранные наемные отряды, например, составленные из каталонцев, а также те, кому были пожалованы права пронойи. Начиная с 1320— 1330-х гг. в европейских войнах империя пользовалась услугами турецких наемников и союзных ей эмиров из Малой Азии. К 1330-м гг. большая часть Малой Азии (кроме нескольких приморских городов) уже была потеряна империей, и ей приходилось проводить в этом регионе политику лавирования и компромиссов. Обычно такие части служили в течение определенной кампании, после чего возвращались по домам. К концу XIV в. в имперской армии преобладают турецкие «союзники», тогда как сербы и болгары практически перестают в ней служить, прежде всего в связи с началом захвата Балкан турецкими войсками.

В последний век византийской истории частые междоусобные войны подточили силы империи и сделали ее почти полностью зависимой от иностранных военных частей как в борьбе за самосохранение, так и в борьбе за власть в Константинополе. К 1360 гг. в составе империи оставались только районы, прилегающие к Константинополю и Фессалоникам, южный Пелопоннес, несколько островов и приморских городов в Эгейском море. Счет солдатам империи шел теперь не на тысячи, а на сотни, хотя названия некоторых прежних войсковых единиц по-прежнему продолжают появляться в источниках; считается, что они просуществовали — пусть в весьма урезанной форме — до падения столицы в 1453 г. Большую часть византийской армии к этому времени составляли итальянцы и турки, служившие либо в качестве наемников, либо как союзники. Примером может служить войско, защищавшее столицу от армии Мехмета II в 1453 г. В его составе воевали местные солдаты, итальянцы из Генуи, Венеции и других городов, критяне, жители Хиоса. Всего в войске состояло 7000–8000 человек, из которых, возможно, около 5000 были византийцами. Все оценки подобного рода обычно неполны и основаны на разноречивых источниках, однако они дают более или менее верную картину последних дней империи. Следует учитывать и то, что многие из иностранцев. были добровольцами. Например, те же венецианцы защищали в этой войне свои кварталы и свои интересы.

Военный флот поздней Римской империи был относительно небольшим. Небольшие флотилии находились на Дунае, в Равенне и в Константинополе. Транспортные суда обычно реквизировались у частных владельцев, а возможно, и из снабжавших Константинополь зерном кораблей. Вместе с учреждением квестур появились также транспортные флотилии, но в большинстве своем квестуры просуществовали лишь до славянского и аварского вторжения на Балканы, хотя регион Эгейского моря продолжал оставаться источником людей, кораблей и ресурсов. В конце VII в. были созданы карабисианы (karabisanoi), или «морские войска», вероятно являвшиеся остатками квестуры. База их находилась на Родосе, хотя солдат для них набирали и на материке. Учитывая возникшую в 660 гг. угрозу со стороны арабского форта для приморских районов Византии, эти военно-морские силы постепенно превратились в ядро провинциального флота Византии. К 690-м гг. изменился и флот, находившийся в регионе Эллады. В то же самое время, вероятно, была увеличена и константинопольская флотилия. Начиная с 650-х гг. она участвовала во многих морских боях с мусульманскими флотами и сыграла значительную роль в обороне столицы в 674–678 гг. и 717–718 гг.

Осознав необходимость создания надежного флота, империя обратилась к расширению собственных ресурсов. Около 830 г. были созданы три больших военно-морских округа — в Эгейском регионе, на Самосе и в Кибирриоте — в дополнение к константинопольскому флоту и флотилии Эллады. Эти меры позволили сдерживать, а иногда и отражать морские нападения врагов, однако на западе складывалась обратная ситуация. Потеря в 690 г. Карфагена и побережья Северной Африки означала утрату важных баз для военного флота империи. По-видимому, после этого империя пользовалась для военных целей Сицилией и в какой-то мере пыталась опереться на Балеарские острова. Однако с 840-х гг. на этих островах укрепились пираты и морские разбойники, и к началу IX века византийцы, по-видимому, утратили интерес к Западному Средиземноморью. Неспособность отстоять Сицилию и Крит дорого обошлась империи: именно с этих островов после 840-х гг. осуществлялись морские набеги на приморские регионы Византии.

Как и в случае с сухопутной армией, распространение денежной оплаты за службу на флоте с конца IX по XI в. было связано с ограниченностью ресурсов провинций. Начиная с Василия II императоры полагали, что дешевле не содержать самим постоянный военный флот в Константинополе, а получать военные корабли для империи от данников или союзников (например, Венеции). В результате имперский военный флот к XI в. сильно сократился, а зависимость Византии от иностранных государств (чьи интересы были ей потенциально враждебны) стала фактором, сыгравшим большую роль в тех военно-политических трудностях, которые империя переживала в XI–XII столетиях.

Византийский военный флот пережил временное возрождение при императоре Алексее I. Сначала он полностью зависел от военно-морской помощи венецианцев в борьбе с норманнами, но затем император реорганизовал командование флотом, объединив остатки провинциальных флотилий с флотом Константинополя и назначив верховного командующего военно-морскими силами империи — великого дуку (megas doux). Византии в этот период удалось восстановить свое господство на Эгейском и Адриатическом морях. Тогда же на жителей Эгейских островов была возложена обязанность поставлять для флота определенное количество военных кораблей и моряков, или платить денежный или натуральный налог. Правда, император Мануил отказался от обязательного взимания такого рода налогов. При нем империя еще располагала сильным военным и транспортным флотом для крупных операций, причем основную роль, как в армии, играли моряки-наемники или «союзники». Однако при преемниках Мануила флот империи приходит в упадок. К концу XII в. Византия была бессильна против морской мощи итальянских городов-государств. Только при Михаиле VIII была сделана попытка воссоздать собственный военный флот, но она не удалась из-за недостатка ресурсов в стране, разоренной в XIV столетии тяжелейшими гражданскими войнами.

Классический античный город, полис (polis) или цивитас (civitas), в римские, позднеантичные времена играл ключевую роль в социально-экономической и административной структурах империи и тех районов Северной Европы, куда он был импортирован. Такие города-полисы могли являться местными торговыми центрами, специализировавшимися на обмене сельскохозяйственной продукции на продукцию ремесленников, а в том случае, когда речь идет о портовых городах, они становились центрами региональной и международной торговли. Все города так или иначе имели статус самоуправляющихся центров определенного района и были ответственны перед правительством за сбор налогов. Там, где городов не существовало, но они были нужны, как административные единицы, государство создавало их заново или на основе прежних, более мелких поселений, получавших структуру и статус, соответствовавший civitas. Города эти обыкновенно зависели от своих непосредственных окрестностей с точки зрения их весьма ограниченного рынка и производственных предприятий — там, где таковые существовали, — и возможности снабжения населения продовольствием. Они исполняли роль местных центров, но на практике всегда паразитировали на своих территориях. И поскольку социальные и экономические структуры империи эволюционировали в сторону от тех, которые породили города и поддерживали их существование, все перемены в первую очередь обрушивались именно на городские центры.