Новая императрица Екатерина освободила дворян от обязательной государственной службы, забыла одновременно освободить служивших им крестьян. Православную церковь она решила полностью подчинить государственным интересам. Никто не сопротивлялся, кроме святителя Арсения. Он, вероятно, никогда, не поступался тем, во что верил. Дело приняло политический оборот, и святой был лишен сана митрополита Ростовского и был отправлен в ссылку в Архангельский край. Это было в 1763 году, а затем независимость суждений и поведения святителя побудили императрицу поступить с ним еще более жестоко. В Таллинне, в крепостной башне он был безвыходно заточен и погиб от голода, когда его перестали кормить. Никогда не боявшийся труда и лишений, находившийся на высоте престола митрополита Ростовского, священномученик Арсений нашел в себе силы и желание повторить подвиг древних затворников и юродивых. Преданный политическому забвению в Российской империи он был посмертно восстановлен в достоинстве митрополита Ростовского на Поместном соборе Русской церкви в 1917-18 годов, а на таком же соборе в 2000 году был причислен к лику святых. Как видим, кроме Небесной славы, святитель Арсений оставил значительный след в истории и культуре древнего и священного Ростова.
Придел в честь Святителя Арсения находится в монастыре Рождества Пресвятой Богородицы города Ростова Великого. В этот день исполняется 235 лет со дня праведной кончины исповедника, святителя Арсения Мацеевича, митрополита Ростовского".