В то же время церковь выступала как гарант прав университета. Самостоятельность корпорации в присуждении степеней, а потому и в определении учебных программ узаконивалась обычно посредством привилегии, дарованной университету от церковных властей (Римской курии). Покровительство церкви сказывалось и в регулировании отношений университета со светскими властями: оно поддерживало его самостоятельность в отношении к ним.

Автономия университетов отчетливо проявляется в их самоуправлении. Университет имеет право самостоятельно вырабатывать свои уставы; члены его не подлежат обычному гражданскому суду, университет обладает правом судить своих членов; они также освобождены от налогов и податей. Эти привилегии даруются им светской властью: королем, владетельным князем, городскими властями. Право на самоуправление, податные и судебные привилегии — это те права, неукоснительного соблюдения которых университеты требуют от местных властей. В случае нарушения этих прав университет может протестовать, и если status quo не будет восстановлен, университет самораспускается: и преподаватели, и студенты покидают город, переходя в какой-либо другой, готовый их принять. Миграция университета может дать начало дочернему университету; так, в результате миграции Болонского университета образовался Падуанский (1222), в результате миграции Оксфордского университета — Кэмбриджский (1209). По прошествии некоторого времени удалившийся в изгнание университет обычно возвращался на прежнее место.

Возможность миграции университета была сильным оружием в его борьбе за самостоятельность: ведь местные власти университетских городов, да и сами горожане, в общем, были заинтересованы в пребывании в городе университета. А возможность миграции обеспечивалась принципом организации средневековых университетов. Ведь universitas — это свободное объединение людей, собравшихся ради приобретения знаний; люди и есть эта корпорация, самое тело этой организации, потому что никакого другого материального обеспечения общности нет: у университетов не было ни специальных зданий, ни библиотек, ни наделов, ни персонала. Поэтому они были мало связаны местом и могли переменить его в случае нужды.

Старейшие университеты в Европе существовали еще до конца XII в. Таковы традиционные (ex consuetudine), возникшие на основе прежних школ, университеты в Болонье, Париже, Оксфорде и Орлеане. Эти университеты устанавливаются самопроизвольно. Немного позднее появляется новая тенденция: университеты основываются различными государями, иногда по ходатайству церкви, как, например, университеты в Неаполе (1224), в Тулузе (1229), в Саламанке (около 1220). В XIV в. появляются университеты в Германии: Пражский (1349), Венский (1365), Гейдельбергский (1385) и др. В XV в. число германских университетов значительно возрастает.

Внутренние уставы университетов обычно регламентируют всю университетскую жизнь — как учебный процесс, так и экономические и правовые отношения внутри университетского сообщества. В регулировании правовых отношений северные университеты, типа Парижского и Оксфордского, отлучались от итальянских, типа Болонского. В северных корпорация объединяла и преподавателей, и студентов, причем и иноземцы и местные Жители, поскольку они были членами университета, не подлежали юрисдикции местных властей, но лишь юрисдикции самих университетов. В Болонье преподаватели, преимущественно граждане города, предпочли остаться под защитой его законов, тогда как студенты (а это в большинстве студенты юридического факультета, ведь Болонский университет формировался на основе школы правоведения, и юридический факультет был самым большим и господствующим в нем) образовали собственно universitas, точнее, две многочисленные корпорации, объединенные по принципу землячеств: итальянцы (кроме жителей Болоньи) и северяне. Именно эти студенческие университеты были самоуправляемыми, а их отношения с городом и с гильдцёй магистров регулировались целой системой правил. За гильдией магистров оставалась строго академическая область: программы, экзамены и присуждение степеней, — а все, связанное с учебным процессом, а также экономические отношения строились на договорной основе. Студенческие университеты в своей внутренней жизни — в финансовых, юридических и дисциплинарных вопросах — управлялись, как, впрочем, и северные университеты, выборными ректорами.

В северных университетах. в целях самоуправления и ведения судебных дел вся корпорация преподавателей и студентов делилась на своеобразные землячества, так называемые «нации», которые выбирали управляющих делами (procuratores), имели свои кассы. Вообще-то нации, как специфические организации, были необходимы и имели реальные функции только во французских и итальянских университетах. В Парижском университете студенты делились на четыре нации: французскую, норманнскую, пикардийскую и германскую; сами нации, в свою очередь, делились на «провинции».

“Для ведения учебного дела университет делился на факультеты: теологический, юридический, медицинский и факультет искусств[29]. Во главе университета стоял выборный ректор. Каждый факультет имел выборного декана (в Парижском университете — ректора, причем ректор факультета искусств был одновременно ректором всего университета). Бывало так, что ректором избирался какой-нибудь студент знатного происхождения, в этом случае на его долю приходились почести и расходы, связанные с этой должностью, дела же вел фактически какой-либо более старый член университета, функции факультета заключались в организации лекций, устройстве диспутов, испытаний и присуждении ученых степеней.

Лекции и диспуты (обсуждения) были главными способами обучения. Лекции (буквально — чтения) состояли в чтении преподавателем (магистром) предписанных авторов и пояснении текстов соответствующими комментариями; скажем, на факультете искусств большую часть читаемого материала составляли произведения Аристотеля; на факультете теологии нормой было чтение Священного Писания и «Сентенций» Петра Ломбардского[30]. Конспекты комментариев к предписанным сочинениям, составленные магистрами, были одной из наиболее распространенных форм средневековых трактатов.

Магистр на лекциях часто не читал сам весь комментируемый текст, поручая чтение кому-либо из студентов, а останавливался лишь на обсуждении избранных разделов. Комментарии становились все более отрывочными и в конце концов сводились просто к ряду «вопросов» (quaestiones). Такие «Вопросы» — второй тип распространенных средневековых сочинений. Этот тип трактатов со временем становился все более предпочтительным, причем обсуждение имело тенденцию концентрироваться на одном вопросе, одной избранной теме.

Важное место в практике обучения занимали регулярные учебные диспуты, посвященные разбору некоторого вопроса. Руководил таким диспутом магистр, который и выбирал тезис, но защищать его аргументами обычно должен был младший учитель — (baccalaurius) — возражения при этом мог выдвигать любой слушатель, окончательное же заключение было за магистром. Магистр мог затем сам рассмотреть тот же вопрос, выдвигая контраргументы и опровергая их; такая лекция, записанная им, носила название quaestio disputata (обсуждаемый вопрос). Можно было провести и несколько диспутов по избранной теме, чтобы осветить разные ее стороны. Такие серии обсуждаемых вопросов можно найти в сочинениях известных схоластов (например, Quaestiones dispuiate de veritate Фомы Аквинского и др.).

Кроме текущих учебных диспутов проводились также диспуты иного рода, испытательные. Например, inceptio — диспут, который дает претендент на степень доктора; resumptio — диспут, который дает магистр, переходящий из одного университета в другой. Кстати, такой диспут не всегда был условием принятия в университет нового магистра: Оксфордский университет строго соблюдал это правило, а Кэмбридж, например, мог принять преподавателя из Оксфорда и без соответствующего диспута.