Голицын возглавил два похода российской армии в Крым (1687 и 1689 годов). Понимая всю сложность сего предприятия, князь стремился уклониться от обязанностей главнокомандующего, но его недоброхоты настояли на его назначении. Эти военные кампании Голицына следует признать крайне неудачными. Они не только были сопряжены с огромными людскими потерями и подорвали репутацию князя, но и, как говорили некоторые исследователи, лишили его Софьиных ласк — новым фаворитом царевны стал Фёдор Шакловитый, кстати, выдвиженец того же Голицына. Думается однако, что увлечение Софьи Шакловитым не связано с военными неудачами князя: ведь царевна всегда встречала русские войска из Крыма как победителей, щедро их награждала и никогда не признавала за ними поражения. Царевна — впервые в русской истории — присвоила Голицыну звание генералиссимуса. Важно и то, что, несмотря на свой неуспех, походы Голицына привели к ослаблению Крымского ханства и Турции. Неслучайно гетман И. С. Мазепа сравнивал крымские походы князя с войной древнеперсидского царя Дария с обитателями Тавриды.

Падение Голицына явилось неизбежным следствием низвержения властолюбивой Софьи Алексеевны, заключённой сводным братом в Новодевичий монастырь. Хотя Василий Васильевич не принимал участия ни в борьбе за власть, ни в стрелецких бунтах, ни в заговорах о физическом уничтожении Петра, такой исход был предрешён. По воле царя Петра, в сентябре 1689 года Голицыну был вынесен приговор; его вина была в том, что он докладывал царевне, а не Петру и Ивану дела державы, писал от их имени грамоты и печатал, словно монархини, имя Софьи в книгах без царского соизволения. Но главным пунктом обвинения были неудачные крымские походы князя, в результате которых казна понесла великие убытки. Обвинение это носило тенденциозный характер. Ведь немилость царя за крымские неудачи пала исключительно на одного Голицына, а такой активный участник походов, как гетман И. С. Мазепа, был обласкан царём. Кроме того, известно, что ни сам Пётр, ни его преемники так и не покорили Крыма — в состав Российской империи он был включён… только в 1783 году.

И всё-таки яркость и талант князя Василия были видны всем. Возможно, это признавал и Пётр, который, несмотря на жгучую неприязнь к поверженному врагу, всё же втайне питал к нему уважение, а потому, надо думать, не предал его жестокой казни, как других клевретов Софьи. Не исключено, что князя спасло и заступничество его двоюродного брата, Б. А. Голицына, ревностного сподвижника царя. Хотя князь Василий был лишён боярства и имущества, ему была сохранена жизнь — он был сослан с семьёй на Север, сначала в Каргополь, а затем в ещё более отдалённое село — Холмогоры Пинежского уезда. Василий Васильевич прожил в северной глухомани долгие 25 лет и оставил сей мир в апреле 1714 года. Он похоронен в Красногорско-Богородицком мужском монастыре.

Но дело Голицына не пропало втуне. Логика истории привела к тому, что Петровские реформы — вольно или невольно — во многом явились воплощением планов и идей князя. Но воплощением грубым, беспощадным, стремительным. Как заметил В. О. Ключевский, Голицын, младший из предшественников Петра, ушёл в своих планах гораздо дальше старших. Оценка планов Голицына как некой альтернативы реформам Петра весьма популярна среди современных исследователей разных направлений.

Иными словами, Московская Русь была чревата реформами. Роды затянулись, и нетерпеливый «царь-плотник» применил для «кесарева сечения» топор палача. Нелишне будет напомнить, что в результате подобной петровской «перестройки» в землю лёг каждый пятый россиянин — население империи сократилось с 25-ти до 20-ти миллионов человек!

Говорят, история не имеет сослагательного наклонения. Но кто знает, окажись на месте «крутого» Петра «осторожный» Голицын, может быть, судьбы истории российской не были бы столь надрывными и кровавыми. Бешеный гений Петра вздёрнул Россию «на дыбы», не гнушаясь при этом кнутом и дыбой. Реформы же Голицына были мирными, органичными и ненасильственными. Один иностранный дипломат сказал о Василии Васильевиче: «Он хотел заселить пустыни, обогатить нищих, из дикарей сделать людей, превратить трусов в добрых солдат, хижины в чертоги». И уже одна попытка претворить это желание в действительность оправдывает наречение Голицына именем Великий.