Владыка учредил особые моления от бедствия, но важнейшее значение придавал общественной молитве. В назначенный им день состоялся общемосковский крестный ход.

Погода стояла мрачная. Из серых облаков, закрывших всё небо, моросил дождь. Однако, когда по церквам пошёл унылый звон, призывающий всех православных на молитву, в каждом приходе священники с крестом в руках, окружённые вынесенными образами и хоругвями, молились, преклонивши колена. Народ, рыдая, падал ниц на землю. После молебствия у церкви священники обходили свой приход, кропя святой водой, а за ними шли всё возраставшие толпы народа.

При приближении к Кремлю священники одного прихода сходились с другими, толпы народа сливались, хоругви реяли над толпою. Только часть огромной процессии поместилась в Кремле, где московский архипастырь в окружении монашества преклонил колена, моля Бога об отвращении карающей десницы.

29 сентября в 11 утра в первопрестольную прибыл Николай Павлович, дабы «поддержать упавший от страшного бедствия дух народа», как было объявлено в газетах. Государь был человек прямой и открытый. Вскоре после прибытия он объяснился с митрополитом. По словам Николая, естественною причиною его недовольства было опасение неверного толкования тёмной и легковерной толпой слов архипастыря, сомнений же в верности владыки у него и возникнуть не могло.

5 октября, в день трёх святителей московских, в Успенском соборе митрополит Филарет в присутствии государя говорил слово при продолжении молитв о избавлении от губительной болезни.

   — И в праздник теперь не время торжествовать, потому что исполнилось над нами слово Господне: превращу праздники ваша в жалость....

И гнев, и милость, и наказание, и пощада, и грозное прещение против грехов наших, и долготерпеливое ожидание нашего покаяния ежедневно и ежечасно пред очами нашими... Видите, что мера грехов наших полна, ибо начинается необычайное наказание. Но видите и то, что мера милосердия Божия неисчерпана...

Помыслим, братия, о важности для нас настоящего времени. Важно и всякое время, и нет времени, которым безопасно можно было пренебрегать, ибо во всякое время можно спастися или погибнуть. Но особенно и необыкновенно важно для нас сие время, когда Бог уже положил нас на весы правосудия Своего, так что одна пылинка, прибавленная к тяжести грехов наших, одна минута, не употреблённая для облегчения сей тяжести, могут низринуть нас...

Много должно утешать и одобрять нас, братия, и то, что творит среди нас Помазанник Божий, благочестивейший государь наш. Он не причиною нашего бедствия, как некогда был первою причиною бедствия Иерусалима и Израиля Давид (хотя, конечно, по грехам и всего народа); однако с Давидовым самопожертвованием приемлет он участие в нашем бедствии...

В алтаре после причащения Николай Павлович поинтересовался:

   — Владыко, по Москве чуть не каждый день ходят крестные ходы. Не опасно ли? Собираются массы народа, творят коленопреклонённо на сырой земле молитву. Мои лекари удивились.

   — Ваше величество, — твёрдо отвечал митрополит. — Господь оправдал церковное действие по крайней мере против сего сомнения. Число заболевающих после крестных ходов не больше, а несколько меньше, нежели в предшествующие дни.

   — А что духовенство?

   — Сто московских иереев поочерёдно ежедневно посещают московские больницы, принимают от больных исповедь и напутствуют их Святыми Тайнами. И никто из священников, государь, не заболел холерою! Вижу в том особый Промысел Божий.

Владыка не сказал, что людям, оказавшимся в крайней бедности от холеры, вдовам и сиротам он помогал из своих средств, потратив более тысячи рублей. Многие помогали. Из дворян — Голицыны, Шереметевы, Самарины, Пашковы, из купцов и мещан — Лепёшкины, Аксёновы, Рыбниковы, десятки и сотни других вносили свою лепту.

Император уехал 7 октября, а болезнь всё более распространялась. К середине октября, по сведениям из канцелярии генерал-губернатора, умирало в день 118 человек, по слухам — более тысячи. Все были под страхом смерти, невидно и неслышно мечущейся по городу.

Народом овладели страх и подозрительность. Недовольство вызывали карантины, не только затруднявшие подвоз припасов, но и прерывавшие обычные людские связи. В низах пошла молва, будто болезнь идёт от отравы. Отравляют врачи. До погромов и убийств, как в Петербурге, не доходило, но в больницы простые люди идти боялись.

Увеселения прекратились сами собой. Закрылись театры и балаганы, исчезли бродячие цыгане с медведями и кукольники с петрушками. По Москве ходил стишок: «Строгий наш митрополит веселиться не велит». Имя Филарета было на устах многих, на него смотрели, на него надеялись, ему верили.

Болезнь ослабла зимою 1831 года. Едва ли не последним умер мастер московской масонской ложи Головин, на могиле которого в Андроньевом монастыре собратья поставили громадный чугунный куб с позолоченным мальтийским крестом. 17 марта Филарет распорядился о совершении благодарственного молебна за избавление от бедствия.

В праздник Пасхи 19 апреля курьер из Петербурга привёз митрополиту знаки ордена Святого Андрея Первозванного, коим он был награждён, как говорилось в указе, «за ревностное и многодеятельное служение в архипастырском сане, достойно носимом, а притом за многия похвальныя подвиги и труды, на пользу церкви и государства постоянно оказываемые при всяком случае».

Владыка не ощутил радости от получения высшего в империи ордена. Воля Провидения поставила его на видное место в церковной и государственной жизни, но лишь наивные люди могли думать, что место это удобно в житейском плане. На вершине горы человек ближе к солнцу, но там сильнее он чувствует его жар, там ощутимее ветры и бури, там постоянно витает опасность низвергнуться в пропасть... Совсем непроста была жизнь святителя, подвергавшегося множеству соблазнов и искушений, то чрезмерно хвалимого, то несправедливо осуждаемого, подверженного по человеческой своей природе слабостям, приступам отчаяния, мыслям о тщетности своих усилий, — о том знал лишь его духовник. Но каждодневно силою молитвы Филарет преодолевал свои телесные недуги, страх перед непониманием власти и осуждением людской молвою. Ибо сказал некогда царь Давид: Не ревнуй лукавнующым, ниже завиди творящым беззаконие. Зане яко трава скоро изсшут, яко зелие злака скоро отпадут. Уповай на Господа и твори благостыню...

Зима 1831 года выдалась для отца Антония трудной. Пустынь под его управлением процветала, от начальства он был награждён набедренником и палицею, многие из паломников просили его стать их духовным отцом, однако видимое признание успеха перестало радовать. Беспокоило его не опасение впасть в самодовольство и самопревозношение, ибо множество каждодневных мелких, но неотложных забот не давали возможности покоиться на лаврах. В душе зрела потребность чего-то нового. Чего — он не знал.

На Рождество приехала навестить мать. Естественное чувство радости и гордости от выпавшего сыну жребия стало для неё привычным, и в этот приезд она удивила его другим. Помнилось, мать была не слишком богомольна, с годами же возросло не только её усердие в молитвах, но и проявился какой-то новый, строгий взгляд на церковь и служение сына. «Это ли удаление от людей? — вслух рассуждала она, видя в приёмной сына толпу ожидающих. — Это ли отречение от мира?» «Матушка, — убеждал отец Антоний, — да ведь мы обязаны служить ради спасения людей!» — «Украшением церквей и усладительным пением не спасёшь! Бога бояться надо!» — отвечала мать.

Настоятель пустыни не пытался переубедить её, но невольно задумывался о возможном противоречии между внешним порядком и глубинным духом аскетического делания, и усиливалось в его душе беспокойство...