Озадаченный отец Никодим отправился к Сербиновичу, от коего и узнал, что ему поручается написание новых уставов духовных училищ и семинарий, но это пока, а в дальнейшем готовится пересмотр и программ обучения.

Ночь архимандрит провёл без покоя, терзаемый сомнениями и опасениями, облегчить тяжесть коих никто не мог. Монашеский долг обязывал его повиноваться власти и добросовестно исполнять порученное дело. Гордость и честолюбие, обнаружившиеся в потайном уголке сердца, взыграли в предвидении блестящей церковной карьеры — архиерейское облачение можно было заказывать хоть завтра. Но дух православного монашества, смиренное преклонение лишь перед Царём Небесным подняло его над морем житейской суеты и подсказало нужное поведение.

На следующее утро граф Протасов встретил отца Никодима столь же радушно, но держался более официально.

—...Ваше богословие очень выспренное. Ваши проповеди высоки. Мы вас не понимаем. У вас нет народного языка. Даже практическое богослужение вам неизвестно...

Граф не ждал ответов на свои риторические вопросы, и отец Никодим, поначалу пытавшийся возражать, осел в кресле. Несмотря на крайности выражения, во многом обер-прокурор был прав.

   — Наконец, вы избрали для себя какой-то свой язык, подобно медикам или математикам. Без толкования вас и не поймёшь. А вы говорите с нами языком, нам понятным. Научайте Закону Божию так, чтобы вас понимал с первого раза последний лапотный мужик... Вот к чему следует вести духовное обучение. Помните, отче, семинария — не академия. Из академии идут профессоры, им много знать нужно, и пусть их знают. Из семинарий поступают в священники по сёлам. Таким надобно знать практические духовные вещи и практические сельские вещи, знать сельский быт и уметь быть полезными мужику во всех делах житейских. Так на что же такая огромная богословия сельскому священнику?

Протасов потряс над столом толстой книгой, в которой отец Никодим узнал семинарский учебник. Граф пренебрежительно отбросил книгу на край стола и продолжил:

   — К чему нужно ему философия, наука вольномыслия, вздора и фанфаронства? На что ему тригонометрия, дифференциалы, интегралы? Пусть лучше хорошенько затвердит катехизис, церковный устав, нотное пение. Пусть поучает в верности государю. И довольно! Всё обучение надобно упростить! «Доброе неведение лучше худого знания», — с удовольствием процитировал Протасов Иоанна Златоуста. — А высокие науки могут остаться в академиях, пусть ими тешатся Филареты...

Грустным вышел из Синода отец Никодим. Затевалось скверное дело, все последствия коего трудно было предвидеть. В обер-прокурорском кабинете у него на языке вертелся вопрос: да полно, ваше сиятельство, веруете ли вы во Христа Спасителя, в то, что пришёл на землю нашего ради спасения?.. Но не подобало провинциальному монаху задавать столь дерзкие вопросы главе Святейшего Синода. Откажись он, граф нашёл бы другого, быть может, более послушного... Пока же следует побороться за истинно верное духовное образование.

Июль, август и сентябрь ушли у отца Никодима на бесконечное переписывание и обговаривание многочисленных статей уставов духовных училищ и семинарий. С Сербиновичем вести дело оказалось труднее, чем с графом. Тот прямо ломил своё, а хитрый иезуит обволакивал новизну в оболочку пышных слов, за которой опасность не сразу и была видна.

В праздник Воздвижения Креста Господня архимандрита вызвал обер-прокурор.

   — Его императорское величество, государь наш Николай Павлович, как христианнейший правитель, печётся о Церкви, об её единстве. Почему и борется с таким злом, как раскол. Раскольники — враги государства!.. Но странно получается, мы их высылаем, мы стесняем их возможности по распространению лжеучений, боремся с этим злом — а митрополит московский их поощряет! Да-с!..

Отец Никодим, привыкший к манере разговора обер-прокурора, слушал молча.

   — Изволите видеть, ваше высокопреподобие, — Протасов поднял над столом журнал большого формата. — В «Христианских чтениях» публикуется слово, произнесённое Филаретом при заложении на единоверческом — то есть раскольническом! — кладбище — храма Всех Святых... Кстати, откуда это единоверие пошло?

   — Ваше высокопревосходительство, начало сему движению, как отрыву раскольников от их уклонения в вере, положил покойный митрополит московский Платон, — с некоторою горячностью начал объяснение отец Никодим. — Он говорил примерно так: если вера о Святой Троице есть непорочна, то какими бы пальцами её ни изображать, нет беды спасению. Владыко Платон пытался возвратить заблудших в лоно Православной Церкви, для чего и предложил промежуточную меру — единоверие, сближение на основе, в которой у нас нет противоречий.

   — Мудрено... — скептически сказал Протасов. — А Филарет ещё хлеще выражается — да вы сами почитайте!

Отец Никодим взял журнал и увидел очёркнутое красными чернилами место: «Не имеем ли мы твёрдых оснований вашего единения в вере?.. Не единую ли крестную смерть и живоносное воскресение Иисуса Христа полагаем в основание нашей веры и нашего спасения?.. Знаю, братия святаго храма сего, что единоверие ваше не для всех кажется ясным, но... где есть единый дух веры и единение духа в любви... там некоторое случайное разнообразие в обрядах не есть разделение...»

   — Помню сие слово, ваше высокопревосходительство. Не вижу оснований для сомнений ваших.

   — Как же! Как же, а вот — о «случайном разнообразии»! Это не ересь?

Отец Никодим не смог сдержать улыбки.

   — Уверяю вас, нет! И поверьте, что иначе духовная цензура не пропустила бы сие слово в печать!

   — Н-да?.. Благодарю вас, ваше высокопреподобие. Продвигаются ли уставы у вас?

   — Тружусь по мере сил, — спокойно ответил архимандрит.

   — Ну, ступайте... пока.

Протасов не давал себе труда разбираться в тонкостях исповедания православной веры и объяснения отца Никодима отбросил как «пустословие». Московский митрополит виделся ему в некотором роде подчинённым, и граф, подавляя в себе невольное уважение к Филарету, твёрдо вознамерился поставить его на должное место...

В душе отца Никодима нарастал протест против дела, в котором он участвовал. Как ни привык он сдерживаться, а чувство недовольства прорывалось, и Сербинович особенно пытливо стал посматривать на него.

В лавре отец Никодим постоянно ощущал свою вину. Мало того что он действовал без благословения, он готовил бомбу, которая должна была взорвать всё духовное образование... Долгие молитвы не утешали его, и, если бы не приказ о тайне, он бы давно бросился в ноги лаврскому духовнику отцу Мелхиседеку.

В начале октября в лаврской трапезной он увидел знакомого ещё по семинарии инока, который собирался в Москву. С ним отец Никодим переслал письмо владыке Филарету, подробнейшим образом рассказав о проекте обер-прокурора.

От ошеломительного известия Никодима владыка испытал бессильные гнев и досаду. Он не мог что-либо изменить. Дело велось в обход Синода, и высказать своё мнение официально не было основания. Оставалось ждать и надеяться на лучшее.

Всё же беспокойное сердце побудило его написать митрополиту Серафиму в надежде добраться до государя. Владыка не учёл, что престарелый петербургский митрополит может проговориться графу Протасову. Так было раскрыто изменничество отца Никодима. Граф не отправил дерзкого монаха в его Вятку. Он решил посрамить врага зрелищем своей полной победы. От дел его, разумеется, отстранили, заменив (по совету ставшего влиятельным отца Василия Бажанова) архимандритом Афанасием из провинциальной Одессы.

22 февраля 1839 года государь утвердил доклад обер-прокурора Синода о новом устройстве учебных учреждений православного духовного ведомства и пересмотре учебников, используемых в них. В семинарский курс ввели естественную историю, геодезию, сельское хозяйство, медицину. Исключена была история философии, объем философии и догматического богословия существенно уменьшен.