Еще ниже располагается «деисусный чин». «Деисус» по-гречески значит «моление», «молитва». Слово «чин» употреблялось в Древней Руси в значении «определенный порядок». Средник ряда — изображение Христа. Слева и справа от него в строгом порядке святые: Богоматерь, Иоанн Предтеча, архангелы Михаил и Гавриил, апостолы и первыми из них Петр и Павел. Далее следовали иконы святителей (святых епископов) и мучеников. Если пророческий и праздничный ряды обозначали прошлое, деисус во временном измерении, строго говоря, изображал настоящее, которое постоянно обращено к будущему. Молитвенно предстоящие святые как бы предстательствуют за тех, кто находится в храме, являют образ постоянного, длящегося заступничества за людей. Наиболее древние деисусы — «поясные». На границе XIV–XV веков в русском искусстве появляются большие «ростовые» чины. В их центре теперь не поясная икона Христа, а огромное сложное изображение «Спаса в Силах». Это издревле известный в стенописях и миниатюрах образ судии на Страшном суде. Он сидит на престоле в окружении небесных «сил» — херувимов и серафимов. Фигура Христа вписана в светящийся красный ромб. Лучи света исходят от него в углы иконы, где видны концы красного плата с изображением ангела, орла, крылатых льва и тельца — символов евангелистов. Это явление Христа не в тихом образе странствовавшего на земле учителя и проповедника, а в открывшейся миру небесной силе, которая сотворит новый, совершенный мир. Деисус с таким средником становится не только изображением постоянной памяти о судном дне, просьбы «доброго ответа на страшном судилище Христове», но как бы являет сам суд, будущее человечества, итог истории. Создание художниками того круга, средоточием которого был Андрей Рублев, ростового деисуса и пророческого чина — русский вклад в многовековую традицию христианского искусства.

«С именем Андрея Рублева связан принципиально новый этап в развитии русского иконостаса — становление так называемого „высокого иконостаса“. Это одно из самых больших художественных чудес, которыми одарил нас XV век» (В. А. Плугин).

Судьба иконостаса 1408 года оказалась сложной. В 1770-х годах при реставрации Успенского собора ветхие, потемневшие, многократно записанные иконы были заменены пышным, в новом вкусе резным иконостасом в стиле барокко. Оказавшиеся ненужными, древние образа были куплены крестьянами села Васильевского Шуйского уезда Владимирской губернии для местной церкви. Здесь их и обнаружила экспедиция реставрационных мастерских в 1918 году. Часть их попала в Москву и вошла в собрание древнерусской живописи Третьяковской галереи. Остальные были переданы в Ленинград, в Русский музей. Починки, поновления, нелегкие условия, в которых эти произведения хранились, привели к тому, что одни безвозвратно погибли, а другие дошли до нашего времени с большими утратами. Сейчас от древнего иконостаса сохранились: «Спас в Силах», «Богоматерь», «Иоанн Предтеча», «Иоанн Богослов», «Андрей Первозванный», «Григорий Богослов», «Иоанн Златоуст», «Архангел Гавриил», «Архангел Михаил», два подобных же изображения из алтарных дверей, «Благовещенье», «Вознесение», «Сошествие во ад» (Третьяковская галерея), «Апостол Петр», «Апостол Павел», «Никола», «Василий Великий», «Крещение», «Сретение», «Вход в Иерусалим», «Преображение», «Рождество Богоматери», «Введение во храм», «Рождество Христово», «Успение», «Пророк Захария», «Пророк Софония» (Русский музей).

Всего двадцать восемь произведений, причем лишь на двадцати, в разной степени сохранная, осталась подлинная живопись.

Сейчас неизвестно, из скольких изображений состоял иконостас 1408 года. На основании обмеров собора и сохранившихся икон, учитывая данные старинных описей, а древнейшая из них относится к 1708 году, исследователи предлагают различные варианты реконструкции первоначального состава этого живописного ансамбля, причем предполагаемое число произведений значительно колеблется. Главным художникам, мастерам здесь мог принадлежать общий замысел ритмического и цветового строя, композиция икон, письмо лиц в некоторых из них. Учитывая, что мастера фресковой живописи были в то время наперечет, а хороших иконописцев, которые не владели, однако, секретами редкой техники стенописи, хватало, следует считать, что Андрей с Даниилом были значительное время заняты непосредственно стенописью. Созданием иконостаса они руководили и, возможно, принимали в нем частичное участие. Во всяком случае, это предположение подтверждается тем, что некоторые неплохо сохранившиеся «праздники» целиком написаны мастерами, чья манера не схожа ни с Рублевым, ни с Даниилом.

Другая трудность состоит в очень слабой сохранности живописи, поздних вставках, осыпях, потертостях, многочисленных реставрационных тонировках. Даже специалисту порой затруднительно бывает разобраться в каждой детали столь пострадавшей, запутанной живописной поверхности. Вот как выглядят, например, описания сохранности икон, которые находятся в Третьяковской галерее, в научном каталоге этого собрания:

«…На месте утраты древнего левкаса оставлены записи XIX века (золотой фон, текст Евангелия)…

…отдельные мелкие утраты древнего красочного слоя тонированы старой олифой…

…кисть левой руки дописана в начале XVIII века… вставки XVIII века использованы при раскрытии иконы (на левой части лба и оглавии, на правом плече, на хитоне)…

…контур головы искажен…

…древняя живопись лиц почти не сохранилась… пробела и описи складок не сохранились…»

По причине сильных повреждений первоначальной живописи некоторые из писавших о творчестве Рублева предпочитали иногда и вовсе не упоминать об этих иконах. И все же при начале их реставрации в 1920-х годах стала ясна та необыкновенно высокая художественная среда, в которой они были созданы. Отблеск великого искусства Рублева, несмотря на искажения, нанесенные временем, первым увидел в них И. Э. Грабарь. Вот что писал он о реставрировавшейся тогда иконе «Апостол Павел»: «Открылось произведение, всем своим духом примыкающее к искусству рублевских фресок и особенно к „Троице“. Плохая сохранность нижней части лица, смытости на нем и на всем протяжении фигуры не дают полноты впечатления, но и то, что осталось, — изумительный силуэт мастерски поставленной фигуры, ритм линий, тональное совершенство и цветовая гармония говорят о кровном родстве всех сравниваемых произведений. Особенно красноречиво свидетельствует об этом рука Павла внизу, в своих изящных округлых линиях столь близкая к рукам ангелов „Троицы“. Эта одна из самых монументальных фигур во всей древнерусской живописи, до сих пор нам известной, и вообще одна из ее высших точек. Можно себе представить, какое впечатление должен был производить некогда иконостас, с такими исполинскими, ритмически установленными фигурами, таким тонально и красочно улаженным ансамблем». Действительно, общий замысел деисуса, по-видимому, принадлежал Рублеву. В иконах апостола Павла, Богоматери, Иоанна Предтечи, апостола Андрея нельзя исключить более подробного участия самого Андрея.

В ту осень, когда кончалось или совсем уже окончено было «подписание» Успенского собора, на Русь вновь нагрянула Орда. 23 ноября по затвердевшим от ранних в тот год морозов дорогам большое войско во главе с ордынским князем Едигеем подошло к Москве. По пути грабили села и волости. Разорен и сожжен Троице-Сергиев монастырь. Правда, Владимир среди захваченных местностей не был упомянут летописцем. Может быть, враги сознательно обошли город, который посетила в миновавшее лето страшная гостья — чума. Но Москва выдержала трехнедельную осаду. «Град же Москва бысть в великой печали, а люди в нем затворились, посады же около града сами пожгоша». Может быть, в числе иных андрониковских монахов Андрей с Даниилом, если уже воротились из Владимира, провели без малого месяц в московском «граде» — Кремле. Осада была сравнительно спокойной, без попыток захватить «град». Едигей окружил Кремль и, поскольку ближайшие посады москвичи сами подожгли, расположился в шатрах в подмосковном княжеском селе Коломенском. Не надеясь взять московскую крепость приступом, ордынцы требовали выкупа и, когда он был наконец уплачен, откатились в степи с множеством пленных русских. Велик был полон, горестно зрелище, как иной ордынец вел за собой до сорока невольников. И «чада рыдаху, разлученная от родитель своих, и не бысть помилующего, ниже избавляющего, ни помогающего», — напишет в тот год книжник-летописец.