В середине 90-х обновленный АКВАРИУМ активно выступал и записывался, мало-помалу восстанавливая репутацию и аудиторию, слегка поредевшую в период смутного времени. Следом за «Рамзесом IV» появились «Пески Петербурга» и «Кострома Mon Amour» (оба 1994). На записанном в Великобритании альбоме «Навигатор», который спродюсировал легендарный Джо Бойд, известный по работе с PINK FLOYD, FAIRPORT CONVENTION и INCREDIBLE STRINGS BAND, место Решетина занял скрипач Андрей Суротдинов (р. 26.04.60 в Семипалатинске), на барабанах играл ветеран британской фолк-роковой сцены Дэйв Маттакс, а в качестве гостя отметился экс-гитарист THE ROLLING STONES Мик Тэйлор.

В 1994 году Олег Гончаров, выпустивший под своим именем несколько альбомов с детскими песнями собственного сочинения, на время покинул АКВАРИУМ, чтобы помочь стремительно набиравшим популярность ЧИЖУ & Co. Помимо того, он сотрудничал с группой КОШКИН ДОМ и другими музыкантами. Щураков в конце того года собрал фолк-барокко группу, позднее получившую имя VERMICELLI ORCHESTRA. В ее рядах отметились многие музыканты аквариумского круга.

В январе 1996-го, по окончании записи следующего альбома «Снежный Лев» (тоже в Британии, но на этот раз с Кейт Сент-Джон из DREAM ACADEMY в роли продюсера), группу покинул Саша Титов, который решил остаться за границей, попросив политического убежища у правительства Великобритании. БГ больше не стал менять вывеску. Место Титова занял до тех пор не замеченный в рок-н-ролльных кругах Владимир Кудрявцев (р. 12.06.62 в Ленинграде) – он играл джаз в ансамбле ARS NOVA, сотрудничал с Михаилом Костюшкиным, Петром Корневым, ЛЕНИНГРАДСКИМ ДИКСИЛЕНДОМ и т. д.

Кандидатуру Кудрявцева предложил Юрий Николаев (р. 14.08.58 в Ленинграде), незадолго до этого сменивший за барабанами ушедшего поднимать собственный проект МАНДРАГОРА Рацена. Сам Николаев в разное время играл с Ляпиным, в ВИА РОМАНТИКИ, группах ТРИЛИСТНИК, ВЫХОД, ВРЕМЯ ЛЮБИТЬ, ПАУТИНА и ЯБЛОКО, а вплоть до 1995 года гастролировал с ПОП-МЕХАНИКОЙ.

В 1996 году под лэйблом «Manchester Files» вышел альбом «Скоро кончится век», на котором была представлена редкая студийная запись АКВАРИУМА рубежа 80-х, сделанная в Театре кукол параллельно с ранними записями Майка Науменко и КАПИТАЛЬНОГО РЕМОНТА, а весной 1997 г. свет увидел альбом «Гиперборея», на котором БГ возродил ряд песен, входивших в репертуар АКВАРИУМА в середине 70-х.

Той же весной БГ распустил текущую версию группы на каникулы, что стало знаком наступления нового этапа в биографии АКВАРИУМА. Зубарев отправился в одиночное плавание под флагом затеянного еще в 1995-м DUTY FREE ZONE ORCHESTRA; Николаев играл в АЙСБЕРГЕ и SWEET LITTLE 60s, а позже присоединился к ЗЕЛЕНОЙ КОМНАТЕ Федора Чистякова (экс-НОЛЬ).

27 июня 1997 года во Дворце спорта «Юбилейный» при стечении почти десяти тысяч зрителей АКВАРИУМ шумно отметил свое двадцатипятилетие, собрав на сцене символическую сборную всех времен в составе: БГ, Файнштейн, Романов, Гаккель, Александров, Губерман, Ляпин, Трощенков, Кудрявцев и Гончаров. Позднее той же группой музыкантов концерт был повторен в Москве. Он был издан на компакт-дисках под названием «Аквариум-25».

Лето и осень БГ провел в США, где записывался с музыкантами знаменитой группы THE BAND, известной как по сотрудничеству с Бобом Диланом, так и по многочисленным собственным работам. Плод этого союза, альбом «Лилит», вышел в декабре 1997 года. Концерты в сезоне 1997–1998 годов БГ отыграл с новой группой, в состав которой вошли Суротдинов, клавишные, скрипка; Ляпин, гитара; Кудрявцев, бас; Гончаров, звук, и перкуссионист Олег «Шар» Шавкунов (р. 21.08.63 в Вятке), до этого игравший с трио Z, ОЛЕ ЛУКОЙЕ, VERMICELLI ORCHESTRA и в многочисленных ново-джазовых проектах.

Эта версия группы по сложившейся традиции просуществовала до лета, после чего логично прекратила существование, и в сентябре 1998-го БГ объявил, что набирает новый состав. Он был в полном объеме представлен 25 декабря 1998 года в БКЗ «Октябрьский», когда программу «Электрический Пес» (ее отличительной чертой стало переложение в рэггей ряда популярных песен, включая «Пепел» и т. п.) исполнили БГ, Сакмаров, экс-гитарист ВОСТОЧНОГО СИНДРОМА и АЛИСЫ Александр Пономарев (р. 4.01.65 в Магадане), клавишник Борис Рубекин (р. 14.07.69 в Ленинграде), перкуссионисты Шавкунов, Дмитрий Веселов и Николай «МС» Кошкин (звукоинженер студии «Добролет»). Рубекина БГ встретил на записи одного из митьковских альбомов, Кошкин сотрудничал с группой на «Добролете», а Веселов играл в этно-джазовом комбо САМКХА.

27 мая 1998 года дискографию группы пополнил мультимедийный сингл «Скорбец», включавший несколько версий и видеоклип одноименной песни. Примерно в тот же период группа DEADУШКИ сделала серию ремиксов песен АКВАРИУМА (в т. ч. очень удачную версию «Лебединой стали»).

Вторая эпоха рэггей закончилась 15 июля 1999 года концертом в ДК имени Ленсовета, объявленном как последнее выступление этого состава. К тому времени БГ уже начал запись следующего альбома АКВАРИУМА в собственной студии на Пушкинской, 10. Позднее работа была продолжена на студии «Мелодии», а сведением материала БГ занялся в Лондоне. На разных этапах участие в записи принимали БГ, Сакмаров, Рубекин, барабанщик DEADУШЕК Андрей «Дрон» Орлов, экс-перкуссионист Элтона Джона Рэй Купер (который уже играл с БГ на сцене в ноябре 1988-го), его бывший продюсер Кейт Сент-Джон и живущий ныне в Лондоне Титов. Широкой публике этот альбом, получивший в название греческую букву «Пси», был представлен 22 декабря 1999 года в Москве, а тремя днями позже в Питере. На сцене АКВАРИУМ опять предстал в новом составе: БГ, Сакмаров, Рубекин, Суротдинов, Шавкунов, Кудрявцев и Альберт «Алик» Потапкин (р. 23.01.68 в Артемовске Свердловской обл.), барабаны. (Алик и пришедший вместе с ним, но не прижившийся в АКВАРИУМЕ бас-гитарист Игорь «Гога» Копылов несколько лет вместе играли в NAUTILUS POMPILIUS и около полугода – в НОЧНЫХ СНАЙПЕРАХ.)

Помимо того, в 1999-м вышел давно задуманный БГ альбом кавер-версий песен Булата Окуджавы. (В начале 90-х Гребенщиков уже успешно проделал подобную работу с материалом другого своего кумира, Александра Вертинского.)

Весной 2000 года Гребенщиков решил отдать и еще один моральный долг, записав – вместе с друзьями и коллегами, в число которых вошли Чиж, Макс Леонидов (экс-СЕКРЕТ), Вячеслав Бутусов (NAUTILUS POMPILIUS) и Александр Васильев (СПЛИН), – цикл песен на стихи своего старинного приятеля и сооснователя АКВАРИУМА Джорджа Гуницкого. Альбом, названный «Пятиугольный Грех», был выпущен под древним alter ego АКВАРИУМА – ТЕРРАРИУМ.

В 2000-м увидел свет и альбом «Территория», составленный из песен АКВАРИУМА разных лет, выбор которых сделали его поклонники посредством голосования в Интернете (где аквариумистика вообще представлена довольно обширно, в частности, на весьма обстоятельном портале «Пустые Места»).

К сожалению, этот год в биографии группы был омрачен трагедией: 29 июня на сцене клуба «Спартак», за мгновение до начала концерта своей новой группы DUSHA GROUP, от сердечного приступа умер Андрей «Дюша» Романов. 28 июля (в день его рождения) в ДК им. Ленсовета состоялся концерт памяти музыканта. Незадолго до смерти Дюша закончил «Книгу флейтиста» – отчасти мемуары, отчасти собственный взгляд на историю АКВАРИУМА; она увидела свет в июне 2001-го. На полгода раньше своими воспоминаниями о группе рискнул поделиться и Всеволод Гаккель (который с 1991 по 1996 годы возглавлял первый в России музыкальный клуб «TaMtAm», а также периодически играл с группами WINE, НИКОГДА НЕ ВЕРЬ ХИППИ и VERMICELLI ORCHESTRA): его книга «Аквариум как способ ухода за теннисным кортом» впервые вышла в октябре 2000-го.

15 февраля 2001 года БГ и Максим Леонидов устроили благотворительный концерт в КЗ «Петербургский». В том же феврале компания «Moroz Records» (сменившая в качестве издателя «Триарий») выпустила три архивных альбома доисторического АКВАРИУМА: «Искушение Св. Аквариума», «Притчи графа Диффузора» и «С той стороны зеркального стекла».