При жизни сестры-царицы Никита Романович в 1547–1548 гг. сопровождал царя в походе на Казань как рында (почётный стражник). После взятия Казани в 1552 г. именно он, по словам князя Курбского, советовал своему царственному шурину немедленно вернуться в Москву, хотя до завоевания ханства было ещё далеко. В Ливонском походе 1559 г. Никита Романович заслужил чин окольничего, выступая товарищем (помощником) воеводы в Передовом, а затем в Сторожевом полку. В год смерти сестры он был товарищем воеводы уже в самом престижном Большом полку в Ливонии.

Через два года после кончины Анастасии её брату было пожаловано боярство. Он служил воеводой, а с началом опричнины был оставлен царём в Земщине, постепенно разоряемой тираном части Руси. Слава царицы Анастасии, на несколько лет сумевшей утишить кровожадный нрав Ивана Грозного, особо возвысила Романовых в глазах истребляемой царем знати во время опричного террора. После смерти своего брата Даниила Никита Романович стал управляющим дворцом и всеми его владениями — боярином-дворецким с титулом «наместника тверского» (1566). Видимо, в том же году он оказался в Ближней Думе царя. Боярин несколько раз вёл переговоры с поляками, с 1572 г. участвовал воеводой в Ливонской войне, в 1574 г. возглавлял сторожевую службу на татарской границе.

К этому времени Русь была разграблена опричниками почти начисто, Москва в 1571 г. сожжена крымским ханом, князь Воротынский, отстоявший столицу от татар в 1572 г., казнён как изменник. Царь воевал против ненавистной ему Руси, поощряя к этому и всех внешних врагов. Тем не менее Никита Романович не ослабил, а постарался укрепить созданную Воротынским пограничную службу. На этом опаснейшем посту боярин оставался до царствования Фёдора Иоанновича (1584–1598).

Несмотря на Великое разорение страны, практически уже не располагавшей боеспособной армией, линии пограничных укреплений к 1586 г. были сдвинуты им далеко на юг. С южной границы его бросали и в походы на северо-запад. В 1575 г. он взял Пернов (Пярну), в 1577 г. командовал полком Правой руки в походе из Новгорода, в 1578 г. был поставлен во главе Земщины. Никита Романович ничего не мог противопоставить польскому королю Стефану Баторию, которому русская дипломатия помогла занять престол и которого Иван Грозный упорно вынуждал напасть на Русь. Армии, чтобы остановить неприятеля, в стране попросту не было.

В 1581 г. Никита Юрьев с боярами привёз из Москвы в Александрову слободу врачей к смертельно раненному отцом царевичу Ивану Ивановичу. После того как царь проломил сыну голову, прошло уже пять дней; царевича спасти не удалось. В последний год жизни тирана Никита Романович воспротивился желанию англичан получить исключительные права беспошлинной торговли с Московским государством через Белое море, дав разрешение торговать там голландцам, испанцам и французам.

О Никите Романовиче Юрьеве как заступнике перед Грозным поминалось даже в народных песнях. Как он не был изведён подлейшим царским окружением («паразитами и маньяками», по выражению князя Андрея Курбского) — бог весть.

В одной песне поётся, как пьяный Иван Грозный по навету решил казнить своего сына Фёдора на Москве-реке. Приказ Малюте Скуратову был уже отдан, но царица Анастасия Романовна поспешила к своему брату Никите. Тот

Подоспев вовремя, боярин крикнул Малюте Скуратову:

Никита Романович ударил Малюту в грудь так, что тот упал и потерял сознание, а царевича-племянника увёл в свои белокаменные палаты. Затем боярин бестрепетно поехал к царю Ивану, который шёл к обедне в «смирном» платье, оплакивая убийство сына. Он поклонился царю и сказал: «Поздравляю вас с двумя сынами: с первым — Иван Ивановичем, с другим — Фёдором Ивановичем». Царь разгневался было на насмешку, но возрадовался, узнав, что его сын спасён. Иван Грозный хотел вознаградить боярина землями и золотом, городом и крестьянами, даже самой Москвой (в которой Никита действительно правил во главе Земщины). Но боярин просил пожаловать его лишь тремя улицами: Арбатом, Никитской и Мясницкой, даровав им право убежища от царского гнева.

Согласно другой песне, Иван Грозный решил казнить сына за то, что тот сказал: главная «измена» на Руси гнездится в царском дворце. За эту правду царевичу должны были отрубить голову, взоткнув её на острый кол. Гонец царевича успел прискакать к «дедушке, к любимому царскому дядюшке Никите Романовичу». Тот в «одной тоненькой сорочушке без пояса, в одних шелковых чулочках без чоботов» прискакал к месту казни и заменил царевича своим любимым ключником, готова которого и оказалась на колу.

В третьей, более поздней песне царевич Иван прямо указал на изменников — бояр Годуновых. Никита Романович прискакал на неоседланном коне аж из своего села Романовского (Преображенского), спас царевича и увёз его назад в село. Вместо царевича кровожаждущему Малюте был отдан конюх. Увидав окровавленную голову, царь упал в обморок, а потом трое суток не пил и не ел. На похоронах «царевича» Годуновы нашептали Ивану Грозному, что Никита Романович в своём селе весело пирует. Боярина схватили и приволокли к царю. Тот проткнул ему ногу посохом и стал спрашивать, как он мог пировать, когда у государя «кручина несносная». Убедившись, что его сын жив, тиран на радостях спросил:

Из песен видно, что народ восхвалял Никиту Романовича Юрьева не просто за спасение царевича — скорее всего, мифическое, — а именно за защиту простых людей. Именно по ним наносила главный удар опричнина, именно они были истреблены в стране более чем на три четверти, так, что Московская Русь осталась без рабочих рук и простых воинов. Противниками доброго боярина выступают потомки татарского мурзы Годуновы. Даже боярин Малюта Скуратов-Бельский, главный палач у злого царя, и тот слушается Никиту Романовича и не убивает царевича, которого Годуновы хотят злобно извести.

Противопоставление русских, Никиты Романовича и даже Малюты, нерусским, с которыми связывали истребление народа царём, было в общественном сознании очень острым. Люди просто не могли поверить, что православный царь способен сам настолько возненавидеть собственный народ. В ещё одной песне о Никите Романовиче пели о свадьбе Ивана Грозного с черкесской княжной Марией Темрюковной. На пиру брат новой царицы Мамстрюк Темрюкович унижает русских, похваляясь, что никто из них не сможет помериться с ним силой. Но Никита Романович призывает борцов, которые одолевают кавказского богатыря и срывают с него всю одежду. Мамстрюк жалуется на них царю, но тот радуется победе соотечественников:

Разумеется, это были лишь утешительные побасенки. Но выживание при дворе Ивана Грозного было довольно страшным делом, здесь народные песенники совершенно правы. Никита Романович не только выжил, но неуклонно возвышался и по скоропостижной смерти государя в марте 1584 г. вошел в ближнюю Думу своего племянника — царя Фёдора Ивановича — вместе с Мстиславским, Шуйским, Бельским и Годуновым. «Верховная дума» была подобрана Грозным из наиболее влиятельных бояр так, чтобы, ненавидя друг друга, они не покушались на власть его сына. И действительно, раздоры у бояр немедленно воспоследовали.