Во многом «Утешение философией» — это произведение, где в обостренной форме проявляется более общая проблема. Победа ортодоксального христианского учения над классической мыслью была до известной степени пирровой, ибо то богословие, которое восторжествовало над греческой философией, с тех самых пор продолжало формироваться под влиянием языка и мысли классической метафизики. Например, IV Латеранский собор 1215 года постановил: «В таинстве алтаря. хлеб пресуществляется в тело [Христово], а вино — в [Его] кровь», а Тридентский собор объявил в 1551 году, что употребление термина «пресуществление» является «правильным и уместным». Начиная еще с XIII века в большинстве богословских объяснений термина «пресуществление» термин «сущность» толкуется в соответствии с тем значением, которое он получил в таких классических текстах, как пятая книга «Метафизики» Аристотеля; таким образом, пресуществление оказывается связанным с принятием аристотелевой метафизики или даже аристотелевой физики.

Однако использование термина «сущность» в дискуссии о евхаристическом присутствии предшествует новому открытию Аристотеля. В IX веке Ратрамн говорил о «сущностях зримых, но незримых», а его оппонент Радберт заявлял, что «из сущности хлеба и вина мистически освящаются те же самые кровь и тело Христа». В XII веке термин «пресуществление» употреблялся в нетехническом смысле. Это подтверждает мнение, что утверждение учения о пресуществлении в соответствии с определениями IV Латеранского и Тридентского соборов не означало канонизации аристотелевой философии в качестве обязательной для христианского вероучения. Однако независимо от того, было это сделано в принципе или нет, это произошло на практике. Как под естественным законом стали подразумевать то, что согласно определенному церковному пониманию является естественным, так и сущность стали определять так, как ее понимало определенное философское богословие.

Использование термина «пресуществление» — это частный пример того, что называют проблемой «эллинизации христианства». Обвинять своих богословских оппонентов в том, что они подчиняют истину божественного откровения философии греков, обычное дело в истории богословской полемики. В «Малом лабиринте», написанном, вероятно, Ипполитом, где предметом критики является адопционизм Феодота и Артемона, эти еретики, среди прочих заблуждений, обвиняются в том, что «отбросили Священное Писание Бога» и предались изучению Евклида и Аристотеля; а Несторий в ходе христологических споров V века обвинял своих оппонентов в том, что их «сбивает с толку умонастроение греков». Это же обвинение повторяли реформаторы, нападая на средневековую схоластику, но именно в новое время представление о том, что догматика есть результат эллинизации христианства, стало широко распространенным объяснением развития раннехристианского учения. Взятое в буквальном смысле понятие об «эллинизации» оказывается слишком упрощенным и обобщенным для описания процесса, который происходил в рамках ортодоксального христианского учения. Тем не менее справедливо и то, что в языке, а порой и в содержании православного христианского учения до сих пор обнаруживаются следы его борьбы за то, чтобы постичь и преодолеть языческую мысль, так что в том церковном учении, которое унаследовали последующие поколения (в том числе, и те, которые ничего не знали об античности), содержалось немало и от греческой философии. Победа над классической мыслью, конечно, состоялась, но это была победа, за которую некоторые христианские богословы были готовы платить довольно высокую цену.

Насколько высока эта цена, явствует из трудов апологетов. Даже когда читатель принимает во внимание задачу, которую выполняли апологеты: представить Церковь языческому миру (а в данном случае необходимо учесть гораздо больше, чем готовы учесть многие историки доктрины), — даже тогда факт остается фактом: «отношение [апологетов] к античной культуре противоречиво. С одной стороны, в пылу борьбы они искали контрастов и особо их акцентировали, чтобы как-то оттенить, создать темный фон для яркого сияния христианства и при этом не быть уличенными в том, что они используют для этой цели дурные средства. С другой стороны, самые глубокие контрасты часто оказываются скрытыми от их взора, потому что они уже восприняли евангельское благовестие через призму концептуальных подходов и идей своего времени и смешали одно с другим. Они утверждают, что воюют за новую веру против старого мира; на самом деле они отчасти продолжают борьбу интеллектуальных течений, воевавших друг с другом еще в античном мире, и лишь привносят некоторые новые проблемы и средства». Они объединили усилия с целью утверждения разными способами тезиса о том, что Христос пришел, чтобы открыть истинную философию, древнюю и в то же время новую, которая является исправлением, но также и исполнением того, что уже постиг философский разум.

Самое авторитетное изложение этого тезиса мы находим в апологетике Климента Александрийского. Как и других апологетов, Климента представляют радикальным эллинизатором, который подгонял христианскую веру под установки чуждой ей философии, ибо «традиция Церкви была чужда ему как в целом, так и в каждой детали». Поэтому его сочинения интерпретировались как преимущественно и даже исключительно апологетические по замыслу. Однако доминирующей темой его творчества была, конечно, «проблема мудрого обучения юношества» христианскому учению и, более того, — христианской жизни, как явствует из «Педагога» и везде подразумевается в «Строматах». Но в «Протрептике» Климент обращается к своим коллегам-философам с призывом восполнить свое мировоззрение через принятие Христа. То, что они уже постигли из высшей природы реальности, он называл маленькой искоркой, способной разгореться в пламя, следом мудрости и побуждением от Бога. Он порицал их за то, что они удовлетворялись тем религиозным образом Божества, который присущ их религиям, тогда как их философское видение далеко превзошло подобную грубость. Их представление о Зевсе было «образом образа», но истинный образ Бога был в Логосе; поэтому подлинный «образ образа» — это сам человеческий разум, а не грубые статуи, о несоответствии которых: своему предназначению учили их же собственные философы. Он ярко описывал интеллектуальное и моральное превосходство христианства по сравнению с тем, чего могло достичь даже самое благородное язычество. Ибо «то, о чем глава философии только догадывается, ученики Христа постигли и провозгласили». Поэтому он, смешивая Священное Писание и Гомера, обращался к ним с таким призывом: «Философия — это долгое увещание, увлекающее к вечному любомудрию, заповедь же Господа воссияла далеко, "просвещая взор". Примите Христа, примите зрение, примите свет ваш, "чтобы вы могли познать Бога и человека"». Климент не чувствовал себя обязанным опровергать обвинения в безнравственности и иррациональности, все еще выдвигаемые против христианской жизни и учения. Он писал как евангелист среди эллинов.

Свидетельства о важности философии для учения Климента следует искать не в его замечаниях, касающихся конкретных философов или даже их идей, в особенности Сократа и Платона, но скорее в том влиянии, которое оказал на его мысль средний платонизм в таких существенных вопросах христианского учения, как природа человека и личность Христа. Человека он изображал как двойственное существо, подобное кентавру классического мифа, составленное из тела и души; и основная задача христианского «философа-гностика» состояла для него в том, чтобы стремиться к освобождению души от оков тела, готовясь к окончательному освобождению — смерти. Такое понимание присутствует даже в наиболее глубоких местах учения Климента о человеке как твари и грешнике и отражается в его усилиях согласовать это учение с платонической доктриной предсуществования души. Подобная двойственность присутствует и в его христологии. Он постоянно утверждал историчность воплощения и реальность плоти Иисуса; но поскольку его определение того, что составляет истинное человечество, сталкивалось с отмеченными выше препятствиями, его христологические утверждения часто принимали форму, отдающую докетизмом. Представляется очевидным, что на самом деле Климент не был докетом, однако он смазывал различие между Логосом и душой таким образом, что создавалось именно такое впечатление. Не история жизни, смерти и воскресения Иисуса Христа, но божественный Логос, явившийся в этой истории, был мотивом христологии Климента. Похоже, что он с большей легкостью говорил об образе существования, присущем воскресшему Господу, чем о том образе, который проявился в Его страданиях. Одна из причин этого связана со свойственным Клименту пониманием самого воскресения, будь то Христа или христианина. Как иногда кажется, взгляд среднего платонизма на бессмертную душу для Климента равнозначен воскресению, несмотря на существующие свидетельства о том, что он не считал душу бессмертной по природе. Это не было просто эллинизацией евангельского благовестия, что явствует из его полемики с гностицизмом, направленной именно против подобной эллинизации; но это гораздо меньшая победа христианского учения над греческой мыслью, нежели казалось.