Писарро увидел в этом свой шанс и решил во что бы то ни стало завоевать страну. В поисках средств для организации экспедиции он объединился с конкистадором Диего де Альмагро и богатым священником Эрнаном де Лука. Впоследствии современники стали называть их союз «Союзом трех завоевателей». По условиям договора все богатства страны предполагалось разделить на три части.

Вместе они обратились к губернатору Педрариасу. Тот не пожелал финансировать экспедицию, но согласился участвовать в прибылях. В результате компаньоны смогли набрать только 112 солдат и снарядить два корабля. В этом походе, длившемся с ноября 1524 г. до начала 1525 г., Писарро и Альмагро дошли до 4° с. ш. – точки, уже достигнутой конкистадором Андагойей. Поскольку съестные припасы были на исходе, пришлось возвращаться.

В следующем походе, начавшемся в ноябре 1526 г., участвовало уже 160 солдат. На трех кораблях удалось дойти до устья реки Сан-Хуан, а дальше пришлось разделиться. Альмагро отправили за подкреплением и съестными припасами, Писарро остался на месте, а один из кораблей, которым командовал Бартолош Руис, прошел дальше к югу еще на 700 км, открыл дельту реки Патии, бухту Тумако и пересек экватор. От пленных перуанцев, помимо уже известных сведений, получили образцы золотых украшений, которые доставили Писарро.

Однако обстановка в лагере была тяжелой. Люди болели, страдали от голода и умирали. Многие хотели прекращения экспедиции. Вместо Альмагро, задержавшегося в Панаме, прибыл корабль от нового губернатора, сменившего умершего Педрариаса, с приказом вернуться. Тут Писарро якобы и произнес свою знаменитую речь. Впрочем, за черту, которую он провел на песке, приглашая всех желающих идти за ним и перешагнуть этот Рубикон, перешло только 13 человек. Остальные ушли на корабле в Панаму. Писарро и его сторонники на бальсовом плоту перебрались на о. Горгона в 50 км от берега. Здесь они пробыли больше полугода, питаясь кроликами и мидиями. Альмагро не возвращался. Вместо этого прибыл корабль, капитану которого было поручено захватить Писарро. Но решившийся на все конкистадор захватил корабль и вместе со своим жалким отрядом отправился на завоевание Перу. Они добрались до бухты Гуаякиль, на берегу которой находился г. Тумбез.

Конечно, с теми силами, что были у испанцев, нечего было и думать о военных действиях. Писарро осматривался. Он вступил в контакт с правителем города и предложил ему принять христианство. Тот ответил, что подумает. В городе увидели прирученных лам, о которых ходило столько легенд, и золото. Выменяв украшения, захватив с собой несколько местных жителей, чтобы научить их испанскому языку и иметь переводчиков, а также несколько лам, двинулись дальше и достигли 9° ю. ш., где позже был основан г. Трухильо. Отсюда, убедившись, что вожделенное богатое государство действительно существует, испанцы повернули назад. Теперь следовало искать средства для масштабного похода.

В Панаме о новой, как считали, гибельной экспедиции не хотели и слышать. Тогда Писарро отправился в Испанию к королю, где его красноречие, а также золотые перуанские изделия и ламы, привезенные из похода, помогли убедить двор. Свое слово сказал и Кортес, находившийся в это время в Испании.

Писарро вернулся в Америку как губернатор еще не завоеванной Новой Кастилии (так назвали Перу). Альмагро был назначен главнокомандующим, а Эрнан де Луке – епископом Тумбеза. Вместе с Писарро приехали и его братья – Эрнандо, Хуан и Гонсало, будущий открыватель р. Напо, впервые пересекший Анды.

27 декабря 1530 г. отряд Писарро из 180 человек, в том числе 36 кавалеристов (для устрашения индейцев, которые их боялись), отправился из Панамы на трех кораблях. Позже к нему должен был присоединиться вспомогательный отряд Альмагро, недовольного распределением должностей, возвышением Писарро и его родни.

К тому времени в государстве инков произошли события, облегчившие завоевание. Как и в стране муисков, здесь велись междоусобные войны, длившиеся уже три года. Власть захватил Атауальпа, свергнувший своего брата, верховного Инку Уаскара. Испанцы узнали об этом, ожидая подкрепления близ Тумбеза. 24 сентября 1532 г. завоеватели двинулись внутрь страны от залива Гуаякиль на юг по приморской низменности. Затем перевалили Западную Кордильеру, поднялись на нагорье и 15 ноября достигли Кахамарки. В двух милях от города находился пятитысячный отряд Атауальпы. Войско же испанцев насчитывало всего 62 кавалериста и 106 пехотинцев, из которых только 32 имели ружья. Предательски захватив Атауальпу на глазах свиты и трехсот индейцев (правда, безоружных, поскольку верховный Инка доверял своим «гостям»), вернулись с ним в Кахамарку и быстро овладели положением. Многотысячный отряд индейцев без боя ушел на север. Позже, 26 июля 1533 г., Атауальпа будет казнен после того, как выплатит колоссальный выкуп – одну из комнат во дворце заполнят золотыми украшениями на высоту, превышающую рост человека. Ему придется принять христианство, купив себе казнь через повешение, чтобы не быть сожженным на костре. А обвинили верховного Инку в убийстве брата, идолопоклонстве, многоженстве и заговоре против испанцев.

Но еще задолго до этого, 5 января 1533 г., Эрнандо Писарро с 20 всадниками и несколькими пехотинцами двинулся на юг к тихоокеанскому побережью. В этом походе испанцы двигались вдоль западных склонов Кордильеры Бланки вверх по течению р. Санты до верховья, вышли на берег океана и обследовали около 200 км береговой линии, перевалили Западную Кордильеру и прошли по долине реки Мантаро в бассейне Амазонки.

После казни Атауальпы Франсиско Писарро 11 августа 1533 г., взяв с собой возведенного им на престол сына Уаскара, Манко Капаку, направился на юго-восток в столицу инков г. Куско. По дороге отряд захватил г. Хаухи и открыл реку Ануримак. 23 марта 1534 г. Писарро провозгласил Куско испанским городом, вернулся в Хаухи, а в конце августа направился к океану. Здесь 5 января 1535 г. он основал г. Сьюдад-де-лас-Регос – «Город Королей», со временем получивший название Лима. Чуть позже, в июле 1535 г., им был заложен еще один город – Трухильо, названный в честь места рождения завоевателя.

Основанием столицы Новой Гранады в основном и завершилось открытие и завоевание Перу, почти полностью уничтожившее древнюю культуру инков. Получив колоссальную пятину от награбленных богатств, король Испании возвел Писарро в маркизы и утвердил его губернатором Новой Гранады. Альмагро же был назначен губернатором Нового Толедо (Чили), которое еще нужно было завоевать.

В дальнейшем сам Писарро больше не совершал завоеваний и открытий. Ему хватало забот с завоеванной страной, где в 1536–1537 гг. вспыхнуло восстание, поднятое Манко Капакой. Начались междоусобицы и между главарями-конкистадорами. Но соратники Писарро продолжали расширять территорию испанского влияния. В 1534 г. Себастьян Беналькасар завоевал Кито и прошел в земли Южной Колумбии, охватив таким образом часть экваториальных Анд протяженностью 1200 км. В 1535 г. Альмагро проник в Чили и открыл величайшее в Южной Америке озеро Титикака, пустыню Атакаму, верховья р. Нараны и др. В общей сложности его отряд прошел более 5 тыс. км. Гонсало Писарро в поисках новой «золотой страны» в декабре 1541 г. перевалил Восточную Кордильеру, открыл р. Напо и нашел деревья, чья кора напоминала корицу. Часть отряда во главе с Франсиско де Орельяной спустилась по Напо до р. Мараньон, главного истока Амазонки, и спустилась по ее течению к океану. Гонсало же вернулся в Кито, где его поджидало известие о гибели брата.

Сторонники казненного в 1538 г. Альмагро ворвались в дом Писарро в Лиме и убили его. Сын казненного, Диего, был провозглашен новым губернатором.

Так бесславно закончил свои дни Франсиско Писарро, оставивший по себе недобрую память. Но тысячи километров труднопроходимых земель стали известны в Европе благодаря его завоеваниям.