Хотя в обращении к народу в апреле 1978 г. было провозглашено, что революция в Афганистане совершена во имя «защиты принципов ислама и демократии», а патриотическое духовенство призывалось к сотрудничеству с новой властью, в практическом же плане были предприняты шаги по усилению контроля за деятельностью духовенства и содержанием проповедей. Как государственное неуважение к религиозным чувствам и традициям верующих расценивалось то, что допускалась критика ислама и осквернение святых мест. Не проведя необходимой разъяснительной работы, НДПА объявила врагом номер один исламистскую экстремистскую организацию «Братья мусульмане». Без разоблачения антиправительственной деятельности отдельных мулл, режим стал проводить в отношении их жесткие репрессивные мероприятия. При этом многие служители культа расстреливались на глазах верующих. Подобная практика возводила их в число «шахидов», что наносило прямой ущерб авторитету госвласти и отталкивало от участия в реформах правительства значительную часть народа, а также множило число его противников. Ведь ислам был мировоззрением большинства населения, в глазах которого священнослужители являлись слугами Аллаха на земле. К тому же авторитет религиозного деятеля как мудрого советчика и активного участника борьбы афганцев за независимость был весьма высок.

Противостоять исламу или тем более бороться с ним в Афганистане означало выступать против собственного народа. Невежественное обращение с ним, манипулирование исламом в своекорыстных целях обернулось самыми серьезными последствиями. Ислам был взят оппозицией в качестве объединяющей идеологии в противовес идеологии НДПА.

Специальным декретом правительства в октябре 1978 г. женщинам были предоставлены равные права с мужчинами. Предусматривались также отмена калыма, запрещение ранних браков (так называемая брачная реформа). В борьбе за ликвидацию неграмотности допускалось принудительное обучение женщин (а мусульманское духовенство всегда проповедовало, что грамотность женщине ни к чему и даже вредна ей), создавались смешанные учебные группы: стариков, женщин, детей. С точки зрения цивилизованного человека, это были прогрессивные мероприятия. Однако неграмотными и религиозными афганцами, особенно в кишлачной зоне, все это расценивалось как вмешательство в личную жизнь, посягательство на традиционные устои и уклад жизни. Но даже в таких условиях провозглашение равноправия женщин сыграло (особенно в крупных городах) свою роль. Не случайно в последующем тысячи женщин поддерживали режим, состоя в группах защитников революции, в милиции и т. д.

Особенно жестоко расправлялись с шиитами. Показательной в этом плане является судьба семьи лидера (пира) «исмаилитов» Сайда Мансура Надери. Троих его родных братьев Сайда Роунага (поэт), Сайда Анвара и Сайда Хасейна убили по приказу X. Амина.

Репрессивные шаги режима в отношении высшего духовенства и мулл привели к тому, что они под флагом ислама и говоря от его имени возглавили все враждебные новой власти силы и перешли к активному противодействию НДПА, искусно используя исламские Ценности в качестве оружия в борьбе за политическую власть. Именно поэтому показные мероприятия партии, показывающие уважение к исламу (выделение средств для ремонта и строительства мечетей и молельных домов, введение льгот паломникам в Мекку, повышение жалованья муллам и т. п.), не дали ожидаемых результатов.

Практические и организационные меры, предпринятые правительством ДРА по насильственному переустройству общества, привели к разрыву экономических связей. Особенно это ощущалось в центральных районах страны, где ранее существовала система переработки продуктов животноводства и снабжения ими крупных городов, в которой основную роль играли хазарейцы и кочевники. Это повлекло за собой падение жизненного уровня населения и сначала скрытое, а затем явное сопротивление населения. Главный лозунг, под которым партия пришла к власти, — улучшение жизни простого народа — оказался пустым звуком.

В июне 1978 г. произошли первые вооруженные выступления против «демократических и антифеодальных мероприятий» центральных властей в провинциях Бадахшан, Бамиан, Кунар, Пактия и Нангархар. Их возглавили помещичье-феодальные круги, компрадорская буржуазия и консолидировавшееся с ними высшее исламское духовенство. В отличие от НДПА, они умело использовали в своей деятельности практически сплошную неграмотность населения, сложные межнациональные и племенные противоречия, религиозный фанатизм и крайний национализм. Но руководство страны не особенно встревожил такой поворот событий. Оно посчитало, что сможет легко подавить силой отдельные очаги сопротивления, и отдало соответствующий приказ армии.

Действия армейских подразделений против сельской оппозиции, применение артиллерии и авиации для подавления ее вооруженных выступлений повлекли за собой жертвы среди мирного населения, разрушение кишлаков и ирригационных систем, уничтожение урожая на полях. Это привело к тому, что мятежное движение постепенно стало расширяться. Под влиянием мулл и землевладельцев стихийное сопротивление сельских жителей приобрело организованный характер и приняло исламскую окраску. Но правительство, продолжая уповать только на силу, вводило в действие все новые и новые боевые части, в том числе применяя их в тех районах, в которых традиционно армия никогда ранее даже не появлялась (зона расселения свободных пуштунских племен).

Карательные меры против внутренней оппозиции и населения вызвали поток беженцев из Афганистана. Спасая детей и родственников, люди уходили из страны семьями, а иногда и целыми кишлаками. По мере нарастания боевых действий число беженцев увеличивалось, и вскоре этот процесс принял массовый характер. Например, если в 1973 г. в Пакистан эмигрировало несколько сот человек, а в 1978 г.- 110 тыс. чел., то только в сентябре — декабре 1979 г. их стало уже — 750 тыс. чел. В последующем количество беженцев стало исчисляться миллионами.

Активизировала свою деятельность и внешняя оппозиция, основной базой которой стал Пакистан. Ведь после неудавшегося восстания в 1975 г. исламские группы, связанные с международной организацией «Братья мусульмане», объединились под руководством Г. Хекматияра в Пакистане в партию «Хезбе ислами-е-Афганистан» («Исламская партия Афганистана») и вскоре приняли в свои ряды многих представителей высшего духовенства и мулл. В их числе были Бурхануддин Раббани, Мухаммед Юнус (Халес), Сайд Мансур, Джелалуддин Хакани, Ахмад Шах (Масуд) и др.

Находясь под сильным влиянием современных мусульманских мыслителей-фундаменталистов, в том числе основателя пакистанского «Джамите-ислами» и руководителя движения за «более исламский» Пакистан Сайеда Маудуди, основателей исламистской экстремистской организации «Братья мусульмане» Сайеда Кутаба и Хассана-уль-Бана, а также иранца Али Шариати, руководство Исламской партии Афганистана (ИПА) повело борьбу с режимом НДПА с крайне правых исламистских позиций.

Однако в одной партии нескольким лидерам было тесно. Каждый из них стремился создать собственную партию. Первым откололся Б. Раббани, который образовал «Джамиат-е-ислам-е-Афганистан» («Исламское общество Афганистана»). За ним последовали некоторые бывшие члены ИПА, в том числе и Ахмад Шах Масуд. И хотя внешне лидеры оппозиции выступали как союзники, постепенно между ними возникли разногласия, переросшие затем во вражду, которая с годами усиливалась.

К началу Апрельской революции в Афганистане на пакистанской территории уже находились и действовали центры двух основных фундаменталистских оппозиционных организаций — «Исламская партия Афганистана» (ИПА) под руководством Г. Хекматияра и «Исламское общество Афганистана» (ИОА), возглавляемое Б. Раббани. Они были созданы после распада организации «Мусульманская молодежь», из уцелевших ее членов. Эти партии стояли на позициях исламских фундаменталистов. Но по мере развития мятежного движения вовлеченные в него деревенские афганцы воевали в основном под руководством местных мулл, которые придерживались традиционалистических воззрений и выступали против новых толковании ислама, считая их отклонением от истинного ислама. На этой основе возникла партия «Худам-уль-фуркан» («Слуга Корана»).