Впоследствии опыт воздушных боев показал необходимость усиления оборонительного вооружения – в задней части кабины устанавливался либо 13-мм пулемет МG-131, либо два МG-81. Были добавлены также два пулемета для стрельбы назад и усилено бронирование кабины. На некоторых модификациях устанавливалась и 20-мм пушка MG-FF.
Впервые Ju-88 вступили в бой в сентябре 1939 г., атакуя корабли британского флота; позже они приняли участие в боях при оккупации Франции. Но в полной мере участие в боевых действиях бомбардировщик принял уже в период битвы за Британию. Несколько массированных налетов подразделения люфтваффе предприняли 12 августа 1940 г., нанеся удары по аэродромам в Дрифилде, Мидл-Вэллопе и Уорси-Дауне, при этом было уничтожено или повреждено несколько британских истребителей и около десятка бомбардировщиков «уитли». Из 77 участвовавших в рейдах бомбардировщиков было потеряно двенадцать.

«Junkers» Ju-88A
В мае 1941 г. Ju-88 охотились на суда союзников в Средиземном море, записав на свой счет, в частности, потопленные эсминцы «Лайвли» («Lively»), «Киплинг» («Kipling») и «Шакал» («Chacal») и легкий крейсер «Калькутта» («Calcutta»).
В июне 1941 г. 412 самолетов Ju-88 составили более половины бомбардировщиков люфтваффе, сосредоточенных для удара по СССР. (Но и потери среди машин этого типа оказались достаточно высокими – в первый же день войны было потеряно 33 самолета.)
Ju-88 активно применялись во всех крупных операциях вермахта. Около 130 бомбардировщиков Ju-88 принимали участие в 1941 г. в налетах на Москву. Массовые удары по позициям советских войск совершали «юнкерсы» во время боев за Сталинград. Одним из основных направлений боевой работы «восемьдесят восьмых» на Восточном фронте стала также борьба с северными морскими конвоями. В конце мая 1942 г. около 100 бомбардировщиков Ju-88 были привлечены к атакам конвоя РQ-16, в результате которых было потоплено семь кораблей. А в июле 1942 г. немецкая авиация совместно с флотом нанесла самый серьезный удар, практически уничтожив печально известный конвой РQ-17. Было потоплено 22 из 35 транспортов конвоя и 2 вспомогательных судна, и значительная часть из них на счету 115 бомбардировщиков Ju-88 и He-111, совершивших более 200 вылетов. Из трагедии конвоя были сделаны соответствующие выводы, и уже следующий – РQ-18, в состав которого был включен авианосец «Эвенджер» («Avenger») с истребителями «Си Харрикейн» на борту, сумел оказать достойное сопротивление люфтваффе.
Остававшийся в строю до последних дней войны Ju-88 оказался, помимо прочего, универсальной машиной, на базе которой были созданы торпедоносец, разведчик и истребитель, причем после 1943 г. производство истребителей преобладало над производством собственно бомбардировщиков. Тем не менее модернизация бомбардировочной модификации также не прекращалась – так, Ju-88S получил двигатели BMW-801D мощностью 1440 л. с., скорость увеличилась до 545 км/ч (а в форсированном режиме – до 600 км/ч).
Производство окончательно было прекращено в 1945 г.; всего Ju-88 разных типов было выпущено более 14 600.

Ju-88 в полете

Ju-188
Среди модификаций Ju-88 особое место занял появившийся весной 1942 г. Ju-88-V44, серийный выпуск которого продолжился под индексом Ju-188. Планер самолета отличался бо́льшими размахом крыла и площадью хвостового оперения. Бомбардировщик был вооружен двумя пушками МG-151/20 – в лобовом остеклении и во вращающейся башне. На самолет устанавливались двигатели «Юмо-213А-1» или ВMW-801D-2 мощностью 1770 л. с., бомбовая нагрузка увеличилась до 3 т. Но несмотря на положительные отзывы, было выпущено только 1076 Ju-188, из которых более половины – в качестве разведчиков.
Созданный в 1935 г. компанией «Капрони Бергамаччи» бомбардировщик Са.135 в составе итальянских ВВС использовался только в учебных подразделениях. Но в ВВС Венгрии двухмоторный самолет, способный нести бомбовую нагрузку до 1600 кг, имевший максимальную скорость 440 км/ч и оснащенный тремя оборонительными пулеметами, применялся по прямому назначению до конца 1941 г. Кроме Венгрии, Са.135 итальянцы предложили и Японии, но представители ВВС императорской армии отдали предпочтение самолету фирмы ФИАТ BR.20 «Чиконья» («Аист») конструкции Ч. Розателли, разработчика ряда удачных истребителей. Машина Розателли, с одной стороны, стала шагом вперед для итальянской авиации, представляя собой двухмоторный моноплан с гладкой обшивкой, убирающимся шасси, винтами изменяющегося шага. В тоже время самолет сохранил угловатый фюзеляж, стальной каркас которого частично обтягивался полотном. Характеристики машины в целом были близки к Са.135, но «Аист» имел бо́льшую дальность полета, несколько лучшие летные данные и, кроме того, с началом эксплуатации продемонстрировал высокую надежность. Его послужной список оказался более богатым – в 1937 г. самолет был испытан в боевой обстановке в Испании, годом позже сражался в Китае в составе японских ВВС. На момент вступления Италии в войну 10 июня 1940 г. в частях ее ВВС находилось 162 бомбардировщика BR.20. Первые удары были нанесены ими по позициям французских войск. 63 машины приняли участие в налетах на Британию, но столкновения с английской ПВО и британскими истребителями обошлись дорого – за три месяца итальянцы потеряли около 20 самолетов.
В 1942 г. несколько машин оказалось на Восточном фронте, но к войне в условиях русской зимы они оказались непригодными: из-за несоответствия погодным условиям горюче– смазочных материалов пилотов преследовали отказы и двигателей, и вооружения.
Постепенно численность машин в частях уменьшалась, и в 1943 г. самолет был окончательно снят с вооружения. Всего же было выпущено около 580 машин.
Более продолжительной оказалась служба самолета компании C.R.d.A (Cantieri Riuniti dell'Adriàtico), или CANT, поднявшегося в небо весной 1937 г. и получившего название Z.1007 «Альчоне» («Зимородок»). В отличие от Са.135 и BR.20, самолет Филиппо Дзапаты оснащался тремя 1000-сильными моторами «Пьяджо» Р.XI R2C.40, развивал скорость более 460 км/ч и нес в последних модификациях свыше 2000 кг бомб на внутренней и внешней подвесках.

«Caproni» Са.135

FIAT BR.20 «Cicogna»

CANT Z.1007bis «Alcione»
По мере выпуска были внесены изменения в конструкцию хвостового оперения – если у первых серий оно было однокилевым, позже было установлено два киля.
На вооружение «альчоне» поступили в 1939 г., в полномасштабных боевых действиях приняли участие осенью 1940 г. над Грецией. Хотя бомбардировщики имели более мощное вооружение (два 12,7-мм и два 7,7-мм пулемета), им приходилось нелегко даже при встрече с устаревшими английскими бипланами «Глостер» «Гладиатор», сумевшими сбить несколько итальянских бомбардировщиков, не говоря уже о более современных истребителях. Постепенно активность использования Z.1007 снижалась, и в 1943 г. выпуск был прекращен, хотя самолет оставался в строю и после падения правительства Муссолини, а отдельные экземпляры из выпущенных количеством более 560 самолетов дожили до конца войны.
Основой бомбардировочной авиации Италии стали трехмоторные машины конструкции Алессандро Маркетти, строившиеся компанией SIAI («Società Idrovolanti Alta Italia»), более известной как «Савойя—Маркетти». Самым ранним из самолетов, еще остававшимся в строю к началу войны, оказался S.M.81 «Пипистрелло» («Летучая мышь»). Самолет был создан в 1934 г. на базе транспортной машины S.73 и в течение продолжительного времени оставался основным бомбардировщиком итальянских ВВС. В 1940 г. в боевых частях оставалось более 300 (из построенных 530 до марта 1938 г.) самолетов. Хотя за скорость, не превышающую 340 км/ч, бомбардировщик получил прозвище «Улитка», поднимающие до 2000 кг бомб «летучие мыши» небезуспешно участвовали в ударах по британским кораблям в Средиземном море и по позициям сухопутных войск в Ливии и Греции, а позже использовались также в качестве транспортных самолетов.