Ректора избирали преподаватели, но когда 16 декабря 1485 года их выбор пал на фламандского монаха Иоганна Стандонка, студенты взбунтовались. Стандонк был тогда профессором Сорбонны, но прославился как основатель Коллегии Монтегю, печально известной суровым уставом. Новый ректор намеревался применить свои методы воспитания и к студентам, чем резко настроил их против себя.

В германских университетах ректора величали «монархом», хотя он, разумеется, подчинялся королю или императору. Если ректор принадлежал к благородному сословию, обращаться к нему полагалось со словами «ваше сиятельство» (Erlaucht) или «ваша светлость» (Durchlaucht).

В эпоху соборных школ ректор собора становился директором школы, как, например, в соборе Парижской Богоматери. Такие ректоры (канцлеры) сохранились в нескольких университетах, выросших из соборных школ: в Болонье, Монпелье, Вене и Оксфорде. Долгое время канцлер являлся представителем епископа. Он председательствовал на экзаменах, присуждал ученые степени, выдавал дипломы и исполнял роль судьи при рассмотрении дел, находящихся в церковной юрисдикции. Он всегда считался чиновником, чуждым университету, и вступал с ним в конфликт. Особенно часто это происходило в первые годы существования Парижского университета. Впоследствии его роль сошла на нет, сохранившись лишь в английских университетах.

В XIII веке, когда в Париже на холме Святой Женевьевы школы росли как грибы, ректор церкви Святой Женевьевы стал соперником ректора собора Богоматери в вопросе надзора за обучением и присвоением ученых степеней. Тогда в 1245 году факультет вольных искусств избрал собственного ректора, и в дальнейшем ректором Парижского университета всегда становился представитель этого факультета.

В германских университетах были и ректор, и канцлер. Последний имел ученую степень и иногда был профессором; он подчинялся епископу и папе; первое время его назначали, но потом стали избирать. Если канцлер, в задачу которого входил церковный надзор за университетом, слишком активно вмешивался в управление, его отношения с ректором могли быть довольно напряженными.

В России для высшего управления университетом императрица Елизавета Петровна назначила двух кураторов, а для учебных и хозяйственных распоряжений — канцелярию во главе с директором. Первыми кураторами Московского университета стали И. И. Шувалов и Л. Л. Блюментрост (правда, последний скончался прежде открытия университета), первым директором — А. М. Аргамаков (до 1757 года).

В Германии выборы ректора были многоступенчатыми и довольно сложными. На общем собрании университета избирали «управляющий комитет» из профессоров, которые, бросив жребий, назначали троих выборщиков. Те, поклявшись действовать по совести и сообразно разуму, должны были принять решение прежде, чем сгорит восковая свечка длиной в указательный палец; чересчур медлительных могли лишить жалованья на полгода.

В Лейпциге каждая «нация» избирала своего выборщика; четверо выборщиков избирали семерых избирателей — по двое от трех «наций» и еще одного от четвертой; они, в свою очередь, выбирали по одному представителю от каждой «нации» и, сверх того, еще одного человека от той «нации», которая на предыдущем этапе выборов была представлена только одним избирателем; наконец, эти пятеро избирали ректора.

Церемония вступления в должность проходила в церкви. После приветственной речи в честь новоизбранного ректора его предшественник возлагал ему на голову шляпу, вручал серебряный «скипетр» и устав университета, и новый ректор приносил присягу на Евангелии.

В окружение ректора, помимо нескольких проректоров, входили нотариусы, синдики (для ведения судебных дел и деловых сношений), казначеи, коллекторы (для заведования доходами), конвенторы (надзиравшие за школьными общежитиями), квесторы («завхозы» в германских университетах) и др. Во главе каждого факультета стоял декан.

На защите диссертаций присутствовали цензоры; в Сорбонне по завершении экзамена они принимали решение тайным голосованием.

В Киево-Могилянской коллегии начальствующими лицами были ректор, префект (инспектор и эконом) и суперинтендант (надзиратель за благочинием воспитанников).

В Монпелье студенты избирали из своих рядов прокурора — официальное лицо с отличительным знаком в виде жезла, который заведовал университетскими финансами. По уставу 1534 года прокурор имел право отчитывать нерадивых преподавателей. Жалованье учителям выдавалось лишь в том случае, если у прокурора не было к ним претензий. В 1550 году должность прокурора отменили, заменив его четырьмя советниками из числа бакалавров; собирать вступительные взносы поручили сторожу университетской церкви. Однако сами студенты занимали активную позицию. Феликс Платтер вспоминал, как в ноябре 1556 года студент-земляк по фамилии Хохштеттер увел его с урока доктора Сапорты на «демонстрацию» против безалаберных наставников: выстроившись в колонну по одному, студенты при шпагах обошли коллегии всех «наций», вызывая своих товарищей. «Отправились к резиденции парламента. Избранный нами прокурор подал жалобу от нашего имени на небрежение, с каким профессора относятся к занятиям, и потребовал осуществления нашего старинного права назначить двух прокуроров, которые будут удерживать жалованье профессоров, не читающих лекций. В свою очередь, доктора подали свою жалобу через избранного ими прокурора. Нашу просьбу удовлетворили; два прокурора были назначены 25 ноября, и всё успокоилось».

Похожий случай, произошедший двумя веками позже в Петербурге, тоже завершился к всеобщему удовлетворению. Студенты университета подали высшему академическому начальству жалобу на нерадение своих наставников. Начальство, как водится, сняло стружку с профессоров, чем и ограничилось; профессора прочитали «слишком умным» студентам несколько лекций, проэкзаменовали их, выдали аттестаты и выпустили на все четыре стороны.

В те далекие времена тонкая грань между студентами и преподавателями временами становилась прозрачной, а то и вовсе растворялась. Вот лишь один пример. Жюльен Вере восемь лет преподавал в Коллегии Аркура, а потом вдруг решил сам сесть на студенческую скамью на медицинском факультете Парижского университета. Это не помешало его избранию в 1573 году прокурором французской «нации» на факультете вольных искусств, а на следующий год — ректором университета, который он представлял на похоронах короля Карла IX. Даже став в 1575 году директором Коллегии Ле-Мана, он продолжал учиться.

Ректор руководил с помощью университетского совета, члены которого избирались «нациями», подразделявшимися на более мелкие ассоциации избирателей; каждая из них делегировала одного-двух «советников». К XII веку такой административный механизм был уже как следует обкатан в ломбардских городах муниципалитетами и ремесленными цехами. В первых итальянских университетах все студенты составляли Генеральный совет, который собирался в церкви или в монастыре для принятия важных решений. Очень скоро право участвовать в этих собраниях было закреплено за учащимися, имеющими степень магистра.

В XV–XVI столетиях делами университета заправлял постоянно действующий совет, который в Англии называли «конгрегацией». В Париже в XVII веке окончательно сложилась «профессорская олигархия»; с утверждением абсолютизма во Франции такая же модель власти была принята и в университетах.

Университетские советы составляли устав, который долгое время существовал в устной форме (самые древние письменные редакции, сохранившиеся в Париже и Оксфорде, относятся к началу XIII века). Поначалу устав состоял из нескольких простых предписаний, относящихся к экзаменам, форме одежды и т. д. Все члены университета торжественно клялись соблюдать устав. Пересмотреть его могла лишь особая комиссия. Во Флоренции этим занималась та же комиссия, которая следила за исполнением и обновлением уставов ремесленных цехов.

В 1208 году папа Иннокентий III издал буллу для преподавателей Священного Писания, канонического права и вольных искусств, напоминая об уложении в отношении костюма, времени занятий и диспутов, похорон покойных учителей. Там говорилось, что каждый магистр должен соблюдать устав университета под угрозой исключения из него после троекратных замечаний со стороны других магистров.