«Ну, все, на этом кончился для флота Исаков», — подумал его давний товарищ по Черному морю Цалькович, тоже член комиссии. Очевидно, опасение возникло не у одного Цальковича. К счастью, друзья ошиблись. Опять — хоть и боком, новая ступень: Борис Михайлович Шапошников, крупнейший генштабист и будущий маршал, угадал в смелом черноморском операторе главное — видит глубже и дальше, чем дозволено рамками ведомства или должностной границей. Он пригласил Исакова в штаб РККА, в Оперативное управление, начальником которого был Владимир Кириакович Триандафиллов.
В объемистом томе «Вопросы стратегии и оперативного искусства в советских военных трудах (1917–1940)», изданном в 1965 году, имя Исакова соседствует с именами лучших теоретиков наших вооруженных сил, в том числе и с именем погибшего в авиационной катастрофе Триандафиллова. Исаков стал в Оперативном управлении штаба его сотрудником и учеником.
Теоретический рост Исакова шел стремительно: автор исследований, опубликованных Гидрографическим управлением и Научно-техническим комитетом; статьи на военно-морские и военно-географические темы в Большой советской энциклопедии и в первых томах Военной энциклопедии, возобновления которой он добивался до конца жизни: статья «Десантная операция» — предвестница курса лекций, прочитанных позже в Военно-морской академии. Наркомат обороны издал их в 1934 году отдельной книгой как учебник для командиров флота. Но все писалось ночью, урывками. Главное — работа в морском отделе штаба: частые выезды на моря и срочная разработка государственного задания. Триандафиллов включил Исакова в подготовку программы строительства флота, рассчитанной на индустрию первых пятилеток. В программе был и его, им выношенный новый эсминец.
В одной из служебных автобиографий Иван Степанович писал в разделе «Партийные дела»: «Впервые подал заявление о приеме кандидатом в члены ВКП(б) в первичную организацию Оперупра Генштаба в 1931 году. К концу года прошел через бюро, но ввиду отъезда в длительную командировку на ДВ дело приостановилось. Все документы переслали в ВМ Академию, где меня застало постановление ЦК о временном прекращении приема в партию».
Сама командировка на Дальний Восток была большим партийным поручением. Его послали с комиссией Я. Гамарника, на четыре месяца. Международное положение страны обострялось. После военного конфликта на КВЖД в Москву приезжал с Амура комиссар Степанов, он рассказывал, как амурцы громили сунгарийскую флотилию противника.
Но вот Япония захватила Маньчжурию. Под ударом советское Приморье, японские штабы давно вынашивают план отторжения Дальнего Востока от СССР. Правительство решило укрепить оборону на Тихом океане, создать там военный флот. Исакова посылают туда — провести, как на Черном и Азовском, рекогносцировку берегов, подготовить базирование флота и создание судостроительного завода.
Снова — походы, поездки, изучение берегов, бухт, возможных стоянок. Но если Черноморское побережье после Финского залива казалось беспредельным, то моря и берега Тихого океана было трудно даже мыслью объять. Тут и четырех месяцев не хватит. От Арктики до субтропических параллелей Посьета дикие и необжитые земли. Береговые укрепления заброшены еще с русско-японской войны. Край требует для своего освоения и укрепления десятилетий труда сотен тысяч людей. Исаков знал Дальний Восток не только по гардемаринской практике, но и по обширной военно-исторической литературе. В Москве он увлекся архивными документами о русско-японской войне, материалами следственной комиссии и рассекреченными после революции фондами.
В этой поездке на Дальний Восток Исаков пришел к одной из самых значительных для себя тем — о Циндао. Небольшой в масштабе первой мировой войны эпизод — взятие германской крепости Циндао, контролирующей Желтое море, — привлек его острой актуальностью. Размах операции в Циндао невелик: действовали не армии, а полки, не флоты, а одна эскадра и отдельные корабли, не воздушные соединения, а одиночные самолеты. Что же актуально в этой полузабытой операции? Он почуял в ней проекцию на современность, пищу для стратегических обобщений и оперативных открытий.
Столкнулись два противника — Япония и Германия, оба сильные и оба потенциально опасные для Советской страны. Островная держава стремится на континент, но одновременно боится потерять свой флот, скованная соперничеством в океане с Великобританией и США. Она бережет флот, но не жалеет для агрессии людей. На Порт-Артур напала внезапно, не объявляя войны; на Циндао, наоборот, предупреждая о нападении, это было выгодно во взаимоотношениях с союзниками. Порт-Артур подтвердил ходячую формулу: «морские крепости берутся с суши». Циндао как будто тоже подтверждает эту формулу, хотя при новых средствах борьбы и в иных условиях все может быть по-другому. Но японцы будут действовать именно так — стараться брать приморские крепости и укрепленные районы с суши. Очевидно, на Дальнем Востоке нет такого пункта, захват которого гарантировал бы успех на всем театре. Значит, следует ждать атак нескольких пунктов. Так операция времен первой мировой войны стала поучительной и для тридцатых годов. Япония напала на Циндао в момент, когда Германия была скована на главных фронтах в Европе. Разве не может снова возникнуть такая ситуация, только в ином сочетании противных сторон и с иными, более современными силами, особенно в условиях, когда Советской стране противник угрожает и с Запада и с Востока? Тема увлекла Исакова на годы, он сумел вложить в нее столько оригинальных мыслей, сделать такие прогнозы и открытия, что его работу вспоминали в штабах и во время Пирл-Харбора и позже.
В марте 1932 года Исаков вернулся в Москву, а в апреле началось создание флота на Тихом океане.
Поездка на Дальний Восток произвела сильное впечатление. Долгосрочная программа строительства и развертывания морских сил начала действовать, но нет базы военно-морской науки, нет учебников, наставлений, разработанного опыта минувшей войны, обобщения главных особенностей современного развития на море; морской отдел штаба РККА не может удовлетворить растущий флот, а кадров для самостоятельного морского штаба еще мало; нельзя серьезно работать в штабе без глубоких научных исследований. Эти аргументы Исаков выдвигал, добиваясь, чтобы его отпустили в Ленинград, в академию — преподавать и заниматься наукой. «Никаких учебников или пособий по курсу стратегии не существовало, — писал он тогда. — Приходилось учиться самому и постепенно создавать конспекты для слушателей. Но через год я был внезапно привлечен к первой проводке кораблей по только что построенному Беломорско-Балтийскому каналу для формирования Северного флота».
Не так уж внезапно. После комиссии Немитца, работы над планом в штабе РККА и командировки на Тихий океан не было в последнее перед войною десятилетие решающего направления, куда не бросали бы Исакова. В академии за год работы на кафедре стратегии и оперативного искусства он успел прочесть не только курс лекций по десантным операциям, но и оригинальный курс о боевых действиях подводных лодок с выводами-открытиями и долгосрочными прогнозами, подтвержденными практикой второй мировой войны; этот курс стал основой первого тома научного труда «Операции подводных лодок», написанного Исаковым в соавторстве с А. П. Александровым и В. А. Белли. Продолжая готовить книгу «Операции японцев против Циндао», Исаков опубликовал работу «Беломорско-Балтийская водная магистраль» — за полгода до «внезапного назначения» начальником штаба экспедиции особого назначения — ЭОН-1. Исаков писал, что Беломорканал, помимо исторического и народнохозяйственного значения, устраняет стратегическую разобщенность морских театров, позволяя военным кораблям переходить из Балтики на Север.
В апреле 1933 года Ивана Григорьевича Карпова, занятого тогда перестройкой царской яхты «Штандарт» в минный заградитель «Марти», вызвал командующий Балтийским флотом Галлер и сообщил, что, оставаясь командиром минзага, он поступает в распоряжение комиссии Исакова.