За все время стоянки моряки с «Надежды» не имели права покидать судно. Вместе с посланником в его резиденции проживали восемь человек. Переводчики-японцы перед встречей с россиянами обыскивались полицией. Не разрешались ни закупки научного оборудования через третьих лиц, ни обмен вещами.

Посланник и его свита прожили в почетном заточении четыре месяца, до самого отъезда из Японии.

Попытка первого официального российского посольства заключить с японцами договор о торговле завершилась неудачей: японское правительство, по-видимому, твердо решило сохранить прежнюю замкнутость. Разрешение, выданное прежде А. К. Лаксману, японцы проигнорировали. В связи с отказом в установлении торговых отношений Резанов составил особый меморандум японским властям, отметив в четвертом пункте: «Чтобы Японская империя далее северной оконечности острова Матмая отнюдь владений своих не простирала, поелику все земли и воды к северу принадлежат моему государю».

На последней встрече с представителями бакуфу им передали четырех японцев, привезенных из России. После продолжительного допроса они встретились с представителем Сендайского княжества, специально приехавшим за своими земляками. В декабре японцев отправили под конвоем в Эдо, где их принял в своей резиденции даймё. Более сорока дней их расспрашивал ученый Оцуки Гэнтаку и на основании бесед закончил в 1807 г. сочинение «Удивительные рассказы о далеких морях».

Неудачу дипломатической миссии Резанова объясняют по-разному. Одни считают, что виной всему горячность и высокомерие русского посланника; другие винят Деффа, директора голландской фактории, который опасался русской конкуренции и втайне употреблял все усилия, чтобы помешать русским завязать дипломатические и торговые сношения с Японией. Эта версия, кстати, не лишена оснований. Позднее В. М. Головнину довелось случайно познакомиться с письмом, в котором сообщалось, что голландским переводчикам «удалось дело это кончить хорошо, и склонить японцев на такое мнение о России, что они выслали Резанова, дав ему ответ, который, вероятно, отучит русских ходить в Японию».

По выходе из Нагасаки «Надежда» направилась к Корейскому проливу, держась вблизи берегов и определяя географическое положение приметных пунктов. Моряки исследовали часть Корейского пролива между Японией и островом Цусима, лежащим посредине, и назвали ее проливом Крузенштерна. В Нагасаки Крузенштерн предпринял меры к поиску карт северной части Японского архипелага и каких-либо сведений об этой местности. Особенно его интересовал остров Карафуто. Оказалось, что так японцы называли южную часть Сахалина. Не имея под рукой точных данных о названиях некоторых географических объектов, мореплаватель присвоил им русские имена. Во время этого плавания Крузенштерн не заходил в Хакодате, который, вероятно, тогда представлял собой совсем небольшую деревеньку. «Южный берег Иесо, — писал мореплаватель, — представляет большую противоположность Японии. Даже и близ города Матсумая не приметили мы нигде таких нив и насаждений, какие представляются в Японии повсюду, где даже и вершины каменистых гор покрыты оными».

На первый взгляд, многомесячная стоянка шлюпа «Надежда» в Нагасаки окончилась неудачей, ничего не дав России. На самом же деле это не так. Недаром говорят, что отрицательный результат также можно считать достижением. Впервые представители России и Японии встретились на государственном уровне. Тогда же встал вопрос о будущей границе между двумя странами. Во время этих непростых переговоров русские и японцы лучше узнали друт друга и стали немного ближе. Заметно продвинулась Россия и в изучении Японии и ее народа.

Уже тогда было ясно, что противоречий в понимании задач и свершений экспедиции будет немало. Неприязненно относившийся к Резанову Крузенштерн дал отрицательную оценку итогам дипломатической миссии в России лишь спустя 20 лет. Его оппонентом выступил Г. Лангсдорф, личный переводчик Резанова. Крузенштерн считал, что Япония не была готова к диалогу с Западом, а Резанов и Лангсдорф видели такие возможности, доказывали их перспективность.

Основной причиной неудачи было то, что японцы совершенно не нуждались в русских услугах. Им не требовались ни меха, ни другие товары с территорий Российско-Американской компании. С другой стороны, несмотря на упрочение экономики, Япония не имела излишков продовольствия, в частности, риса, которыми могла бы поделиться с русскими.

Получив в Нагасаки отказ в установлении торговых отношений, Резанов решил достичь этой цели другим путем: произвести нападение на поселения японцев на Южном Сахалине и юге Курильских островов. Камергер надеялся тем самым подтолкнуть японские власти к заключению соглашения с Россией. Он писал: «Я не скрою от вас, что народ, сколько известно мне, желал торга сето, а потому, считая нужным поставить оной сколько можно более в неудовольствие к зделанному России в торговле отказу, надеюсь, что внутренний ропот скорея принудит горделивую державу сию к снисканию торговых связей с ними». Сегодня можно говорить о наивности планов Резанова таким способом открыть Японию, но пройдет полстолетия, и американцы предпримут подобные меры.

Летом 1805 г. Резанов познакомился в Петропавловске-Камчатском с Н. А. Хвостовым и Г. И. Давыдовым, состоящими на службе в Российско-Американской компании. В 1805 г. на судне «Св. Мария Магдалина», которым командовал Хвостов, они совершили плавание из Петропавловска в Новоархангельск. Этих моряков и выбрал камергер для исполнения своих замыслов. Он решил не оставлять японцам шансов для переговоров, а сразу же начать военные действия. В предписании, выданном Хвостову и Давыдову, первым пунктом он написал: «Войти в губу Анива и, буде найдете японские суда, истребить их; людей, годных в работу и здоровых, взять с собою, а неспособных, отобрав, позволить им отправиться на северную оконечность Матмая, сказав, чтоб никогда они Сахалина, как российского владения, посещать иначе не отваживались, как приезжая для торга, к которому всегда россияне готовы будут».

Поручение было выполнено. Сразу же после вооруженного конфликта в Охотске началось разбирательство. Хвостова и Давыдова арестовали, но они бежали из-под стражи в Якутск. Потом их все-таки доставили в Петербург, где позднее освободили. Несмотря на отрицательное значение результатов Секретной экспедиции, российские власти заинтересовались материалами Хвостова и Давыдова. В советское время их стали считать национальными героями. И все же большинство исследователей ставят им в вину нападение на японские поселения. Смягчающим обстоятельством является то, что Н. П. Резанов все-таки предупреждал японцев не заниматься освоением Сахалина, который он уже тогда считал российской территорией.

Следующей вехой в отношениях России и Японии стало плавание В. М. Головнина. Судьба этого человека и его друга П. И. Рикорда являют противоположный пример действиям Хвостова и Давыдова. В 1807 г. они получили назначение на шлюп «Диана», построенный в России и отправлявшийся в кругосветное плавание. Головнина назначили командиром судна, а Рикорда — старшим офицером. Василий Михайлович Головнин и Петр Иванович Рикорд уже были знакомы друг с другом: они в одно время учились в Морском шляхетном кадетском корпусе, а позднее в составе группы из 12 лучших офицеров служили для морской практики на английском флоте. В 1805 г. срок их службы у англичан закончился, но Головнин задержался, получив разрешение совершить плавание в Вест-Индию.

Главной целью экспедиции были «географические открытия и описи в северной части Великого (Тихого) океана, преимущественно в пределах России, и вместе с тем отвезение в Охотский порт разных морских снарядов». 25 апреля 1810 г. моряки «Дианы» прорубили лед в Петропавловской гавани, и шлюп вышел в Авачинский залив, чтобы 4 мая взять курс к Курильским островам.