По приходу в Нагасаки адмирал не увидел столичных представителей и отдал приказ готовиться к отплытию. Когда гребные суда уже были подняты на борт и японцы перестали сомневаться в серьезности русских намерений, они объявили, что полномочные прибыли. Обсуждение времени и места переговоров шло медленно и затянулось на несколько дней. Путятин хотел, чтобы чиновники из Эдо приехали на фрегат: мол, сам он уже был на берегу, передавая бумаги от своего правительства, следовательно, теперь японцы должны привезти ответ на корабль. Кроме того, он объявил, что не останется в Нагасаки, если встреча не состоится до 1 января. Полномочные из столицы, в свою очередь, приглашали Путятина к себе, ссылаясь на усталость с дороги.

Первая встреча, назначенная на 31 декабря, сопровождалась большой торжественностью. Хотя в переговорах участвовали только два главных лица, японских сановников сопровождала большая свита, как решили русские, «чтобы придать более важности делу». Японцы попробовали настоять на том, чтобы отвезти русских представителей на берег на своих шлюпках: как поняли офицеры, чтобы показать народу, что «мы не едем сами, а нас везут, словом, что чужие в Японии воли не имеют». Но эта затея не удалась. Путятин считал, что уступка японцам в пустяках может дать им повод потребовать уступок и в серьезных вопросах. Поэтому адмирал в общении с ними придерживался принятой им системы: вежливости и твердости, как в мелких, так и важных делах. По тому, как начиналось знакомство, рассуждал он, японцам предстояло составить мнение о русских, а тем — установить тон для дальнейших переговоров.

На пристани и у дома, где происходила встреча, были расставлены солдаты. Японцы приняли Путятина в самых нарядных одеждах, и все первое свидание прошло в обмене учтивостями. Напрасно адмирал пытался склонить разговор к цели его прибытия: японцы объявили, что по обычаю их страны при первом свидании стороны ограничиваются личным знакомством, а все речи о делах откладываются до другого времени. Затем они угостили русских офицеров обедом в японском стиле, при этом произошло непонятное для русских разделение: оба полномочных сановника обедали с ними, а вся свита, включая двух губернаторов Нагасаки, удалилась в другие покои.

По мнению Путятина и других офицеров, старшие полномочные по имени Тсу-Тсуй-Хизено и Ковадзи-Сойемон-но, обладая «бойким здравым умом и искусной диалектикой», мало чем отличались от образованных европейцев. Русские убедились, что японцы не напрасно считаются самой образованной и вежливой нацией из всех народов Дальнего Востока. Чиновники постоянно проявляли знаки радушия и гостеприимства, выражая этим, по их словам, искренность намерений японского правительства вступить в дружеские связи с Россией. Моряки заметили, что сановники из Эдо, в отличие от нагасакских, шли на уступки русским, правда, иногда после продолжительных возражений. Но приглашение посетить фрегат они приняли не только беспрекословно, но и с видимым удовольствием, что моряки отнесли к весьма замечательным и небывалым событиям.

Губернатор Нагасаки получил из Эдо позволение принять русские подарки. Их вручили не только ему, но и старшим чиновникам-баниосам, а также тем подчиненным губернатора, кто был связан с русскими моряками во время их пребывания в Нагасаки. В свою очередь японцы при вторичном свидании, угостив русских парадным обедом от имени своего сёгуна, тоже вручили Путятину, всем офицерам и гражданским чиновникам подарки: шелковые материи, фарфоровые чашки и другие изделия. Для команды передали сто мешков риса, тысячу ящиков сои и двадцать свиней. Как было сказано, подобные подарки делались всем иностранцам, но сановники при посещении фрегата привезли Путятину еще дары и от себя: дорогую саблю с отлично выделанным клинком и лакированные вещи с золотыми украшениями. При этом они отметили, что преподношение сабли служит выражением крайней приязни, и дали понять: поскольку подарок сделан по внушению их правительства, то по нему можно сделать вывод об отношениях японского правительства к русскому. Путятин в свою очередь, отдарив приличным образом полномочных, передал им также подарки для поднесения сёгуну: несколько кусков богатой золотой парчи и глазета, большие зеркала, бронзовые столовые часы, цветные вазы и ковры.

Вскоре после первых двух официальных встреч между Путятиным и японскими сановниками начались переговоры. Они проходили в так называемом «правительственном доме», в котором русские уже бывали, встречаясь с губернаторами. На эти совещания Путятин ездил на катере, без церемониала, в сопровождении только четырех, необходимых при переговорах лиц. Японские чиновники также были без многочисленной свиты. Результаты этих предварительных переговоров Путятин изложил в особой записке, представленной министру иностранных дел.

Пока Путятин был занят дипломатической миссией, офицеры русских судов, коротая свободное время, занялись театральными постановками: на борту корвета «Оливуца» сыграли «Женитьбу» Н. В. Гоголя. Руководил всем барон Крюднер, и затея удалась. Особенно зрителям понравился мичман Зеленый, обладавший природным юмором и, видимо, больше других знакомый с театральным искусством.

«Едучи с корвета, — написал в дневнике Гончаров, — я видел одну из тех картин, которые видишь в живописи и не веришь: луну над гладкой водой, силуэт тихо качающегося фрегата, крутом темные, спящие холмы и огни на лодках и горах. Я вспомнил картины Айвазовского». Романтичным настроениям были подвержены и другие. Однажды поздним вечером на «Палладе» услышали, как с моря доносится мелодичное пение. Оказалось, это офицеры корвета «Оливуца» с камчадалами-певчими затеяли серенаду из русских и цыганских песен. Они долго плавали при лунном свете около фрегата, пели и жгли фальшфейеры, а все, кто был на «Палладе», собрались на юте и молча слушали их. Когда пение закончилось, адмирал поблагодарил певцов и позвал офицеров пить чай. Напоили чаем и певчих. На японской лодке, стоявшей в бухте, тоже, видимо, заслушались песен: она отделилась от других и подошла к фрегату, но близко подойти не посмела и, остановившись, долго качалась на одном месте.

Переговоры Путятина с полномочными из Эдо продолжались целый месяц. В это время в мире запахло порохом: начиналась Крымская война. Хотя основной театр военных действий был на Черном море, Путятин предвидел, что Дальний Восток тоже не избежит сражений. Поэтому он решил, используя перерыв в переговорах, исследовать побережье около устья реки Тюмень-Ула (ныне Туманная) в поисках мест, где русский флот мог бы в случае нужды укрыться от неприятеля. В дальнейшем решено было продолжить встречи и начать консультации по разграничению границы. Путятин писал: «В конце января 1854 г. после прощальных обедов в Нагасаки и на фрегате и изъявлений взаимной дружбы я расстался с полномочными, назначив им свидание весной для дальнейших переговоров в заливе Анива, на южной оконечности острова Сахалин».

Оставив «Палладу» в Императорской гавани, Путятин пересел на фрегат «Диана», который к тому времени перешел из Кронштадта в Николаеве к-на-Амуре. На этом корабле и довелось русским в октябре 1854 г. вновь прийти в Хакодате — на этот раз из устья Амура.

…Порт Хакодате располагался в бухте, закрытой почти от всех ветров, на склоне гористого Хакодатского полуострова, который соединялся с островом Хоккайдо низменным песчаным перешейком. Песчаными пляжами были окаймлены и берега залива. Моряки уже знали, что подходы к заливу глубоководны и безопасны. В ясную погоду ориентиром служил вулкан Комагатаке высотой 1142 м, в 15 милях к северу от вершины залива. Путятину порт был знаком по запискам В. М. Головнина, бывшего командира «Дианы». Конечно, то судно давно списали, передав имя новому фрегату. Ситуация с тех пор тоже заметно изменилась. Если Головнину на японском берегу пришлось сидеть в клетке, как дикому зверю, то сейчас Путятин чувствовал себя здесь на правах важного гостя, хотя и непрошеного. До него дошли сведения, что незадолго до прихода русских сюда заходили корабли американского командора Перри: тот хотел заручиться поддержкой местных жителей на случай, если американским морякам, терпящим бедствие у берегов Японии, понадобится помощь.