В марте–июле 1919 года до 80 % повстанческих атаманов Украины и атаманы целых повстанческих армий — Махно, Григорьев, Зеленый, Струк, Сатана, Соколовский, Ангел, Заболотный, Коцур — не признавали ни правительства Директории как «слишком буржуазное», ни власть самого Петлюры. Атаманы создавали свою форму власти, которая не вписывалась в систему унифицированной власти Директории.
Большинство атаманов того времени были «советскими атаманами» — выступающими за советскую систему. Но они отвергали советы, созданные большевиками, а боролись за Вольные советы с неограниченными правами местной власти, хотя и с элементами «диктатуры трудящихся». Руководство повстанцами было в руках «левых» конкурентов Петлюры: левых украинских эсеров, социал-демократов «независимых», борьбистов, боротьбистов, анархистов.
В то же время Петлюра, как глава Директории, видел в «атаманщине», разъедавшей структуру Украинской республики, угрозу для своей власти и стабильности режима, опасность погромов и разложения своей армии. В районах, контролируемых Директорией, также возникали «республики безвластия», такие как Теминковская волость на Волыни. О ней летом 1919 года в штаб Петлюры пришла такая информация: «Население не признает никакой власти, считая себя отдельным государством». Вскоре на территориях, контролируемых Петлюрой, появляются Дерманская, Пашковская, Пригоринская, Вытыкивская, Яновская, Летичевская «республики»... В условиях ослабления власти «каждая волость жила сама по себе».
Об отношении Директории к атаманам писал начальник контрразведки армии УНР Чеботарев: «К сожалению, наша власть не издала общего приказа о ликвидации общей «атамании», естественно, военной, а в каждом конкретном случае я получал приказ, в большинстве словесный о ликвидации того или иного «атамана»... А ликвидация была не легким делом, потому что необходимо было разоружать отряд, а потом арестовывать атамана... На Правобережье все атаманы в конце концов оказались у меня под арестом: Биденко, Палиенко, Яценко, Афнер, Святненко, Божко, Заболотный, Ворошилов, Палий и многие другие». Чеботарев также вспоминал: «Было же время, когда я возил в составе своего эшелона арестантский вагон, заполненный атаманами на протяжении пяти месяцев. Были тут Семесенко, Яценко, Палиенко, Биденко, Соколовский, Святненко, Афнер, Божко и другие».
Атаман Ефим Божко был одним из самых ярких атаманов «вокруг Петлюры». Он, как спутник, то приближался к Петлюре, то вскоре отдалялся, чтобы стать его врагом. Непостоянный и изменчивый, самолюбивый и авантюрный, этот атаман-фантазер пытался создать одному ему ведомый проект новой Украины, исходя из романтических образцов эпохи Хмельницкого.
В 1917 году тридцатитрехлетний капитан (по непроверенным данным — подполковник) инженерных войск царской армии, участник мировой войны, георгиевский кавалер Ефим Божко был очарован революцией. Но, записавшись в армию УНР, он был неприятно удивлен тем, что в этой армии оказался не «в чинах». Социалистическая Центральная Рада, опасаясь кадровых старших офицеров, охотнее раздавала генеральские должности партийным социалистам-прапорщикам. Божко принимал участие в боях частей УНР против наступающих красных за Киев, вместе с разбитой украинской армией отступил на Житомир.
В конце февраля 1918 года Божко — старшина Запорожского казацкого полка армии УНР — участвовал в наступлении на Дубны и Полтаву, а в середине апреля вместе с Гордиенковским полком — в походе украинской армии на Крым, в штурме Симферополя и Бахчисарая. Однако славы и чинов в многочисленных походах он не сыскал, а потому был обижен и гетманской властью, которая смогла предложить ему лишь незначительный пост начальника охранной сотни железной дороги Екатеринослав–Синельниково.
В то же время Божко уверовал, что именно ему суждено стать гетманом Украины, «новым Хмельницким», возродить славу казачества. Он буквально носился с идеей возрождения Запорожской Сечи как независимой военно-территориальной структуры с верховной властью кошевого атамана. От директора Исторического музея Екатеринослава, известного историка и собирателя казацких древностей Дмитрия Яворницкого, он потребовал для создания новой Сечи прислать запорожские реликвии и старое казацкое Евангелие.
В ноябре 1918 года Ефим Божко собрал несколько десятков единомышленников, которые провозгласили его кошевым атаманом «Новой Запорожской Сечи» — самозванным правителем Запорожья (территории с неопределенными границами) и кошевым атаманом Запорожского казацкого войска. Тогда же Божко поднял восстание против гетмана Скоропадского на Екатеринославщине.
Вольница Божко обосновалась на острове Хортица на Днепре, где в XVI веке князь Байда-Вишневецкий построил первую Запорожскую Сечь. Хортица занимала выгодное стратегическое положение у Александровска, и Божко мог контролировать не только передвижения по Днепру, но и часть Александровского уезда. Захватив арсенал с оружием, принадлежавший охране железных дорог, Божко вооружил до двух тысяч повстанцев (среди них был и офицер гетманской армии князь П. Оболенский). Для Сечи Божко «находит» бесхозный арсенал: 11 пулеметов, 6 пушек и бронепоезд.
В декабре 1918 года Ефим Божко принял участие в боях петлюровцев против 8-го гетманского корпуса, а затем и против батьки Махно, который тогда стал главнокомандующим советской революционной армией Екатеринославского района. Божко «политически определился»: решил поддержать Директорию и Петлюру. 1 января 1919 года казаки Божко совместно с подразделениями атаманов Гулого-Гуленко и Самокиша выбили махновцев из Екатеринослава и восстановили в городе власть Директории. В том же январе Божко решил пробиваться на защиту осажденного советскими войсками Киева. На станции Знаменка эшелоны атамана были остановлены восставшим против Директории атаманом Вирко. Но Божко удалось прорваться к Кременчугу, где еще оставались верные Директории части Запорожского корпуса атамана Волоха.
Но Волох почему-то арестовал Божко — то ли усмотрев в нем конкурента в борьбе за власть, то ли посчитал «красным», то ли просто желая присоединить его отряд к своему корпусу. Однако Божко был предусмотрительным человеком и, зная норов Волоха, приказал своей артиллерии начать обстрел его штаба из всех 11 пушек в случае, если он — Божко — не вернется вовремя из штаба Волоха. После того как заговорила артиллерия, Божко был освобожден.
Вернувшись к своим казакам, атаман решил не выступать на фронт против красных, а уйти в спокойный район — в глубь Украины, в тыловой район Балты, где можно было создавать «запорожское общество». Он мотивировал бегство с фронта необходимостью пополнить свой отряд, закончить формирование «Сечи», но действительной причиной было его разочарование в политике Петлюры и в боеспособности его армии. Божко был взбешен известием об аресте полковника П. Болбочана, в котором он видел лидера военного украинского движения.
Существование «Сечи» в уездном местечке Балта в феврале–апреле 1919 года напоминало съемки фильма, действие которого происходило в XVII столетии. Быт «Сечи» воспроизводил эпоху Хмельнитчины: Божко писал приказы гусиным пером, казаки брили головы, отращивали оселедцы и длинные усы. Атаман ввел единую форму: высокая меховая шапка со шлыком, жупан со стоячим воротником и большими пуговицами, широкие шаровары и широкий пояс. В то же время Божко запретил в «Сечи» играть в карты, пьянствовать, грабить, ввел телесные наказания канчуками (плетками).
Генерал армии УНР Н. Капустянский в книге «Похід української армії на Київ–Одесу в 1919 р.» так описал Божко: «Интересная личность, типичный атаманчик высокой марки, к тому же не вполне нормальный, мечтал о гетманстве, естественно, что во главе с собой... За Божко носили булаву (он ее взял из музея имени Поля в Екатеринославе), и он совершил множество разных чудачеств... Его окружал целый отряд авантюристов».
Из Балты Божко стремился контролировать местечки Брацлавщины и Одесской губернии: Саврань, Кодыму, Ананьев, Бирзулу — обширный и отдаленный от крупных городских центров сельскохозяйственный район. Атаман в ту пору не признавал никакой власти и говорил, что «...стал атаманщиком первой категории, как Петлюра!» Создав «Балтскую Сечь» — независимую от Петлюры «республику», Божко вступил в затяжной конфликт с местным крестьянским «атаманом Савранских лесов» Заболотным. Последний во главе отряда в полторы тысячи повстанцев начал войну против Божко. Несколько дней длился штурм Балты, но «Сечи» удалось выстоять, хотя местное население было от этого не в восторге: крестьянам надоели реквизиции на содержание нового «Запорожья».