6 октября 60-я армия была передана Воронежскому фронту, с ноября 1943 г. по апрель 1944 г. была подчинена 1-му Украинскому фронту, в составе которого приняла участие в Киевской наступательной операции. Прикрывая правый фланг 38-й армии К. С. Москаленко, армия под командованием И. Д. Черняховского быстро двигалась на запад. Командир 60-й умело создавал силами и средствами армии превосходство над противником на узких участках фронта, его войска прорывали оборону немецких войск, а затем расширяли фронт по периметру. Затем в ходе Киевской оборонительной операции 1943 г. советские войска утратили некоторые завоеванные позиции, в том числе город Житомир, которые были возвращены уже в начале 1944 г. в ходе Житомирско-Бердичевской операции.
Штаб 3-го Белорусского фронта. В центре командующий фронтом генерал армии И. Д. Черняховский. 13 января 1945 г.
Весной 1944 г. армия Черняховского участвовала в Ровно-Луцкой, Проскуровско-Черновицкой операциях, в ходе которых освободила сотни населенных пунктов. Маршал Советского Союза Г. К. Жуков, принявший после ранения Ватутина командование 1-м Украинским фронтом, и член Верховного совета генерал Крайнюков в телеграмме Верховному Главнокомандующему 7 марта 1944 г. так оценивали действия командарма Черняховского: «По своим знаниям и умению управлять войсками командующий 60-й армией вполне заслуживает звания генерал-полковника». Новое звание Иван Данилович получил 5 марта 1944 г.
«Генерал Черняховский был требовательным и к солдатам, и к себе. В бою он любил строгую дисциплину. Всегда он был подтянут. Даже во внешнем его образе была видна дисциплинированность, и в его взгляде чувствовалась большая сила воли полководца и глубокий ум человека. Своим видом генерал Черняховский — это красивый русский богатырь, в котором чувствовалась не только физическая сила, но и большая волевая сила полководца».
15 апреля генерал-полковник Черняховский был назначен командующим Западным фронтом (24 апреля управление Западного фронта переименовано в управление в 3-го Белорусского фронта). Из воспоминаний А. М. Василевского: «Помню, Сталин спросил меня, кого бы я мог рекомендовать на должность командующего 3-м Белорусским фронтом…
В качестве командующего 3-м Белорусским я порекомендовал кандидатуру генерал-полковника И. Д. Черняховского…
Первое впечатление о И. Д. Черняховском как о командующем фронтом очень хорошее: трудится он много, умело и уверенно…».
Штеменко, являвшийся в этот период представителем Ставки на Западном фронте, также с теплотой писал в своих мемуарах об этом назначении: «Черняховский тогда еще не пользовался широкой популярностью. Но он отлично зарекомендовал себя на посту командующего армией, имел основательную оперативную подготовку, превосходно знал артиллерию и танковые войска. Был молод (38 лет), энергичен, требователен и всей душой отдавался своему суровому и трудному делу».
«Черняховский же требовал доводить задачу до солдата в таком масштабе, чтобы тот, следуя суворовскому правилу, «понимал свой маневр». Идеи, сформулированные в решениях командующего, овладевали всеми воинами, находили у них признание и поддержку. Мне часто приходилось слышать из уст солдат и командиров: «С таким командующим не страшно в огонь и в воду».
От нового командующего мы, работники штаба фронта, ожидали упреков за неудачи в недавних наступательных операциях.
Однако, к всеобщему удовлетворению, услышать их никому не пришлось. Иван Данилович был очень вежливым, выдержанным, общительным, хорошо понимал, когда нужно применить слово «я», никогда этим не злоупотреблял. Он был человеком большого такта, в совершенстве владел собой, никогда не прибегал к унижающим достоинство воина разносам. С его приходом в штабе установилась спокойная, деловая обстановка».
В ходе Белорусской стратегической операции летом 1944 г. И. Д. Черняховский проявил в полной мере свой талант военачальника и свою способность быстро и точно оценивать обстановку, принимать смелые, но взвешенные решения.
Командующий 60-й армией генерал-лейтенант И. Д. Черняховский и член Военсовета фронта генерал-лейтенант А. И. Запорожец за разработкой наступательной операции. Воронежский фронт, март 1943 г.
Руководимые Черняховским войска фронта совместно с 1-м Прибалтийским фронтом разгромили витебскую группировку противника, 26 июня 1944 г. освободили Витебск. Под Минском совместно с 1-м и 2-м Белорусскими фронтами завершили окружение более чем 100-тысячной группировки противника, а 3 июля 1944 г. освободили Минск. В июле 1944 г. войска 3-го Белорусского фронта провели Вильнюсскую операцию, в результате которой освободили гг. Вильнюс и Лида, затем форсировали р. Неман. При штурме Вильнюса Черняховский приказал не использовать тяжелое вооружение и авиационные налеты, чтобы сберечь город. 28 июня 1944 г. Черняховскому И. Д. было присвоено звание генерала армии, а 29 июля 1944 г. он был удостоен звания Героя Советского Союза.
А. М. Василевский вспоминал об этих днях: «Накануне я обратился к Верховному Главнокомандующему по телефону с ходатайством о присвоении И. Д. Черняховскому за отличную работу на посту комфронта звания генерала армии. Сталин посоветовал направить представление. И вот на второй день решение состоялось, и я с удовольствием приветствовал Ивана Даниловича в новом звании». А. М. Василевский высоко оценивал командующего 3-м Белорусским фронтом: «Хорошее знание войск, многообразной и сложной боевой техники, умелое использование опыта других, глубокие теоретические знания позволяли Черняховскому отлично управлять войсками, входившими в состав его фронта, решать сложнейшие задачи, которые ставило перед ним Верховное Главнокомандование. В бою Черняховский находился на наиболее ответственных участках, внимательно следя за действиями своих войск и противником. Он чутко прислушивался к мнению подчиненных. Смело использовал все новое и полезное в обучении войск и организации боя. Солдаты, офицеры и генералы любили своего командующего прежде всего за человечность и заботу о них, за отвагу и бесстрашие, за твердость и настойчивость при проведении в жизнь решений, за прямоту и простоту в обращении, за гуманность и выдержку, за требовательность к себе и к подчиненным. Да, он был строг и требователен. Но никогда не позволял себе унижать достоинство человека…».
1 августа 1944 г. силы 3-го Белорусского фронта приняли участие в Каунасской наступательной операции и, освободив г. Каунас, вышли к границам Восточной Пруссии. Затем войска фронта участвовали в Мемельской операции 1-го Прибалтийского фронта, провели Гумбинненскую операцию. В ходе Прибалтийской стратегической наступательной операции была разгромлена 700-тысячная группировка противника в Прибалтике, 33 немецкие дивизии были заблокированы в Курляндии. В январе 1945 г. войска 3-го Белорусского совместно с частями 1-го Прибалтийского фронта участвовали в Восточно-Прусской стратегической наступательной операции, вышли на подступы к Кенигсбергу. В ходе боевых действий была разгромлена немецкая 3-я танковая армия. К концу операции войска продвинулись на глубину до 130 км.
«В ходе войны некоторые командующие стремились во что бы то ни стало добиваться своего раз принятого решения, хотя его выполнение из-за изменившейся обстановки нередко было связано с большими трудностями и потерями в людях, материальных средствах, а также времени. Генерал Черняховский смело изменял задачи войскам фронта, и они добились блестящих успехов в разгроме восточно-прусской группировки противника», — вспоминал генерал-полковник И. И. Людников, командующий 39-й армией 3-го Белорусского фронта.