Вскоре после гибели вице-адмирала Макарова, в Порт-Артур прибыл наместник и Главнокомандующий Российскими вооружёнными силами на Дальнем Востоке адмирал Алексеев, который принял на себя командование флотом Тихого океана, до той поры пока в Порт-Артур не прибудет из Санкт-Петербурга, только, что назначенный командовать флотом Тихого океана, член адмиралтейств-совета вице-адмирал Скрыдлов. Вместе с ним из столицы выезжал, назначенный командовать эскадрой Тихого океана вице-адмирал Безобразов. Адмирал Алексеев подняв 3 апреля свой флаг на “Севастополе” у которого были погнуты лопасти винтов, молча дал понять, что выходить в море он не собирается и следовательно русские корабли перестали выполнять те обязанности, для которых они были предназначены, даже обязательное дежурство крейсеров на внешнем рейде было отменено. Рано утром 2 апреля Х.Того подошёл к Порт-Артуру, для того, чтобы произвести третью бомбардировку города и порта. Подойдя на предельную дистанцию выстрела главных калибров, японские крейсера: “Ниссин” и “Кассуга” открыли огонь, их огонь корректировали вставшие напротив прохода крейсера: “Кассаги” и “Такасаго”. Из крепости им отвечал перекидным огнём, фактически только броненосец “Пересвет”, отправив в сторону неприятеля 28 из 34 снарядов в общей сложности выпущенных по неприятелю русской эскадрой и добившись одного достоверного попадания в броненосный крейсер “Ниссин”. Эскадренный броненосец “Севастополь” также открыл огонь по неприятелю, но после третьего залпа при угле возвышения 15 градусов, сломался станок одного 12” орудия носовой башни, ремонт которого в условиях Порт-Артура был невозможен, в результате чего броненосец лишился одного из четырёх орудий главного калибра, что сильно снизило его артиллерийскую мощь. Выпустив по русской крепости не менее полутора сотен снарядов и не добившись ни одного серьёзного попадания, неприятельские корабли скрылись из поля видимости русских береговых наблюдательных постов и ушли в море.

После решения послать с Балтики на Дальний Восток еще одну эскадру, структура флота Тихого океана была реорганизована. Эскадра, находящаяся в Порт-Артуре стала именоваться “1-я эскадра флота Тихого океана”, а отряд крейсеров получил название “Отдельный отряд крейсеров 1-й эскадры флота Тихого океана”. Наместник на Дальнем Востоке адмирал Алексеев учредил на эскадре Тихого океана находящейся в Порт-Артуре новые должности: начальника отряда броненосцев (контр-адмирал князь Ухтомский, ввиду ремонта “Пересвета” флаг перенесен на “Ослябя”), начальника отряда крейсеров (капитан 1 ранга Рейценштейн), и начальника минной обороны (контр-адмирал Лощинский).

18 апреля корабли Добротворского прибыли в Камранг-бей. Петербургу удалось согласовать 20 суточную стоянку Русских кораблей в Камранг-бей. Силами машиных команд миноносцев, пароходов и крейсера велись ремонтные работы на миноносцах состояние машин на которых, было крайне плачевное.

19 апреля была предпринята третья по счёту, и самая массовая попытка запереть ворота Порт-Артура, в ней должны были принять участие 10 японских судов, груженных камнем, при поддержке канонерок “Акаги” и “Чокаи”, миноносцев 9-й, 14-й и 16-й отрядов миноносцев. По пути к Порт-Артуру на “Фузан-Мару” вышла из строя машина, после чего он был взят на буксир и уведён на базу. Другие суда блокирования продолжили свой путь к русской крепости. Но внезапный шквал южного ветра, вздыбив штормом море, превратил операцию в безнадёжное предприятие. Корабли и брандеры под мощным напором волн и ветра, стали терять друг друга из виду. Командующий отрядом блокирования Хейаси, оценив обстановку принял решение отказаться от выполнения операции и вернуться на базу, но поскольку некоторые суда уже скрылись в непроглядной темноте штормового моря, сигнал о возвращении смогли получить только 3 брандера: “Сибате-Мару”, “Едо-Мару” и “Аикоку-Мару”. Остальные 7, в сопровождении нескольких миноносцев поодиночке продолжали двигаться к намеченной цели. Около часа ночи с канонерской лодки “Гиляк” заметили японский миноносец. По нему моментально открыли огонь. Береговые батареи поддержали лодку через полторы минуты. Спустя несколько минут с “Гиляка” заметили ещё 5 миноносцев и огонь перенесли на них. После нескольких видимых попаданий на одном из миноносцев произошёл взрыв и он скрылся в облаках дыма и пара. Первым достиг намеченного пункта брандер N4 “Микава-Мару” под командованием лейтенанта Сосоя, около входа в гавань его встретил японский миноносец и сообщил ему, что поскольку он первый, брандер должен войти в проход на предельной скорости. Прибавив скорости, брандер пошел к проходу, но тут же в 1 ч. 45 мин. был замечен и освещён прожекторами с фортов, после чего крепость открыла по нему огонь. В 2 ч. 5 мин. брандер, блокировав собой левую сторону прохода, остановился у Тигрового полуострова, но вскоре был торпедирован катером с броненосца “Пересвет” (мичман Беклемишев), 18 оставшихся в живых спустились в шлюпку и ушли в море. За “Микава-Мару” в проход вошёл брандер N10 “Сакура-Мару” под командой лейтенанта Сираиси и направившись к левой стороне прохода был взорван экипажем рядом с “Микава-Мару”. Минный катер с “Ретвизана” (мичман Алексеев), подойдя вплотную к одному из брандеров, выпустил с дистанции в полукабельтова в него торпеду, которая, почти выйдя из трубы, застряла своей хвостовой частью в аппарате, в результате, чего катер вышел из боя, поскольку маневрировать с торчащей из аппарата торпедой было опасно. Брандер N5 “Тотоми-Мару” под командой лейтенанта Хонда, был сильно повреждён, его машина и руль вышли из строя и поэтому он не смог двигаться дальше. Осознавая свою беспомощность, пароход был взорван недалеко от затопленного русского парохода “Хайлар”, после чего оставшиеся в живых сошли в лодку и удалились к судам поддержки. После “Тотоми-Мару” в проход вошёл брандер N9 “Отари-Мару” под командой лейтенанта Номура. Сломав боновое заграждение, брандер подошёл к затонувшему русскому пароходу “Шилка” и после оставления парохода командой, “Отару-Мару” был взорван. В одно и тоже время с “Отару-Мару” в проход направился брандер N11 “Сагами-Мару” под командой лейтенанта Юаса и дойдя до потопленного русского парохода “Эдуард Барии”, был торпедирован минным катером с броненосца “Победа” (прапорщик Добржанский), который взял часть его команды в плен. Брандер N12 “Аикоку-Мару” под командой лейтенанта Инузуки направился в середину прохода, но был торпедирован одним из русских минных катеров. Брандер N7 “Оми-Мару” под командой лейтенанта Такейнаги, получив большие повреждения, бросил якорь, не дойдя до прохода и был взорван экипажем. Последним брандером, который подошёл к проходу к гавани был N3 “Асагао-Мару”. Но так как он подошел уже с рассветом, и все другие японские корабли были затоплены, то весь огонь крепости сосредоточился на этом пароходе, который, получив страшные повреждения и потеряв всякую возможность двигаться дальше экипаж, бежал на шлюпках. Пароход вскоре затонул. Ни один из затонувших пароходов не закрыл проход в море, из 158 бывших на брандерах, на борт миноносцев было поднято только 63. Командующий Хейаси, находясь на брандере “Сибате-Мару” подойдя к о. Янтао, решил с оставшимися судами продолжить операцию. Приблизившись к полуночи к Порт-Артуру, он обнаружил, что все японские пароходы исчезли в проходе. Подготовившись, он направился к намеченной цели, но когда до прохода оставалось несколько миль, на “Сибате-Мару” вышло из строя рулевое устройство и пока его пытались исправить, наступило утро и продолжение операции стало бессмысленным. Хейаси приказал поворачивать обратно. К 4 часам утра бой затих. А с рассветом стало видно, что часть экипажей брандеров пытается уйти на шлюпках. “Гиляк” моментально открыл огонь из пулемётов по уходящим шлюпкам, а береговые батареи открыли огонь по двум японским миноносцам, которые пытались поднять на борт уцелевших после ночной атаки. Накрытые артиллерийским огнем миноносцы немедленно отошли, не подобрав тех, кто был в шлюпках. Один из миноносцев загорелся и окутался клубами пара и вскоре скрылся в дыму. С мостиков затопленных брандеров, русские моряки сняли 30 японцев. Из японского официоза следует, что в ходе ночного боя тяжело поврежден миноносец N67. В него попало 3 снаряда, в результате чего он потерял ход, но японцам удалось его отбуксировать. На рассвете от артиллерийского огня получили повреждения “Хаябуса” и “Чидори”. Два попадания получил так же миноносец “Аотака”.