Новый президент Чада Идрис Дэби сохранил с Францией партнерские отношения, но в то же время объявил о своей проливийской ориентации. Париж закрыл на это глаза. Более того, чтобы не раздражать Каддафи, французская разведка при помощи ЦРУ тайно вывезла в Нигерию отряды Хафтар — ливийских дезертиров на службе армии Чада. Французская авиация в 1992 году активно помогала правительственным частям в подавлении двух военных мятежей, инспирированных Хиссеном Хабре.

В 1994 году Международный арбитражный суд вынес решение по поводу полосы Аузу в пользу Чада. Ливия признала это решение и вывела свои войска.

Очередное усиление французской группировки в Чаде произошло только через двадцать лет. В 2005 году гражданская война вспыхнула с новой силой. Повстанцев поддержало правительство Судана, Идрис Дэби, в свою очередь, оказывал значительную помощь антиправительственным группировкам суданского Дарфура. Таким образом, гражданская война в Чаде стала одновременно и «опосредованным» чадско-суданским вооруженным конфликтом. 13 апреля 2006 года повстанческие отряды Объединенного фронта за перемены в предрассветные часы атаковали Нджамену. Им удалось захватить здание Национальной ассамблеи, но закрепить успех они не смогли. Армейские части выбили повстанцев из столицы, 370 боевиков были убиты, более 270 взяты в плен. В этот раз вмешательство французской армии не потребовалось. Однако в апреле 2006 года Париж увеличил свою группировку в Чаде до 1,5 тысячи военнослужащих. С декабря 2007 года часть этих войск была включена в европейскую миротворческую миссию в Чаде и ЦАР под мандатом ООН EUFOR Tchad/RCA (мандат миссии истек 31 декабря 2010 года).

Но зимний рейд повстанцев на Нджамену в 2008 году едва не стоил Идрису Дэби президентства. 28 января более 300 пикапов с десантом пересекли чадско-суданскую границу, 1 февраля правительственные войска попытались остановить повстанцев у Массагета (50 км от столицы). В этом сражении повстанцы понесли тяжелые потери, но большая часть их колонн обошла армейские позиции и ворвалась 2 февраля в столицу с севера. Две тысячи боевиков захватили большую часть города и блокировали президентский дворец. Дэби отказался от предложенной французами эвакуации. После трех дней тяжелых уличных боев с применением танков и ударных вертолетов боевиков удалось выбить из Нджамены.

Шедшие им на помощь из Дарфура резервы (до 200 пикапов) были разгромлены. Важную роль в этом сыграла французская воздушная разведка. До и после битвы за Нджамену французские самолеты отслеживали передвижения противника. Авиагруппировка в том момент состояла из шести истребителей Mirage F1, трех тактических транспортников, двух разведчиков Breguet и трех вертолетов Puma. В ходе самого сражения за столицу французы (группировка в 1,2 тысячи человек) оказывали правительственным войскам логистическую поддержку, но в бои не ввязывались, если не считать перестрелки с повстанцами в районе аэропорта. Официально их главная задача заключалась в эвакуации иностранных граждан (1,3 тысячи человек). Однако по данным газеты La Croix, французские офицеры координировали действия чадских войск в сражении под Массагетом, а французский спецназ участвовал в уличных боях в столице. Последнее яростно отрицал министр иностранных дел Франции Бернар Кушнер. Тем не менее, минобороны Франции подтвердило, что 4 марта французский спецназовец был убит в перестрелке с суданскими войсками на границе, а также унтер-офицер 1-го полка морской пехоты погиб в засаде повстанцев. Всего же начиная с 1968 года в ходе различных операций в Чаде погибли 93 французских военнослужащих.

Несомненно, французские военные участвовали в разработке эшелонированной системы обороны на суданском направлении, которая доказала свою эффективность во время попытки прорыва боевиков Союза сил сопротивления к столице в мае 2009 года. В районе города Ам-Дам их колонны попали в засаду батальона президентской гвардии, и все попытки обойти позиции противника провалились — они натыкались на чадские резервы, усиленные бронетехникой.

Чадско-суданская «опосредованная» война, а с ней и внутренний чадский конфликт завершились в 2010 году, когда Хартум и Нджамена начали предпринимать дипломатические усилия по нормализации отношений.

Эпоха президентства Франсуа Миттерана (1981-1995), вопреки предвыборным обещаниям его Социалистической партии отказаться от интервенций как основного инструмента африканской политики Франции, оказалась чрезвычайно богатой на военные операции на этом континенте. Миттеран дважды посылал войска в Чад, дважды в Заир, три раза в Руанду, а также в Габон в 1990 году, французские войска участвовали в гуманитарной интервенции ООН в Сомали (1992-1995). Бывший министр армий Пьер Месмер назвал как-то президента-социалиста «маньяк военной жестикуляции в Африке».

В 1995 году в Елисейский дворец пришел правый голлист, сторонник «жесткого курса» Жак Ширак. Показательно, что своим советником по африканским делам Ширак снова назначил Жака Фоккара — творца постколониальной политики Франции в Африке. Фок- кар умер 19 марта 1997 года, и многие посчитали, что его смерть знаменовала конец эпохи Françafrique. К тому же военно-политический ландшафт в Африке к этому моменту серьезно изменился к этому времени, закончилась «холодная война». Великие державы прекратили противостояние на континенте, предоставив бывших подопечных самим себе, что геометрически увеличило количество и масштаб африканских вооруженных конфликтов. Франция начала тяготиться ролью «африканского пожарного». И катализатором этого процесса стала гражданская война в Руанде (1990-1994), участие в которой французской армии подверглось жесточайшей критике мирового сообщества.

Давнее противостояние руандийских народностей тутси (меньшинство) и хуту (большинство) вылилось в гражданскую войну. 1 октября 1990 года отряды Руандийского патриотического фронта (РПФ), в котором тутси составляли большинство, вторглись в страну при поддержке армии соседней Уганды. В трехдневном сражении они были остановлены численно превосходящими частями регулярной армии Руанды (хуту), которых поддержали французские боевые вертолеты. Кроме того, на их стороне сражались несколько сотен бойцов элитной Специальной президентской дивизии заирского диктатора Мобуту.

Франция, чтобы поддержать своего союзника руандийского президента Жювеналя Абьариману, начала операцию Noroît, перебросив из ЦАР две роты 8-го полка морской пехоты (125 военнослужащих), позже к ним присоединились подразделения 2-го парашютного полка Иностранного легиона, 3-го парашютного полка морской пехоты и 13-го парашютного драгунского полка. Они заняли позиции в столице страны Кигали и международном аэропорту. Кроме того, армия Руанды получила артиллерийские орудия, минометы и другое вооружение. Бывшая метрополия Бельгия также начала было оказывать военную помощь, но быстро свернула ее на фоне разгорающейся гражданской войны.

7 октября правительственные войска начали полномасштабную контратаку. Повстанцы организованно отступили под руководством будущего президента Руанды майора Поля Кагаме в леса Национального парка Акаге- ра. В последовавшей за этим партизанской войне регулярная армия не смогла добиться решающего успеха. Было заключено несколько соглашений о перемирии, но все они нарушались. Хрупкое равновесие установилось к февралю 1994 года. Годом раньше Франция свернула операцию Noroît, уступив место ооновской миссии UNAMIR (United Nations Assistance Mission for Rwanda).

Но 6 апреля 1994 года самолет президента Абьариманы, который возвращался с переговоров в Дар-эс-Саламе, был сбит. Это стало сигналом для массовых убийств тутси отрядами ополчения хуту Interahamwe и армейскими подразделениями. Жертвами геноцида стали и некоторые хуту. Всего погибло, по разным данным, до миллиона человек. Бельгия вывела свои войска, входившие в UNAMIR, остальные миротворцы занимались только охраной и эвакуацией европейцев и не пытались предотвратить массовые убийства, которые происходили прямо на их глазах. С 8 по 14 апреля французы провели операцию Amaryllis по вывозу 1,5 тысяч европейцев.