Восставшие неделю грабили и разрушали столицу, сохранились только дипломатические резиденции на северном берегу реки Убанги. Французские войска заняли позиции в опустевшем центре города и вели огонь на поражение. Сообщалось, что 12 солдат ЦАР были убиты в ходе попыток прорваться к французским позициям, хотя скорее всего эти цифры занижены. В ходе перестрелок было ранено 2 французских солдата. Интересна реакция Елисейского дворца на эти события. Министр сотрудничества Франции Жак Годфрен с сожалением отметил, что интервенция для защиты и эвакуации французских граждан (было эвакуировано 7 тысяч европейцев) переросла в операцию по поддержке правительства Патассе.

Франция до этого никогда не сталкивалась с таким бесконечным насилием в своих бывших колониях, и в такой ситуации казалось, что серьезное вмешательство может только повредить французским интересам, поскольку вызовет и в ЦАР, и в Африке в целом сильнейшую волну антифранцузских настроений. Выход был найден — переговоры с повстанцами. Но встреча лидера мятежников сержанта Сирияка Суке и французского генерала Бернара Торетте закончилась ничем, поскольку повстанцы требовали отставки Патассе.

Французские войска преступили к активным действиям и окружили мятежников в лагере Кассай (военные казармы в предместье столицы). По самым скромным подсчетам в боях было убито 43 мятежника и 300 ранено. 26 мая, при содействии французов, было подписано соглашение о создании правительства национального единства, которое возглавил интеллектуал Жан Поль Нгупанде. Оно просуществовало восемь месяцев.

15 ноября 1996 года военные снова восстали. События достигли кульминации 5 декабря 1996 года, когда президентские гвардейцы похитили и убили после пыток министра внутренних дел Кристофа Греломбе и его сына. Их обезглавленные тела были выброшены на дорогу перед президентским дворцом. Двумя днями раньше повстанцы перебили французский патруль — солдат и унтер-офицер были застрелены в спину. Ответ Франции был немедленным и очень жестким. В ночь на 8 декабря был уничтожен штаб повстанцев, более десяти видных командиров были убиты, еще 30 попали в плен. Их французы передали властям, нетрудно догадаться, что судьба их была незавидной. Но во Франции столь решительные действия армии вновь попали под огонь критики, отечественная пресса обвиняла ее в том, что она сражается не на той стороне. Президент Ширак пытался оправдаться, заявляя, что такое решение было вызвано необходимостью отомстить за убийство французских солдат.

В данной ситуации Елисейский дворец оказался перед трудным выбором — полностью самоустраниться или продолжать оставаться «жандармом Африки». В обоих случаях он становился объектом жесточайшей критики. Но спасительное решение было найдено — миротворческая миссия африканских стран MISAB (Mission Interafricaine de Surveilliance des Accords de Bangui). 800 солдат из Буркина-Фасо, Чада, Габона, Мали и Того размещались между мятежниками и правительственными войсками. Финансовое обеспечение миссии (600 тысяч долларов в месяц) взяла на себя Франция. 25 января 1997 года было подписано в Банги соответствующее соглашение при посредничестве группы глав государств Западной Африки. При этом французская группировка (1,3 тысячи бойцов) осталась в стране. Формирование президентских частей взял на себя капитан Поль Барриль — заместитель командира элитного антитеррористического подразделения Елисейского дворца. В апреле 1998 года MISAB сменила MINURCA (Mission de Nations Unies en RCA) — контингенты 14 африканских стран и Франции (почти 1,6 тысячи военных и полицейских). Но 28 февраля 1999 года последний французский солдат покинул ЦАР.

На выборах в сентябре 1999 года победил Анж-Феликс Патассе. В ночь с 27 на 28 мая 2000 года его дворец атаковали хорошо вооруженные коммандос генерала Колингбы, но после отчаянной перестрелки они отступили. В ноябре 2001 года сторонники начальника Генштаба вооруженных сил ЦАР генерала Франсуа Бозизе и правительственные части при поддержке ливийцев и заирцев развернули пятидневное сражение на улицах Банги. Обращение Патассе за помощью к ливийскому лидеру Муаммару Каддафи определило его судьбу. Франция поддержала Бозизе, который с помощью президентов Габона, ДРК, Чада и Конго сформировал свою президентскую гвардию «Группировка 4». В марте 2003 года колонны повстанцев, в которых основную ударную силу составляли чадцы, двинулись на Банги. Миротворцы не препятствовали их движению. 15 марта повстанцев вошли в столицу. Патассе был в этот момент в Нигере на саммите стран Центральной Африки. Франция осталась безучастной к его просьбам о военной интервенции. В ЦАР были посланы лишь 300 солдат в рамках операции Boali для защиты французских граждан. В ходе развернувшейся затем гражданской войны (2004-2007) между сторонниками Бозизе и Патассе французские войска сохраняли нейтралитет, ограничиваясь подготовкой частей регулярной армии ЦАР и поставками вооружений и автотехники.

Франция вмешалась в конфликт вновь, когда 30 октября 2006 года боевики движения UFDR (Union des Forces Democratiques pour le Rassemblement) атаковали стратегически важный город Бирао (префектура Вакага) на севере страны, где захватили много оружия и боеприпасов. Вскоре повстанцы заняли три северные префектуры. Ситуация становилась критической. 27 ноября вооруженные силы ЦАР при тактической и логистической поддержке Франции начали контрнаступление. В операции было задействовано 300 французских солдат и офицеров.

В Бирао было развернуто французское подразделение оперативной поддержки (ПОП) — 18 человек, включая доктора и двух медсестер. 3 марта повстанцы начали новое наступление на Бирао. Свидетели боев отмечали их скоординированные действия, высокую мотивацию, неплохую подготовку, их хорошее вооружение и экипировку, включавшую спутниковые телефоны.

Два французских Mirage F-1CR, вызванные для поддержки из Нджамены, нанесли удар по повстанческим колоннам, уничтожив 30-мм пушку, четыре «технички» и грузовик. Но город оставался в осаде, а с ним и французские врачи из ПОП.

Для спасения своих граждан Франция провела самую масштабную десантную операцию со времен Кольвези. В ночь с 4 на 5 марта десять бойцов 3-го парашютного полка спрыгнули затяжным прыжком с транспортника С160 в Бирао и установили контакт с ПОП, второй самолет ночью 6 марта высадил еще 58 парашютистов. После того как была занята ВПП в 10 км от города, там приземлился С160 с ротой 3-го полка (130 человек). Бирао был отбит, прилегающие территории зачищены. С французской стороны потерь не было, армия ЦАР потеряла 6 убитыми и 18 раненными. Потери повстанцев — по крайней мере, 30 убитых.

И хотя военный успех был очевиден — продемонстрирована высочайшая оперативность в принятии решения и его исполнении, все граждане Франции спасены, потерь нет, противник разгромлен, тем не менее на дипломатическом фронте фиаско было полным. Побывавший на месте событий глава миссии ООН в Банги Тоби Ланзер пришел в ужас. Он сравнил дымящиеся руины Бирао с разрушенным в ходе новогоднего штурма Грозным. Правозащитные организации обвинили французских солдат в попустительстве действиям спецслужб ЦАР, которые массово пытали и убивали пленных и мирных жителей, а также солдат регулярной армии, которые устроили вакханалию грабежей и убийств. Повстанцы заявили в прессе, что французская авиация бомбила мирные деревни на севере страны. Знамя французского интервенционизма было в очередной раз запятнано. Елисейский дворец на все обвинения мог лишь ответить, что все было сделано в рамках договора об обороне с ЦАР.

13 апреля 2007 года UFDR и правительство подписали мирное соглашение, согласно которому всем повстанцам была объявлена амнистия, а часть боевиков была интегрирована в вооруженные силы страны.

Очередной виток гражданской войны в ЦАР начался в декабре 2012 года. Боевики мусульманской группировки Seleka, которые обвиняли президента Франсуа Бозизе в невыполнении своих обязательств по мирному соглашению 2007 года, в течение двух недель взяли пять важнейших городов страны, в том числе центр алмазодобычи Бриа, и вышли на подступы к столице Банги. Армия страны не смогла оказать серьезного сопротивления. Конфликт удалось погасить после вмешательства Африканского союза, который обещал послать в Центрально-Африканскую республику воинский контингент. Повстанцы вошли в новое правительство национального единства, но часть отрядов мятежной группировки не сложила оружие.