Из представленных российскому императору Александру I оборонительных планов был выбран план генерала К. Пфуля. По плану Пфуля предполагалось вести боевые действия тремя армиями, одна из армий должна была удерживать противника с фронта, а другие — действовать с фланга и тыла. Если французы поведут наступление против 1-й армии, она должна отойти и обороняться из Дрисского укрепленного лагеря, а в это время 2-я армия — нанести удары по флангу и тылу наступающих французов. Активные оборонительные действия обеих армий на линиях коммуникаций французов должны были принудить противника к отступлению, поскольку, по мнению автора плана, он не мог долгое время оставаться на опустошенной территории. 3-я армия по этому плану прикрывала фланги 2-й армии и киевское направление. В дальнейшем план Пфуля был отвергнут как невозможный в условиях современной маневренной войны.

Выдвигались и другие предложения относительно стратегии ведения войны. В частности, командующий 2-й Западной армии генерал Багратион предлагал наступательный план против Наполеона, который предусматривал выдвижение весной 1812 г. русских войск на линию Вислы с захватом Варшавы. Царь этот план не одобрил, поскольку к тому моменту Наполеон уже сосредоточил 220 тыс. солдат в укреплениях вдоль русской границы.

Александр запретил вести мирные переговоры до того времени, пока хотя бы один вражеский солдат оставался на русской земле.

Хотя по прибытии к действующей армии император не объявил М. Б. Барклая-де-Толли главнокомандующим, тем самым приняв командование на себя, однако в ночь на 7 (19) июля покинул армию и отбыл в Москву. Когда русская армия организованно отступала от Вильно в северо-восточном направлении, Александр, находившийся в отступающих войсках, был готов к такому развитию событий. Он хорошо усвоил уроки двух серьезных военных поражений — Аустерлица и Фридланда, многому научился с тех пор, став по-настоящему крупным политиком.

Оставив армию, император не позаботился назначить общего главнокомандующего. Отношения между Багратионом и Барклаем-де-Толли после отступления из Смоленска с каждым днем становились все напряженнее. Отсутствие единоначалия могло привести к катастрофическим последствиям. Для решения вопроса о реорганизации управления русской армией был учрежден Чрезвычайный комитет, и 17 августа на его заседании единогласно главнокомандующим был утвержден генерал от инфантерии граф М. И. Кутузов. 17 августа Кутузов в Царево-Займище принял армию. В этот день французы вошли в Вязьму. Кутузов сформировал свой штаб, используя штабы Западных армий. Генерал от кавалерии Беннигсен был определен на должность начальника главного штаба Кутузова, генерал-квартирмейстером всех армий стал М. С. Вистицкий 2-й, его помощником — К. Ф. Толь, дежурным генералом — полковник П. С. Кайсаров.

Большое превосходство противника в силах и отсутствие резервов вынудили Кутузова отступать вглубь страны, следуя стратегии своего предшественника Барклая-де-Толли. Дальнейший отход подразумевал сдачу Москвы без боя, что было недопустимо как с политической, так и с моральной точки зрения. Получив незначительные подкрепления, Кутузов решился дать Наполеону генеральное сражение, первое и единственное в Отечественной войне 1812 г.

Бородинское сражение, одна из крупнейших битв эпохи наполеоновских войн, произошло 26 августа. За день боя русская армия нанесла тяжелые потери французским войскам, но и сама, по предварительным подсчетам, к ночи того же дня потеряла почти половину личного состава регулярных войск. Русская армия показала себя при Бородине героически, за что Кутузов 30 августа 1812 г. произведен в генерал-фельдмаршалы. После кровопролитнейшей 12-часовой битвы, французы ценой 30–34 тыс. убитыми и ранеными потеснили левый фланг и центр русских позиций, но развить наступление не смогли. Русская армия также понесла тяжелые потери (40–45 тыс. убитыми и ранеными). Пленных почти не было ни с той, ни с другой стороны. 27 августа Кутузов приказал отступить на Можайск с твердым намерением сохранить армию.

1 сентября русская армия расположилась лагерем перед Москвой: правый фланг армии был у деревни Фили, центр между селениями Троицким и Волынским, левый фланг перед селом Воробьевым. Арьергард армии располагался на реке Сетунь. Осмотрев эту позицию с Поклонной горы, главнокомандующий и другие военачальники признали ее неприемлемой для сражения. В 5 часов того же дня в доме филевского крестьянина А. Фролова собрался военный совет, в ходе которого Кутузов прервал заседание и приказал отступать через Москву по Рязанской дороге.

После выхода из Москвы Кутузов скрытно совершил прославленный фланговый Тарутинский маневр, выведя армию к началу октября к селу Тарутино. Оказавшись южнее и западнее Наполеона, Кутузов перекрыл ему пути движения в южные районы страны.

Наполеон в горящей Москве. А. Адам

Потерпев неудачу в своих попытках заключить мир с Россией, Наполеон 7 октября начал отход из Москвы. Он пытался провести армию в Смоленск южным путем через Калугу, где имелись запасы продовольствия и фуража, но 12 октября в сражении за Малоярославец был остановлен Кутузовым и отступил по разоренной Смоленской дороге. Русские войска перешли в контрнаступление, которое Кутузов организовал так, чтобы армия Наполеона находилась под фланговыми ударами регулярных и партизанских отрядов, причем Кутузов избегал фронтального сражения большими массами войск.

Продвижение французской армии вглубь России, рост насилия над населением, пожары в Смоленске и Москве, падение дисциплины в армии Наполеона и превращение значительной ее части в банду мародеров и грабителей привело к нарастающему сопротивлению со стороны населения России, партизанской войне и организации ополчения.

Благодаря стратегии Кутузова огромная наполеоновская армия была практически полностью уничтожена. Особо следует отметить, что победа была достигнута ценой умеренных потерь в русской армии. За разгром Наполеона в России Кутузов был удостоен ордена Св. Георгия 1-й степени, став первым в истории ордена полным Георгиевским кавалером.

25 ноября рядом искусных маневров Наполеону удалось отвлечь внимание русских военачальников; французы навели 2 моста севернее Борисова, по которым 26–27 ноября 1812 г. Наполеон переправился на правый (западный) берег р. Березины, отбросив слабое сторожевое охранение русских. Не дождавшись переправы всей огромной толпы отставших французов, состоявшей из раненых, обмороженных, потерявших оружие, утром 29 ноября Наполеон приказал сжечь мосты.

В итоге сражения на Березине явилось то, что он избежал полного разгрома в условиях значительного превосходства русских сил. Потеряв на переправе 21 тыс. чел., Наполеон с 9 тыс. оставшихся под ружьем солдат двинулся к Вильно, присоединяя по пути французские дивизии, действовавшие на других направлениях. Армию сопровождала большая толпа небоеспособных людей — главным образом, потерявших оружие солдат из союзных государств. 6 декабря Наполеон оставил армию на Нея и Мюрата и отправился в Париж набирать новых солдат взамен погибших в России.

Русские войска продолжали преследование. Авангард войск Кутузова под командой атамана Платова подошел к Вильно на следующий день после вступления туда французов. Не в силах отстоять город и потеряв в Вильне около 20 тыс. чел., Ней и Мюрат продолжили отступление к реке Неман, разделявшей Россию с Пруссией и герцогством Варшавским.