Николай Никанорович Глубоковский родился 6 (19 по новому стилю) декабря 1863 года в селе Кичменгский городок Никольского уезда Вологодской губернии в семье бедного сельского священника Никанора Петровича Глубоковского. Фамилия Глубоковский происходила от названия озера Глубокое, на берегу которого стояла Глубоковская Спасо-Преображенская церковь — в ней более 70 лет дед и прадед Николая Никаноровича служили дьячками.

В большой семье, насчитывавшей пять братьев и две сестры, Николай был седьмым, самым младшим ребенком. В 1866 году, когда ему было два года, отец умер и семья оказалась в трудном положении: старший брат Петр учился на 5 курсе семинарии, сестры были не пристроены. К счастью, вскоре старшая сестра Анна вышла замуж; новый зять, священник Василий Михалович Попов, проявил сострадание и вся семья переехала к нему.

Мать Николая Никаноровича понимала, что учеба является единственным средством для сына найти дорогу в жизни и старалась способствовать этому. Первоначальное образование он получил под руководством сестры и зятя, посещал занятия в местной церковно-приходской школе. Подготовка оказалась достаточно слабой, поэтому в 1873 году, по поступлению в Никольское духовное училище, его определили в подготовительный класс. В училище он занимался усердно и окончил его в 1878 году первым учеником, а в 1884 году — с отличием Вологодскую духовную семинарию, после чего был направлен за казенный счет в Московскую духовную академию. В академии он проучился пять лет, поскольку на четвертом курсе из-за досадного недоразумения с руководством он был уволен, но на следующий год восстановился. В июне 1889 года Н. Н. Глубоковский окончил МДА первым в своем выпуске, имея отличные оценки по всем предметам, со званием кандидата богословия, и оставлен стипендиатом для подготовки к профессуре на кафедре общецерковной истории.

С 16 августа 1889 года по 15 августа 1890 года под руководством известного церковного историка профессора Алексея Петровича Лебедева (1845−1908) молодой ученый работал над магистерской диссертацией о блаженном Феодорите, епископе Киррском. Она принесла автору известность: сочинение вызвало широкий отклик и высокую оценку российских и зарубежных патрологов и историков Церкви.

Осенью 1890 года в судьбе Н. Н. Глубоковского произошел неприятный поворот: из-за случившегося при его обучении на четвертом курсе МДА инцидента, он не был удостоен профессуры и был направлен, в соответствии с общепринятой практикой того времени, преподавателем провинциальной духовной семинарии — Воронежской. Это было нелегким испытанием для молодого ученого. Пережив на собственном опыте трагедию временного расставания с академической средой, Николай Никанорович впоследствии много сил потратил на то, чтобы исключить ситуацию, когда молодые ученые, окончившие академию и полностью построившие свою жизнь в видах дальнейших научных исследований, вдруг оказывались выброшенными за борт духовных академий всего лишь по причине отсутствия свободных преподавательских мест. В позднейшей записке «К вопросу о нуждах духовно-академического образования» он предлагал вводить в расписание академий специальные дополнительные часы, дабы удержать подготовленные перспективные молодые кадры в рамках академических структур путем удобной для них возможности приобретать преподавательский опыт, читая спецкурсы.

Целый год (с 18 октября 1890 по 21 октября 1891) провел Николай Никанорович в Воронежской духовной семинарии в качестве преподавателя Священного Писания. Здесь на него обратил внимание правящий Воронежский епископ Анастасий (Добрадин, †1913), посещавший его занятия в семинарии, и летом 1891 года порекомендовал молодого ученого ректору Санкт-Петербургской духовной академии епископу Выбогскому Антонию (Вадковскому).

В результате осенью того же года Николай Никанорович был приглашен на кафедру Священного Писания Нового Завета в СПбДА, на которой трудился сначала в должности доцента, далее с 1894 по 1898 год — экстраординарного профессора, а затем — в качестве ординарного профессора вплоть до 1919 г., когда ему пришлось перейти в Петроградский богословский институт в связи с закрытием академии.

Момент занятия им кафедры Нового Завета в СПбДА в 1891 году был не лишен драматизма: в качестве претендента на эту кафедру влиятельный профессор Василий Васильевич Болотов рекомендовал Александра Петровича Рождественского (1854−1930), который и был избран большинством голосов Ученого совета (9 против 4). Но на том же заседании ректор епископ Антоний (Вадковский) предложил кандидатуру Н. Н. Глубоковского, и через 10 дней митрополит Новгородский, Санкт Петербургский и Финляндский Исидор (Никольский, 1799−1892) утвердил его своей резолюцией.

Возможные шероховатости первоначального вхождения Н. Н. Глубоковского в профессорско-преподавательскую корпорацию СПбДА были изглажены блестящей деятельностью ученого на ниве библеистики. Это подтверждает и то, насколько высоко ценил Николай Никанорович свое положение профессора в СПбДА, не допуская никаких служебных совмещений и отказываясь от многократных приглашений в его адрес на профессорские кафедры в Санкт-Петербургском и Московском университетах.

К петербургскому периоду деятельности относится не только интенсивная научная деятельность, но и последовавшее признание Николая Никаноровича как ученого. В 1897 году Московской духовной академией Николаю Никаноровичу была присуждена степень доктора богословия за его сочинение «Благовестие св. Апостола Павла по его происхождению и существу», которое было удостоены Св. Синодом полной Макарьевской премии. В 1909 году он был избран членом-корреспондентом Императорской Академии наук по отделению русского языка и словесности. Он становится также почетным членом Киевской, Казанской и Московской духовных академий, Московского и Петроградского археологических институтов, действительным членом Императорского православного палестинского общества и ряда других научных обществ и братств. В 1904 году ему (после скончавшегося профессора СПбДА А. П. Лопухина) было доверено руководство Православной богословской энциклопедией.

Николай Никанорович постоянно привлекался высшей церковной властью к работе в различных комиссиях, создаваемых при Св. Синоде. Он готовил материалы, посвященные вопросам поводов к разводу (1895), права евреев именоваться христианскими именами (1911), исправления славянского перевода богослужебных книг, устройства русского богословского института в Париже и другие. Он принял активное участие в Предсоборном присутствии 1906 года, где обсуждались разнообразные вопросы преобразования церковной жизни.

Непросто складывалась семейная жизнь Николая Никаноровича. С 1890 года «спутницей его земного странствования», как выражался он сам, была Анастасия Васильевна, урожденная Николо-Толмачевская, но их церковный брак был оформлен лишь 27 ноября 1920 года, поскольку с 1877 по 1890 год она была замужем за учителем Николая Никаноровича — профессором МДА Алексеем Петровичем Лебедевым (†1908)…

После закрытия в 1918 году большевиками всех богословских школ, в том числе — Санкт-Петербургской духовной академии, Николай Никанорович был одним из тех, кто пытался спасти академию путем ее объединения с университетом. Несмотря на положительное решение Совета университета этому не суждено было сбыться из-за противодействия большевистского режима. И вот тогда «жить стало физически невозможно, — вспоминал Н. Н. Глубоковский, — просто нечего было есть и негде взять». В сентябре−декабре 1918 года он был приглашен читать лекции, посвященные проблемам объединения церквей, в Упсале (Швеция). После возвращения из Швеции Николай Никанорович преподавал на восточном факультете Петроградского университета и в Петроградском богословском институте, а также состоял архивариусом Четвертой секции Второго отделения Единого государственного архивного фонда (бывший Архив и библиотека Св. Синода). В это время был убит его родной брат, а племянник пропал без вести. Бедствия Николая Никаноровича увеличивались: «от ежедневного физического изнеможения меня самого стали оставлять последние силы, а у жены их уже совсем не было и она выглядела погибающей былинкой. Кругом буйствовал террор и каждый звук автомобиля мог предвещать конец».