2 декабря 1831 г., при производстве работ в Благовещенском соборном храме, был найден поврежденный сверху склеп, в котором в истлевшем гробу (с 1703 г.) покоилось нетленное тело святителя Митрофана.

О всех этих событиях преосв. Антоний донес Св. Синоду, который просил Высочайшего разрешения проверить их.

Наряженная из духовных лиц комиссия донесла, что святитель был погребен во влажном черноземе и, несмотря на чрезвычайную сырость места, нижняя доска гроба осталась целою, при разрушении остальных сторон; схимонашеское облачение и тело святителя в полном нетлении; исцеления засвидетельствовали до ста лиц. Св. Синод поднес доклад, утвержденный Государем:

1) Тело Воронежского епископа Митрофана, в схимонасех Макария, признавать за мощи несомненно святые.

2) Изнеся оные с подобающею честию из подземного склепа в кафедральный Благовещенский собор, положить в приличном и открытом месте для общего поклонения.

3) Память святителя сего праздновать в день преставления его 23 ноября.

4) Объявить о сем во всенародное известие указами Св. Синода.

6 августа 1832 года произошло торжество обретения святых мощей. После обедни, на соборной и всех городских колокольнях начался звон, и из приходских храмов в собор потянулись крестные ходы. К этому времени небо, с утра туманное, прояснилось и солнце заиграло на хоругвях, иконах и крестах. К двум часам архиереи с крестным ходом вошли в Благовещенский собор. При пении псалма 33 первенствующий архиерей кадил святые иконы и могилу святителя, кропил святою водой новую кипарисную раку, покров для мощей и полотно, приготовленное для поднятия их. По возгласе протодиакона: "Со умилением, колена преклонше, святителю помолимся", — клир воспел в первый раз: "Святителю отче Митрофане, моли Бога о нас", — и первенствующей архиерей произнес молитву. Тогда два протоиерея сошли в могилу, подложили под нижнюю уцелевшую доску гроба полотенца и подали концы их стоящим на верху, и мощи стали подыматься из земли. В соборе воцарилось торжественное безмолвие, прерываемое только тихим напевом "Господи помилуй", но и пение прекратилось от общего волнения, и среди этой благодатной тишины, проникнутой священным трепетом и духовным восторгом, как восходящее солнце, показались из могилы мощи угодника…

По положении святых мощей в новую раку, началось молебствие святителю Митрофану, и, по совершении его, в предшествии крестного хода, святые мощи были вынесены из собора с пением "Правило веры и образ кротости". При появлении великого угодника пред народом, общая радость была неизъяснима. Рака была поставлена в соборе Архангельском, где совершено торжественное всенощное бдение; народ после чтения Евангелия прикладывался во всю ночь, при чем было читаемо духовное завещание святителя Митрофана.

7-го за литургией, на малом входе, святые мощи внесены были в алтарь, поставлены на горнем месте, лицом к престолу, а архиереи стояли по бокам как сослужащие; после же литургии поставлены на приготовленное место, к южным боковым дверям алтаря.

С 7 до 14 августа были совершены преосв. Антонием молебствия при мощах. Государь Николай Павлович прислал на раку золотой покров, а чрез 40 дней по обретении прибыл и сам на поклонение.

В 1833 г был великолепно возобновлен Благовещенский собор, в него перенесены святые мощи, и в том же году, по мысли преосв. Антония, Воронежское купечество устроило драгоценную серебро-позолоченную раку в семь пудов, стоимостью по тогдашним ценам в 45 тысяч рублей.

В 1836 г., по ходатайству преосв. Антония, при Благовещенском соборе учрежден мужской первоклассный Благовещенский Митрофанов монастырь, настоятелями коего состоят епископы Воронежские.

В делах управления преосв. Антоний отличался особою совестливостью и тонкою мудростью.

Он подробно знал правила церковные и гражданские законы, но в важных делах любил спрашивать мнение и независимое суждение членов консистории. Излишней переписки, огласки неисправностей и проступков духовенства он тщательно избегал, и сам, вникнув в дело, без формального следствия, налагал исправительное взыскание. Если случалось, что во время епитимии семья виновного терпела нужду, преосвященный помогал ей; вообще любил смягчать или отменять взыскание. "Не долго, — говорил он, — сделать несчастным человека. Нам, начальствующим, должно спасать, а не губить". Он требовал от духовенства и внешнего благообразия, учил быть сострадательным к бедным, не позволял новопоставленным священникам первенствовать над старейшими отцами той же церкви священниками.

От духовного юношества преосв. Антоний требовал знания Писания, и на экзаменах испытывал, насколько знакомы они с творениями св. отец, показывая важность науки патристики прежде, чем она была введена. Воспитанники, жившие на частных квартирах, должны были ходить в свои приходские церкви и участвовать в пении и чтении, за чем и обязаны были следить настоятели церквей. Таким образом наглядно изучалось богослужение.

Лучших учеников преосв. Антоний дарил в Рождество и Пасху деньгами.

Когда преосвященный Антоний приходил в семинарию, младшие воспитанники окружали его как пчелы, ловя его руки. Он гладил детей по голове, со словами: "кучитесь, дитки", и давал мальчуганам пятачки, приговаривая: "на калачик, на пирожок!"

Особенно усердно посещал пр. Антоний семинарии на первой, голодной неделе поста. По Воронежскому обычаю, в прощеное воскресенье к нему приходили прощаться горожане и приносили большие белые хлебы, которые, из усердия к любимому архипастырю, достигали громадных размеров (до 3/4 аршина в диаметре). Эти хлебы владыка раздавал в семинарии. Любил также преосв. Антоний посещать семинаристов на прогулке их и, выходя из кареты, осыпал детей пряниками, орехами, среди которых попадались серебряные пятачки и гривеннички.

В 1840 г. преосв. Антоний сильно ослабел и просил увольнения на покой, с жительством в Киево-Печерской Лавре. Но Государь, хорошо знавший и почитавший архипастыря, изъявил желание, чтоб он не спешил оставлять столько уже обязанную ему паству, и он решился остаться в Воронеже до смерти, продолжая согревать своею любовью все, что прикасалось к нему.

Отношение преосв. Антония ко вверенным ему людям лучше всего объяснят следующие его слова к одному благочинному: "Псалмопевец говорит: тебе оставлен нищий; сиру ты буди помощник. — Кто это ты? — Я, архиерей, и ты, благочинный. Когда увидишь бедного или беспомощного сироту, донеси мне о них. Некоторые бедные не смеют спросить, другие не могут этого исполнить. Обязанность твоя указать мне на них. Без тебя я не могу подать помощь убогим, а без меня ты не можешь утереть их слез". Не только по письменному, но и по словесному заявлению благочинных, преосвященный выдавал помощь.

Он был одним из самых деятельных членов Воронежского попечительного о бедных комитета, склонял к пожертвованиям и нередко вносил от неизвестных благотворителей по триста и пятисот руб.

В 1835 г. в архиерейском доме открыт Воронежский тюремный комитет. Кроме взноса деньгами, преосвященный в большие праздники посылал в тюремный замок белого хлеба, рыбы и другой провизии. В 1840 г. поднялись цены на хлеб; для покрытия недостатка архипастырь внес от лица святителя Митрофана полторы тысячи. Он также уговорил начальника губернии, чтоб у арестантов было освещение не конопляным маслом, от которого копоть и мало света, а сальными свечами, так как владыка снабжал арестантов книгами для чтения.

И в казармы для солдат, и в тюрьмы преосвященный Антоний пожертвовал святые иконы и ежегодно давал деньги на масло для того, чтоб в праздники светили лампады. В тюрьму были им даны евангелие, псалтыри, молитвенники, полная годовая Четьи-Минея святителя Димитрия Ростовского и творения святителя Тихона. По его распоряжению, утром и вечером один из заключенных читал положенные Церковью молитвы, а прочие молились; также читались акафисты Спасителю и Божией Матери. Днем один из грамотных читал вслух Евангелие, Апостол и Жития святых.