Назначенный викарием Петербургской епархии, он недолго прослужил в этой должности и назначен архиепископом Тверским.
В Твери в течение ста дней он обозрел епархию, в каждом храме ее без приготовления произнося поучение. Только что начал он действовать в Твери, как перемещен был в Ярославль, а оттуда менее чем по истечении года — в Москву (24 марта 1821 г.).
В 1823 году явился знаменитый труд Филарета "Христианский катехизис православной кафолической восточной грекороссийской Церкви", по которому поныне обучается вере вся русская молодежь.
Пользуясь особым доверием императора Александра I, Филарет писал по его поручению манифест императора, в котором тот передавал права престолонаследия, помимо второго, отрекшегося от престола, брата Константина — Николаю Павловичу.
Сперва, по неведению этого манифеста, когда дошла весть о кончине в отдаленном Таганроге Александра I, народ приведен был к присяге великому князю Константину Павловичу, затем, когда выяснилось отречение его — надо было вновь приводить к присяге уже Николаю Павловичу. В Петербурге эти обстоятельства послужили одним из поводов к так называемому Декабрьскому бунту. В Москве, благодаря твердости Филарета, все обошлось спокойно. Он, при получении манифеста императора Николая, вынес из алтаря государственные акты, прочел манифест Александра I, отречение Константина и произнес: "По уничтожении силы и действия данной присяги непреложным от нее отречением того, кому она дана", — тут он осенил народ на три стороны крестом и выговорил слова новой присяги: "Я, нижепоименованный, обещаюсь и клянусь".
На коронации государя Филарет был возведен в сан митрополита.
Почти все время состояния московским митрополитом Филарет прожил безвыездно в Московской епархии. Вследствие некоторых недоразумений он с неприятностями покинул Петербург в мае 1824 г., и уже навсегда.
Как впоследствии ни просили Филарета возвратиться туда, его решение не въезжать более в этот город осталось непреклонным.
С окончательным переселением в Москву его ученолитературная деятельность почти прекращается, заменяясь проповедничеством. Кроме того, всею душою он отдался устройству епархии, бывшей до него в довольно запущенном состоянии.
Близким наблюдением за духовно-учебными заведениями, в его время в его епархии достигшими полного расцвета, он как бы создал целое поколение прекрасного, развитого, истинно православного духовенства.
Чрезвычайно строгий и настойчивый в своих требованиях, он, вместе с тем, был чрезвычайно внимателен к духовенству, входя во все подробности всех его нужд, глубоко вдумываясь в обстоятельства тех отдельных случаев, которые вызывали его вмешательство.
Он оказывал особое почтение заслуженным священникам, и бывали примеры, что он, всегда слабый, был доступен и в ночные часы, и, после двухдневной поездки по осенним дорогам внутри епархии, с освящением двух храмов, поспевал ночным переездом в Москву на отпевание приходского священника.
Величайшее уважение всей России окружало Филарета. Иностранцы, приезжавшие в Москву, старались увидать его, как удивительное явление. Высоко ценился голос Филарета в вопросах государственных, и почитавший его государь Александр Николаевич часто совещался с ним о важнейших вопросах управления. Так, Филаретом составлен манифест на освобождение крестьян.
То обаятельное впечатление, какое оказывал митрополит Филарет на современников, нашло себе прекрасное выражение в известном стихотворении Пушкина "Стансы".
Эти вдохновенные строфы вот по какому поводу вылились у Пушкина.
Когда Пушкин написал полное глубокого отчаяния стихотворение:
Митрополит Филарет ответил ему следующими строками:
Прочтя этот ответ, Пушкин и написал свое знаменитое "В часы забав"…
Какая-то невыразимая духовная сила, стройность была в митр. Филарете. Он ни на минуту, ни разу в жизни не спускался с высоты своего положения. Всюду и всегда был он все тем же: величавый православный архиерей… Казалось, все, что есть мелкого, не ценного в человеке, в нем было упразднено, и совершенно верно выразилось о нем одно хорошо знавшее его лицо: "Он был как бы прирожденный архиерей".
Внешность Филарета была замечательна.
Очень маленького роста, весь иссохший, он казался на вид слабеньким ребенком; но в этой маленькой фигуре было какое-то величие, поражавшее и державшее всех в некотором страхе. На лице, изможденном подвижничеством, с глубокой печатью постоянной упорной работы мысли, блистали чрезвычайною силою проницательные живые глаза, взгляд которых трудно было вынести.
Когда он служил, было что-то необыкновенное в тихой сосредоточенности его поступи, в звуках его негромких возгласов.
Он был истинный монах, строгий аскет в жизни и своих вкусах.
Сколько он спал, как рано вставал, — о том никто не знал. Уходя спать и вставая, — келейник всегда заставал его за работой. Прием посетителей, епархиальные дела, обширная переписка, частые служения, подготовление проповедей, отдых, состоявший в чтении газет и журналов, за которыми митрополит следил как за отголоском жизни: все это занимало непрерывно весь день до глубокой ночи.
Имея особое чувство благоговения к преп. Сергию, он любил уединяться в его Лавру, где он был, по сану митрополита московского, настоятелем. В окрестностях ее он устроил Гефсиманский скит, где и находил время от времени успокоение душе, жаждавшей сосредоточенного уединения с Богом, но обреченной на разнообразие и волнения обширнейшей кипучей деятельности и постоянные сношения с людьми. Здесь он мечтал и быть схороненным.