Семь лет продолжалась деятельность Иннокентия в Петербурге, удивительная по сложности и разнообразию должностей, — административная, учебная, ученая, цензорская, настоятельская, проповедническая, старческая — и наряду с этим аскетические подвиги.

Ярко горел его светильник, но уже стал истощаться. Умственные усилия надорвали уже и без того слабое здоровье Иннокентия. К этому присоединилась еще простуда. Однажды ночью, утомленный приготовлением записок к лекции на завтра, он стоял у аналоя, и, обессилев, прилег тут же, на полу, чтоб скорее проснуться и докончить записки; но получил простуду и тяжко заболел, и уже более не оправлялся.

Способности, известность, деятельность Иннокентия обещали ему широкий путь. По обычному ходу дел ему предстояло чрез одну-две степени назначение на какую-нибудь из главных, историческую, знаменитую кафедру, где его деятельность могла бы проявиться в полной силе, но Господь сподобил ревностного раба Своего, рано окончившего трудовую жизнь, — завершить ее не в славе, а в скорбях, принятых за истину.

В царствование императора Александра I появилась в высшем русском обществе, особенно в Петербурге, наклонность к так называвшемуся на тогдашнем языке "внутреннему христианству". Неправильное учение это, шедшее часто в разрез с православием, клонившееся к отрицанию Церкви, породившее много сект с направлением нездорового мистицизма, и бывшее предшественником появившихся в наши дни еретических толков, — находилось под покровительством обер-прокурора Синода кн. Голицына, очень влиятельного в то время лица.

Архимандрит Иннокентий с сокрушением сердца взирал на распространение этого учения путем книг и не стесняясь высказывал свое о том мнение: "Слез не достанет у здравомыслящего христианина, говорил он, оплакивать раны, какие могут эти книги нанести, если будут читаемы в местах воспитания. От брожения и кружения умственного суемудрия так зломудрствуют, что душа содрогается от одного чтения иных книг".

В 1818 г. г-н Станевич составил книгу "Беседа на гробе младенца о бессмертии души, тогда токмо утешительном, когда истина оного утверждается на точном учении веры и Церкви". Книга эта довольно резко обличала лжеумствования так называемого "духовного христианства" — распространявшиеся чрез повременные издания и переводные сочинения (Эккарстгаузена, Юнг-Штиллинга, г-жи Гюион и др.). Ревнуя о чистоте веры, архимандрит Иннокентий, которому пришлось, в качестве цензора, просматривать эту книгу, не задумался пропустить ее, как вполне согласную со взглядом православной Церкви.

Архимандрит Филарет (впоследствии митрополит московский) еще раньше советовал Иннокентию быть осторожнее в своем неодобрении так называемого "духовного христианства". — "Нам, двум архимандритам, говорил он, не спасти Церковь, если в чем есть погрешности, а лучше обращаться к митрополиту, которого голос имеет более силы, нежели наши оба". Но Иннокентий держался того мнения, что должно поступать прямо, не заботясь, увенчается ли исполнение дела успехом.

"Не говорить — так писал он потом — правды тому, кому должно, значит из страха робеть или из человекоугодия по-видимому терпеть: не говорить, потому что не видишь успеха. Успех не наше дело, а Господне; наше дело свидетельствовать потому во славу Господню".

Книга была издана и вызвала негодование и месть князя Голицына, и раньше весьма хорошо знавшего несочувственное отношение Иннокентия к так называемому "духовному христианству".

Автор книги, бедный, беззащитный человек, был выслан из Петербурга; на книгу наложен Высочайший запрет (6 января 1819 г.) "с тем, чтоб сделан был строжайший выговор за неосмотрительность по пропуску сочинения, стремящегося истребить дух внутреннего учения христианского. Автор к суждению о бессмертии души привязал защищение нашей Греко-Российской Церкви, тогда как никто на нее не нападает. Книга сия совершенно противна началам, руководствующим христианское наше правительство по гражданской и духовной части".

Было ясно, что и Иннокентию не долго придется оставаться в Петербурге.

Через шесть лет на имя Министра Народного Просвещения — истинно русского человека — А. Н. Шишкова, последовал указ, где сказано: "Многие, к вере относящиеся книги, часто содержащие ложные и соблазнительные о священном писании толкования, печатались в частных типографиях без всякого Синодского рассмотрения и, напротив, книги, в духе нашей православной веры написанные, подвергались строгому запрещению. Таким образом и книга под названием: "Беседа на гробе младенца о бессмертии души" была запрещена и отобрана. Потому, выше означенную книгу, запрещенную, ныне митрополитом рассмотренную и одобренную, повелеваем дозволить печатать и продавать". Так разрешилось это грустное недоразумение, вызванное ложною ревностью.

Чувства Иннокентия во время воздвигнутого на него гонения можно видеть из писем его к одному преданному ему лицу: "Приятно, — пишет он 7 января, — приятно слышать обвинения в том, к чему отнюдь не причастен и в чем успокаивает совесть". От 8 января: "Выговора еще не слышу, тем более слабеет слабая душа моя. Видясь с князем во дворце в Крещение, заметил я, что он глубоко оскорблен. — Но, между нами сказать, — молился я за него во время приношения Господу бескровной жертвы, и не знаю, отчего, с умилением сердечным, слезным — так Бог послал, — и смягчилось сердце… Если между мною и князем А. Н. не будет мира, то трудно мне являться в собрание к нему, и ему трудно будет терпеть меня. Таким образом, я как сор петербургский, как умет духовный, должен быть выброшен из Петербурга. Если и то угодно Господу, то, верно, к пользе общей, других и моей… Жаль, очень жаль, что бедный сочинитель, коего сочинение мною пропущено, в 24 часа выслан из города. Этому и я, безрассудный грешный, причиною. Если бы не пропускал его книги, он был бы в своем месте, при должности и в покое".

Архимандрит Иннокентий был назначен на Оренбургскую кафедру и 2 марта рукоположен во епископа в Казанском соборе. При посвящении лицо его сияло духовною радостью. Вечером в келлии своей он сказал пришедшему к нему иноку: "Я раб недостойный, а почтен святейшим саном!" — и воспел благодарственную песнь Владычице: "Свет превечный!" потом "Се жених грядет в полунощи". Глаза его были полны радостных слез. Наконец, он в восторге запел: "Чертог Твой вижду, Спасе мой!"

Между тем здоровье Иннокентия все ухудшалось. "Мой путь до Москвы недалек, — писал он, — а смерть еще ближе. Когда придет, неизвестно, а известно, что нечаянно".

22 марта, по предстательству митрополита у Государя, во внимание к слабому от природы здоровью, изнуренному учеными и служебными занятиями, Иннокентий был перемещен на кафедру Пензенскую и Саратовскую, и ему предложено спешить в Москву, где ему предписывалось, за смертью московского архиепископа, рукоположить одного епископа.

В день отъезда проститься к преосвященному Иннокентию собралось много народа; ученикам своим он дал каждому по проповеди своей, говоря: "Я дарю вам это в память меня и для того, чтобы, по времени, сличая свои труды с моими, могли сказать: вот как слабо прежде писали. Я вас любил и желал осчастливить вас. Но теперь я разлучаюсь с вами, поручая вас Богу. Учитесь терпению".

Почитателям своим много дал он вещей на память.

"Сейчас сажусь в возок, — писал преосвященный. Помолитесь, чтоб Господь подкрепил мою действительную слабость. Какая тяжесть лежит на голове, глазах, уме и еще более на сердце. Чем благословит Господь настояний выезд? Все Ему предаю; только бы руки, коими предаю себя искренно, к Нему простирались Единому — вот мое желание".

Переезд в Москву совершенно изнурил Иннокентия, и он еле мог совершить рукоположение.