1 января 1810 г. Аракчеев оставил военное министерство и был назначен членом вновь учрежденного тогда Государственного совета (в 1810–1812 и 1816–1826 гг. он был в нем председателем департамента военных дел) с правом присутствовать в комитете министров и Сенате. На пост военного министра, уходя с этой должности, Аракчеев рекомендовал Барклая-де-Толли.

31 марта Аракчеев был освобожден от должности председателя военного департамента Государственного совета и 17 июня был назначен на должность начальника канцелярии Александра I. Теперь он был в курсе всех дел в стране. 7 декабря 1812 г. она была преобразована в Собственную Его Императорского Величества канцелярию — орган, который, как известно, сыграл огромную роль в истории страны. Аракчеев фактически стоял у его истоков, возглавляя его до 1825 г. Во многом его усилиями российская армия была хорошо подготовлена к Отечественной войне 1812 г.

14 июня 1812 г. ввиду приближения Наполеона граф Аракчеев был снова призван к управлению военными делами.

Во время Отечественной войны главным предметом забот Аракчеева было образование резервов и снабжение армии продовольствием. В ходе войны он ведал также комплектованием войск и пополнением артиллерийских парков, организацией ополчений и пр. После установления мира доверие императора к Аракчееву возросло до того, что на него было возложено исполнение высочайших предначертаний не только по вопросам военным, но и в делах гражданского управления. В 1815 г. Алексей Андреевич был назначен единственным докладчиком императору по делам Комитета министров и Государственного совета. С этого времени Александр I руководил империей через Аракчеева, который регулярно отчитывался перед ним, а фактически руководил страной. Аракчеев осуществил разработку необходимых нормативно-правовых актов, преобразовав все военное законодательство и завершив тем самым реформирование армии.

Именно Аракчеев сумел уговорить императора отказаться от претензий на верховное командование русскими армиями в Отечественной войне. Он очень благоволил Кутузову, и не исключено, что именно благодаря Аракчееву Кутузов был назначен командующим всеми русскими армиями в августе 1812 г.

Строгость и непреклонность Аракчеева при реализации замысла императора стала одной из причин формирования негативного отношения к нему лично, распространения порочащих графа слухов. Для Александра I же Аракчеев был своего рода «экраном», заслонявшим царя от возмущения подданных его ошибками, промахами, отрицательными последствиями царствования.

О значении Аракчеева Александр I говорил П. А. Клейнмихелю, бывшему тогда аракчеевским адъютантом: «Ты не понимаешь, что такое для меня Аракчеев. Все, что делается дурного, он берет на себя, все хорошее приписывает мне».

Таким же требовательным он был прежде всего к самому себе. Этот принцип позволял Аракчееву вершить невозможное, но он же делал его чрезвычайно непопулярным в обществе.

Сам он сознавал это прекрасно. Д. В. Давыдов приводит в своих «Записках» слова А. А. Аракчеева, сказанные им генералу А. П. Ермолову: «Много ляжет на меня незаслуженных проклятий». Фраза оказалась пророческой.

Аракчеев всю свою жизнь люто ненавидел традиционно укоренившееся в российском обществе взяточничество. Пойманные с поличным немедленно изгонялись с должностей, невзирая на лица. Волокита, вымогательство с целью получения взятки преследовались им беспощадно. Аракчеев требовал незамедлительного решения вопросов и строго следил за сроками исполнения, поэтому канцелярское сообщество ненавидело его. Чего же удивляться, что срез этого общества определял настроение писателей и публицистов, придумавших «аракчеевщину».

Но главное явление в военной жизни России, с которым связывают имя Аракчеева, — устройство военных поселений. Графа Алексея Андреевича обыкновенно считают творцом этой системы. Однако военные поселения предложил сам Александр I, а Аракчеев был против этого проекта. Оформил же идею в указы и инструкции М. М. Сперанский. Аракчеев стал лишь исполнителем.

В войне 1812 года Александр I столкнулся с нехваткой обученных резервов, сложностью проведения все новых и новых рекрутских наборов, дороговизной содержания армии. Император выдвинул идею, что каждый солдат должен быть крестьянином, а каждый крестьянин должен быть солдатом. Первоначально это было сделано через введение солдат на постой в деревню.

Александра I занимала мысль об устройстве военных поселений в обширных размерах. По некоторым сведениям, повторимся, Аракчеев сначала обнаруживал явное не-сочувствие этой мысли. Но ввиду непреклонного желания государя в 1817 г. Александр I именно ему поручил разработку плана создания поселений — он повел дело круто, с беспощадной последовательностью, не стесняясь ропота народа, насильственно отрываемого от вековых, исторически сложившихся обычаев и привычного строя жизни.

Возможно, военные поселения были попыткой Александра I создать в России класс, опираясь на который, царь мог бы осуществить либеральные реформы.

«Император прекрасно знал слабости и недостатки своего гатчинского друга — малокультурность, обидчивость, завистливость, ревность к царской милости, но все это перевешивалось в глазах царя его достоинствами. Александр, Аракчеев и князь А. Н. Голицын втроем составили тот мощный рычаг, который чуть было не развернул Россию с пути к национальной катастрофе, намеченной деяниями «великих» монархов XVIII века — Петра и Екатерины». (Зубов А. Размышления над причинами революции в России. Царствование Александра Благословенного. Новый Мир. 2006, № 7.)

Целый ряд бунтов среди военных поселян был подавлен с неумолимой строгостью. Внешняя сторона поселений доведена до образцового порядка. До государя доходили лишь самые преувеличенные слухи об их благосостоянии. Многие из высокопоставленных лиц, или не понимая дела, или из страха перед могущественным временщиком, превозносили новое учреждение непомерными похвалами.

Идея была императора, оформление этой идеи в более или менее цельную картину — работа Сперанского, а виноват во всем оказался один Аракчеев. Он всегда добросовестно исполнял все приказы своего императора, даже если считал их неправильными. В тех ситуациях, где другие генералы императору возражали (Кутузов), Аракчеев принимал приказ к исполнению и выполнял его, прилагая к этому все усилия. Честный солдат строго выполнял свой долг.

Проблему усугубляло всеобщее взяточничество начальствующих лиц, начиная с офицеров: Аракчеев, требовавший от начальников в первую очередь внешнего порядка и благоустройства, не мог искоренить всеобщего грабежа, и только в редких случаях виновные подвергались заслуженному наказанию. Неудивительно, что среди военных поселян с каждым годом все увеличивалось глухое недовольство. В царствование императора Александра I оно выражалось только одиночными вспышками. При этом возмущение среди солдат и крестьян подавлялось силой. В тех военных поселениях, которыми занимался лично Аракчеев, солдатам и крестьянам жилось более или менее сносно.

С вступлением на престол Николая I граф Аракчеев вскоре удалился от дел, и во главе управления военными поселениями был поставлен граф Клейнмихель со званием начальника штаба военных поселений.

Менее известно про Аракчеева то, что в 1818 г. он по поручению Александра I разработал один из проектов освобождения крестьян, который предусматривал покупку казной помещичьих имений вместе с крестьянами «по добровольно установленным ценам с помещиками» и предоставление крестьянам личной свободы. Конечно, проект этот, как и многие подобные планы александровского царствования, остался нереализованным.