Начальником новой большой экспедиции, снаряженной после возвращения Кабрала, был назначен Васко да Гама. Часть флотилии (15 судов) оставила Португалию в феврале 1502 г. В Мозамбикском проливе одно судно потерпело крушение, команда спаслась. По выходе из пролива Гама подошел к г. Килва (у 9° ю. ш.), вероломно заманил на свой корабль его правителя и под угрозой смерти обязал платить ежегодную дань португальскому королю. В Килве к Гаме присоединились три позднее вышедших судна (два других отстали во время шторма и самостоятельно дошли до Малабарского берега).

За экватором Гама, вероятно, с целью разведки пошел, не удаляясь далеко от суши, вдоль берегов Аравии и Северо-Западной Индии до Камбейского залива, а оттуда повернул на юг. Люди Гамы заболели цингой, многие умерли; на о. Анджидив были высажены 300 больных. У Каннанура корабли Гамы напали на арабское судно, идущее из Джидды (гавань Мекки) в Каликут с ценным грузом и 400 пассажирами, главным образом паломниками. Разграбив судно, Гама приказал матросам запереть в трюме команду и пассажиров, среди которых было много стариков, женщин и детей, а бомбардирам — поджечь судно. Несчастные вырвались из трюма и стали тушить огонь; Гама приказал стрелять по ним и снова поджечь судно. Четыре дня продолжалась эта неравная борьба: португальцы не решались подойти к судну и взять его на абордаж, так как гибнущие люди швыряли на палубы атакующих кораблей горящие бревна и доски. Обожженные, полуобезумевшие люди кидались в воду и тонул». «После столь продолжительной борьбы, — говорит очевидец-португалец, — адмирал поджег это судно с великой жестокостью и без малейшей жалости, и оно сгорело со всеми, кто был на борту». Сняли с судна по приказу Гамы только 20 мальчиков. Их отослали в Лиссабон, крестили, и все они стали монахами.

Заключив союз с правителем Каннанура, Гама в конце октября двинул флотилию против Каликута. Начал он с того, что повесил на реях 38 рыбаков, предлагавших португальцам рыбу, и бомбардировал город. Ночью он приказал снять трупы, отрубить головы, руки и ноги, свалить туловища в лодку и бросить в воду; к лодке прикрепил письмо, что такова будет судьба всех граждан, если они будут сопротивляться. Прилив вынес лодку и обрубки трупов на берег. На следующий день Гама опять бомбардировал город, разграбил и сжег подходившее к нему грузовое судно. Оставив семь кораблей, для блокады Каликута, он отослал в Каннанур за пряностями два других корабля, а с остальными пошел за тем же грузом в Кочин.

После двух «победоносных» стычек у Каликута с арабскими судами Гама в феврале 1503 г. повел корабли обратно в Португалию, куда и прибыл в октябре 1503 г. с грузом пряностей огромной ценности. После этого успеха пенсия и другие доходы Гамы были значительно увеличены, позднее он получил графский титул, но на много лет его отстранили от всякой деятельности. Только в 1524 г. он был назначен вице-королем Индии, отправился туда в апреле, достиг Гоа, перешел затем в Кочин и там умер в конце 1524 г.

В 1503 г. в Индийском океане осталось несколько судов флотилии Гамы под командой его дяди Висенти Судре. Они крейсировали близ Аденского залива и перехватывали арабские суда, идущие из Красного моря к берегам Индии, подрывая, таким образом, египетско-индийскую торговлю.

Открытию Д. Диаша в Португалии не придали значения: занятые «освоением» африканских берегов и индийскими делами, португальцы забыли о Мадагаскаре, но открытия береговой линии острова продолжались «самотеком». В 1503 г. король Мануэл направил в Индию очередную флотилию из семи судов, разделив ее на две части: одной командовал Афонсу Албукерки, другой — его двоюродный брат. Во время шторма у мыса Доброй Надежды Албукерки потерял один корабль, сбился с курса и попал к большой отмели у острова, позже названного о. Честерфилд, близ северо-западного выступа Мадагаскара (мыс Сент-Андре, у 16° ю. ш.). Возможно, моряки обследовали этот полуостров. В начале февраля 1506 г. шесть судов с грузом пряностей и восточных товаров, отплывшие в Португалию из индийского порта Каннанур, натолкнулись на маленький остров, нанесенный ими на карту под названием Алойа (о. Провиденс, у 9° ю. ш.), к северо-северо-востоку от Мадагаскара. Держась южного курса, моряки подошли к берегу, принятому ими за Африку, но оказавшемуся восточным побережьем Мадагаскара. На 10 каноэ, вышедших навстречу кораблям, находились черные люди, вооруженные копьями и луками. Португальцы захватили двоих воинов и получили от них скудную информацию — «переговоры» велись без переводчика — о гвоздике, имбире и серебре; эти сведения чрезвычайно взбудоражили моряков. Продолжая плавание к югу, они нанесли на карту большую часть восточного берега острова до его южной оконечности, мыса Сент-Мари, и благополучно достигли родины.

В марте 1506 г. из Португалии к берегам Африки отправилась крупная эскадра из 14 судов, возглавляемая Триштаном да Куньей, пятью кораблями командовал А. Албукерки. Королевская инструкция предписывала перерезать морские коммуникации арабов между Красным морем и Индией, захватить о. Сокотра, построить там крепость и блокировать пути к Восточной Африке. На корабли были посажены 1300 солдат. С самого начала экспедицию преследовали несчастья: от чумы, эпидемия которой свирепствовала в те дни в Лиссабоне, на борту умерло несколько моряков, мыс Доброй Надежды они обошли слишком далеко к югу, попали в холодную область и часть команды погибла от холода. В октябре 1506 г. португальцы обнаружили затерянную в океане группу вулканических островов, названных в честь командующего — на наших картах Тристан-да-Кунья; правда, еще раньше — 6 февраля 1506 г. — ее открыли моряки корабля Вашку Гомиша Абреу.

Эскадра да Куньи прибыла в Мозамбик в начале декабря. К этому времени власти порта располагали некоторыми сведениями о положении Мадагаскара и получили сенсационное известие о богатстве острова серебром и пряностями. Об этом сообщил капитан Руй Пирейра: судно под его командой натолкнулось на северо-западный берег острова и 10 августа 1506 г. вошло в одну из бухт, названную Формоза («Прекрасная»); к кораблю подошло каноэ с туземцами, украшенными серебряными браслетами. Моряки увидели у них немного имбиря и гвоздики.

Да Кунья, узнав о плавании Пирейры, принял решение проверить слухи, пока часть судов его флотилии находилась в ремонте и пополнялась их команда. Он возглавил флотилию из семи кораблей и в сопровождении Л. Албукерки проследовал из Мозамбика на юго-восток. 8 декабря португальцы достигли мелководья близ западного побережья Мадагаскара (у 17° ю. ш.). Налетевший северный ветер отнес суда к югу примерно на 300 км, и здесь они вновь попали на мелководье. Двигаясь лишь днем, моряки проделали обратный путь на север, не теряя берега из вида. Страна была населена людьми, не понимавшими языка жителей восточного побережья, представителей которых да Кунья взял в качестве переводчиков. Он не обнаружил и следов специй, за исключением небольшого количества имбиря, и не смог выяснить, растет ли он во внутренних районах острова. Для обеспечения безопасности дальнейшего каботажного плавания он приказал захватить лодку с двумя туземцами, ставшими лоцманами поневоле. Суда осторожно продвигались на северо-восток и вошли в большой залив с островом, на котором располагалась крупная арабская фактория, — бухта Махадзамба. Близ 15° ю. ш. португальцы разграбили факторию, а пытавшихся спастись бегством топили — вода в заливе вскоре почернела от корпусов перевернутых лодок. По подсчетам Албукерки, погибло более 1 тыс. человек, многие попали в плен; трофеи же оказались жалкими — немного золота и серебра.